В середине августа в Карлсхаген прибыли на испытания несколько Fi 103 с уменьшенной высотой киля для облегчения работы наземному персоналу. Не 111Н, как известно, имел хвостовую опору, и более чем 2-тонный корпус ракеты на специальной гидравлической тележке заводился под крыло спереди. Консоли монтировались, когда корпус находился за стойкой шасси. В начале сентября вермахт начал эвакуацию своих установок с французского побережья, теперь на английские города падали ракеты только запущенные с воздуха. Правда и III./КО 3 вскоре пришлось убраться из Голландии. В Германии она получила в свое распоряжение лучшие базы: Лек, Аалхорн, Эггебек, Хезепе и другие. Последовавший 3 сентября приказ главного штаба вермахта: «Fi 103 задействовать в максимально возможных объемах исключительно про тив Лондона» уже полностью ложился на силы люфтваффе. Прибывшую с фронта на авиабазу Реппен иод Франкфуртом-на-Одере II группу КО 53 под командованием майора Виттмана (maj. Wittmann), для кратковременного отдыха и пополнения, в срочном порядке перебросили в Карлсхаген для выполнения нового задания. Через несколько дней п III группа КО 53 перегнала свои самолеты в Ошатцдля доработки под носитель, а экипажи отправились в Карлсхаген. Действующая III./КО 3 вошла в состав 53-й эскадры как I группа.
5 сентября самолеты III группы КО 3 запустили на Лондон последние девять Fi 103. Итогом же почти двухмесячной боевой работы группы стали 300 крылатых ракет, запущенных на Лондон, 90 — на Саутхэмптон и 20 — на Глостер, при этом было потеряно всего два Не 111H.
В сентябре в Карлсхагене в процессе обучения проводились опыты по определению предельных возможностей Fi 103. При этом было достигнуто попадание в цель на максимальной дальности в 225 км, прицельная дальность при полной загрузке составляла всего 75 км. Имела место попытка использовать в качестве носителя Ju 188: два планирующих сброса прошли успешно, в третьем, с запуском ПуВРД, самолет получил повреждения и совершил посадку на брюхо. Продолжения не было.
К 20 октября из 78 экипажей, находившихся в составе КО 53, боеспособными оставались только 24, пришедшие из III./КО 3. Между тем, потери стали расти, англичане ввели патрулирование на ночных истребителях «Москито». 25 сентября сразу четыре «хейнкеля», не успев еще запустить Fi 103, упали в воду Северного моря, сбитые английскими ночниками, через четыре дня потеряли еще два Не 111Н с ракетами.
Полеты и без того проходили с невероятным напряжением. От трех до пяти часов в воздухе летчики проводили в тяжелом спасательном снаряжении. Из-за размещения нагрузки сзади и сбоку центра тяжести, и без того тяжелый на подъем «хейнкель» становился совершенно неповоротливым. Управлять им в полете над самой водой (обычно не выше 50 метров), маскируясь от истребителей, часто в плохую погоду и ночыо было крайне сложно, из-за переутомления пилотов нередко происходили столкновения с водой и аварии на посадке. Напряжение достигало пика, когда самолет приближался к английскому побережью и входил в зону действия радаров. В начинающем светлеть небе «хейнкель» набирал высоту 500 м, сбрасывал летающую бомбу и, заложив крутой вираж, на бреющем, на максимальной скорости уходил назад. «Москито», значительно превосходившие по дальности Не 111 и имевшие полную свободу действий, часто сопровождали немецкие бомбардировщики до своего аэродрома и атаковали их при заходе на посадку, когда казалось, что все опасности уже позади. Так был сбит над аэродромом в Шлезвиге опытный экипаж командира 7-й эскадрильи хауптмана Ессена (hpt. Jessen).
Какой вариант запуска давал больше попаданий — сказать просто невозможно, чаще всего результаты пусков немцам оставались неизвестны. Точная статистика упавших ракет велась англичанами, которые, естественно, не задумывались откуда она прилетела. Несмотря на имеющиеся преимущества, и при воздушном запуске неустойчивая английская погода сильно влияла на точность наведения. Так, например, 24 декабря 50 «хейнкелей» запустили ракеты на Манчестер, из них лишь одна упала на город.
