Крестьяне, холопы, посадские люди толпами бежали на южные окраины и пополняли там вольные казачьи станицы. Выступив на стороне самозванца с оружием в руках, они рассчитывали вернуться на Русь вольными людьми. В движение пришла вся масса казаков. Их отряды продвигались на север по всем дорогам и шляхам. Недавно выстроенные крепости, разбросанные по степному пространству на большом удалении друг от друга, не могли противостоять их напору. Служилые казаки из состава гарнизонов не выражали желания биться с восставшими и первыми переходили на их сторону.
Некогда Борис Годунов предпринял попытку посадить своих воевод в столице донских казаков городке Раздоры. Когда это ему не удалось, он приказал построить крепость Царев-Борисов. Правительство направило в новый город отборные стрелецкие части из Москвы. Но служба на дальней степной окраине тяготила стрельцов, надолго оторванных от семей и промыслов в столице. С появлением «истинного» Дмитрия у стрельцов возникла надежда на скорое возвращение домой в Москву.
Восстание казаков и стрельцов в Цареве-Борисове привело к крушению всей системы обороны южной границы. Власть самозванца признали Оскол, Валуйки, Воронеж, Белгород, позже Елец и Ливны. Впоследствии правительство прямо заявляло, что «в северских городах стрельцы смуту учинили». Пятьсот стрельцов в кумачовых кафтанах отправились из Царева-Борисова в Путивль и встречены были с подобающими почестями. Своих воевод восставшие приводили к «царьку» связанными.
Войско самозванца напоминало многоголовую гидру. На месте отрубленных голов у нее тотчас вырастали новые. Прошло четыре месяца с тех пор, как воеводы полностью уничтожили его рать. Теперь в Путивле стояла новая армия, насчитывающая до десяти тысяч человек.
Тем временем правительственная армия под стенами Кром таяла. Разбитый в болотистой местности лагерь был залит вешними водами. Вслед за тем в полках открылась эпидемия мыта – так называли тогда дизентерию. Дисциплина в годуновской армии держалась, пока дворянское ополчение громило казаков и комарицких мужиков. Неудачи и бездеятельность деморализовали войско. Едва в лагере узнали о смерти Бориса, множество столичных дворян не мешкая уехали прочь под предлогом царского погребения.
После смерти Бориса, писали дьяки Разрядного приказа, под Кромами осталось «немного бояр и с ними только ратные люди северских городов, стрельцы, казаки и чорные люди». Дьяки не избежали преувеличения. В лагере оставалось немало дворян из Рязани, Тулы, Каширы, Алексина и даже из далекого Новгорода. Но поредевшие дворянские отряды со всех сторон окружала многочисленная мужицкая посоха, обслуживавшая артиллерию. В условиях углублявшегося брожения перемены в составе армии неизбежно готовили почву для ее разложения.
При военном лагере возникло торжище. Каждый день окрестные и дальние крестьяне и торговые люди везли на продажу продукты питания и разные товары. Вместе с ними на торг беспрепятственно проникали лазутчики из Путивля с воровскими прокламациями. Чем больше ратники в сермягах заполоняли лагерь, тем успешнее шла агитация в пользу новоявленного Дмитрия. Брожение затронуло мелкий служилый люд из северских городов. Недовольные поддерживали тайные сношения и с Карелой в Кромах, и с Путивлем. Появилось множество перебежчиков. Количество их увеличилось после смерти Бориса. Молодой арзамасец сын боярский Бахметев первым прискакал из полков в Путивль и сообщил Отрепьеву о кончине царя в Москве.
Московские власти спешили. Четыре дня спустя после кончины Годунова под Кромы прибыли новгородский митрополит Исидор, новый главнокомандующий князь Михаил Катырев и Петр Басманов. Они без особых затруднений привели полки к присяге на верность наследнику престола царевичу Федору. Но сама по себе присяга оставалась не более чем формальным актом. Горячие головы торопились нанести удар Годуновым до того, как коронация упрочит положение нареченного царя.
Земские дворяне не забыли того, что Годуновы получили трон благодаря их поддержке. Семилетнее правление Бориса не оправдало надежд многих из них. Едва взойдя на царство, Годунов выступил поборником местнических порядков, что прочно закрывало путь к воеводским постам и государственным должностям для худородных служилых людей. Новый царь на два года восстановил Юрьев день, что грозило нанести смертельный удар благополучию мелкопоместных дворян. Особое негодование вызывало то, что действие годуновского указа распространялось лишь на провинциальные поместные земли, тогда как знать и столичное дворянство не понесли никакого ущерба.