В 1992 г. комиссия Салье занялась расследованием афер КВС, в которые был вовлечен и Медведев. Об этом эпизоде своей трудовой деятельности ни он, ни Путин вспоминать не любят. Но говорят, что написано пером, не вырубишь топором. В мае 1992 года в газете «Мегаполис-пресс» появилась заметка «Полковник КГБ пустил по миру Питер», подписанная Натальей Шуляковской. Вот что в ней говорилось: «В Петербурге очередной скандал: депутатская комиссия во главе с Мариной Салье потребовала отстранения от должности председателя Комитета по внешним связям мэрии Владимира Путина. Полковник КГБ в прошлом, не имея полномочий от правительства, он выдавал лицензии на вывоз за рубеж для продажи по бартеру нефти, леса, цветных и редкоземельных металлов сомнительным и малоизвестным фирмам, зачастую созданным накануне. Помимо этого, в большинстве случаев лицензии выдавались заранее — до заключения договоров с западными партнерами и без предъявления документов о наличии товаров. И цены назначались демпинговые — в две тысячи раз ниже, чем существующие. Комиссия передает материалы расследования в прокуратуру и российский департамент кадров, так что Путину, возможно, придется держать ответ перед родным ему когда-то ведомством за то, что он лишил город 122 миллионов долларов».
Заметка эта была написана по материалам Доклада депутатов Марины Салье и Юрия Гладкова (более известный, как «Доклад Салье») о деятельности В.В. Путина на посту главы Комитета по внешним связям мэрии Санкт-Петербурга. По этому докладу 8 мая 1992 года Малый совет Санкт-Петербургского Совета народных депутатов принял решение, в котором предлагал мэру Санкт-Петербурга Анатолию Собчаку «рассмотреть вопрос о соответствии занимаемым должностям председателя Комитета по внешним связям при мэре В.В. Путина и начальника Управления внешнеэкономических связей комитета А.Г. Аникина» и «передать материалы, подготовленные рабочей депутатской группой, в прокуратуру Санкт-Петербурга». В докладе Салье отмечалось, что «в действиях председателя КВС т. Путина В.В. и его заместителя т. Аникина А.Г. просматривается особая заинтересованность в заключении договоров и выдачи лицензий определенным фирмам», отмечается «криминальный характер условия договора № 11 о продаже редкоземельных металлов германской фирме» и подчеркивается, что «председатель КВС мэрии т. Путин В.В. и его заместитель т. Аникин А.Г. проявили полную некомпетентность, граничащую с недобросовестностью при составлении договоров, лицензий, иных документов, беспрецедентную халатность и безответственность при представлении документов депутатской группе». Составители доклада рекомендовали немедленно снять с работы и Путина, и Аникина. (Кстати, уже после этой истории Аникин был замешан в многочисленных скандалах и аферах с участием бывших сотрудников КГБ СССР, ринувшихся, как и Путин, в политику и бизнес.) Дело могло закончиться весьма печально. Если бы не Медведев. Существует версия, что именно Дмитрий Медведев вместе с Дмитрием Козаком были привлечены Путиным к разрешению скандальной ситуации с выдачей его комитетом по внешнеэкономическим связям лицензий на вывоз за границу цветных металлов. «Эти профессиональные юристы быстро скандал замяли, доказав, что никаких нарушений не было».
А нарушения были, и серьезные. В. Путин просил предоставить петербургской мэрии квоту в размере 124 млн. долл. на экспорт сырья (леса, нефтепродуктов, лома цветных металлов, а также 14 тонн редкоземельных металлов — тантала, ниобия, гадолиния, церия, циркония, иттрия, скандия, иттербия), а возглавляемому им КВС — «право на распределение квот и выдачу лицензий». 1 февраля 1992 г. председатель КВЭС Петр Авен завизировал письмо В. Путина, а 25 марта 1995 г. Минэкономики предоставило КВС Санкт-Петербурга право подписывать экспортные лицензии. Хотя большинство лицензий и договоров подписывал от имени КВС не сам В.В. Путин, а его заместитель А.Г. Аникин, В. Путин по документам М. Салье лично подписал две лицензии (компании «Невский дом» на вывоз нефтепродуктов и фирме ЛОКК на вывоз алюминия и редких металлов) и два контракта (поручение фирме «Международный коммерческий центр» вывезти 150 тонн нефтепродуктов в обмен на мясо, картофель и сахар и поручение акционерному обществу «Фивекор» экспортировать 50 тыс. кубометров леса в обмен на сухое молоко) еще до получения официального разрешения.