После кончины Бориса Боярская дума и население столицы принесли присягу на имя наследника Федора Годунова и его матери. Казна раздала населению много денег на помин души Бориса, на самом же деле, чтобы успокоить население столицы. По традиции новый царь объявил общую амнистию. Опальные в немалом числе вернулись в столицу из ссылки. Среди других в Москве объявился удельный князь Иван Воротынский, которого Борис чуть ли не двадцать лет держал в провинции.
Федор Годунов получил превосходное для своего времени образование и как соправитель отца давно приобщился к делам государства. И все же у шестнадцатилетнего юноши было совсем мало шансов удержаться на троне. Родня Бориса, заполнившая думу, не пользовалась ни популярностью, ни авторитетом. В трудный час подле Федора не оказалось никого, кто мог бы твердой рукой повести корабль в бушующем море. Власть грозила выскользнуть из неокрепших рук в любой момент. В годуновской семье царили страх и растерянность. Текст присяги не оставлял ни малейших сомнений на этот счет. С голоса царицы Марии Скуратовой Семен Годунов составил непомерно длинный перечень обязательств, ограждающих безопасность царской семьи.
Реальная угроза благополучию царской семьи исходила от самозванца. Но составители присяги не обладали мужеством и постарались не касаться темы, казавшейся им слишком опасной. В течение двух лет патриарх и власти метали молнии на голову еретика и расстриги Гришки Отрепьева. Незадолго до смерти Бориса в Москве стало известно о том, что Лжедмитрий I представил жителям Путивля монаха, клятвенно подтвердившего, что он и есть истинный Григорий Отрепьев. Монах был много старше Гришки. Но разобраться в новом маскараде еще не успели. Введя в игру новую фигуру – Лжеотрепьева, самозванец добился бесспорного успеха в борьбе за умы. В Москве не знали, что думать. Замешательство царило даже среди советчиков Федора Борисовича. Вместо того чтобы следовать раз принятой линии обличения самозванца, Семен Годунов и царица решили вовсе не упоминать в «записи» имени Отрепьева. Присяга обязывала подданных не приставать к безымянному вору, «что называется князем Дмитрием Углицким», к нему не отъезжать и не желать видеть его на Московском государстве.
Составители присяги свели на нет все достижения официальной пропаганды. По столице стали распространяться самые невероятные слухи. Упорно толковали, будто Борис покончил с собой в страхе перед «сыном Грозного». Несмотря на то, что на всех дорогах появились заставы и без лишних слов вешали гонцов Лжедмитрия I, лазутчики продолжали проникать в столицу и доставлять воровские прокламации. Народ не желал больше молчать. Большая толпа горожан собралась под окнами царского дворца. Из толпы кричали о том, что надо вернуть из ссылки старую царицу Марию Нагую и перед всем народом расспросить, жив ли ее сын или нет. Новая царица Мария Скуратова соглашалась вернуть в Москву опальных дворян, но о возвращении Нагой не хотела и слышать.
Посад вышел из повиновения, и власти ничего не могли поделать с ним. Бояре Шуйский и Мстиславский, отозванные из армии, поначалу старались держаться в тени и не обнаруживали никакого желания прийти на помощь Федору Годунову. Лишь после того как волнения в народе приобрели угрожающий характер, они забили тревогу. Князь Василий Шуйский вышел к народу и поклялся, что он своими руками уложил в гроб тело князя Дмитрия и предал его земле в Угличе. Не в пример Годуновым Шуйский не преминул упомянуть о расстриге Гришке, наученном самим дьяволом и ниспосланном стране в наказание за грехи.
Обращение Шуйского произвело впечатление. Волнения в столице на время утихли. Однако мятеж на южной окраине государства разрастался.
Русское общество было давно подточено изнутри глубоким социальным конфликтом. Испокон веку русский крестьянин мог покинуть землевладельца в Юрьев день и по первому санному пути уехать прочь, на поиски лучшей доли. Юрьев день был для обездоленных светом в окошке. Пока нормы Юрьева дня сохраняли силу, крестьянин не числился крепостным феодала, даже будучи зависимым от него. На пороге Смуты в отношениях между главными классами феодального общества произошли драматические перемены. Дворяне упразднили Юрьев день и обрекли народ на неволю.