Назначение Сперанского состоялось 8 августа, затем последовала поездка в Эрфурт, а вскоре по возвращении Сперанский был назначен на место Новосильцева товарищем министра юстиции, со специальным поручением взять в свое ведение и руководство комиссию законов. Состав ее и штат были немедленно преобразованы, и 8 февраля 1809 года проект уложения гражданских законов был готов вчерне, а с 1 мая, когда собрался новый совет комиссии (Сперанский, Лопухин, Завадовский, Новосильцев, Чарторыйский, Потоцкий, Алексеев и Карнеев), был уже внесен на ее рассмотрение. В рассмотрении, исправлениях и печатании прошла остальная часть 1809 года, а 1 января 1810 года, при самом открытии государственного совета первая часть гражданского уложения была внесена в государственный совет. Сама комиссия получила преобразование; она, с директором Сперанским во главе, была причислена к государственному совету, а ее собственный совет упразднен. По мере того, как государственный совет рассматривал, при деятельном участии Сперанского, первую часть, готовилась и редактировалась вторая (право вещественное) и третья (право договорное). Как шла эта громадная работа, сообщает барон Корф: “Розенкампф еще упражнялся в составлении предварительных проектов, но участие его в том оставалось уже без всяких результатов для дела. Все, что он писал, было беспощадно мараемо Сперанским и большей частью переделываемо заново. Впрочем, как уже не существовало никаких предварительных комитетов или советов, то все, под собирательным именем комиссии законов, ограничивалось личной работой его директора. Первая и вторая части были рассмотрены и одобрены государственным советом в течение 1810 года, но затем дело затянулось, и третья часть рассматривалась уже после падения Сперанского. Уложение это, как известно, никогда не стало законом, как многое из трудов Сперанского, брошенных с его падением. Сам Сперанский впоследствии не был особенно высокого мнения об этой работе своей, но, кроме этого мнения человека скромного и во многом частью разочарованного, никто из наших ученых юристов, сколько нам известно, не взял на себя труд оценить громадную работу Сперанского, сделанную в такой короткий срок и, можно сказать, без сотрудников”.
Сверх гражданского уложения комиссия законов при директорстве Сперанского или, точнее выражаясь, сам Сперанский приступил к составлению устава гражданского судопроизводства и уложений уголовного и торгового.
Сверх этих двух громадных трудов, и текущее законодательство того времени не миновало рук Сперанского, а многое и его инициативы. “Не подлежит сомнению одно, – пишет барон Корф, – все публичные акты тех годов (1808 – 1812 года), все манифесты, все важнейшие именные указы, даже такие положения, которые, принадлежа непосредственно к разным частям управления, долженствовали, казалось, истекать прямо от их ведомств, – все это было не только написано Сперанским, но большей частью им же и задумано”. Из этой массы работ Сперанского остановимся лишь на тех, которые, несомненно принадлежа его творческому уму и его инициативе, имеют историческое значение.
27 ноября 1807 года образован был комитет о духовных училищах в России, членом которого был назначен Сперанский. Общий план образования этих училищ и мысль об отнесении их содержания на свечной сбор принадлежат Сперанскому. Положение, им выработанное, было утверждено 26 июля 1808 года. 9 февраля 1809 года был им представлен и вскоре утвержден устав духовных академий.
18 августа 1808 года Сперанский был назначен в комитет по крестьянским делам Лифляндии, а в начале 1809 года ему было поручено ведение дел и устройство отношений только что присоединенной Финляндии. Прием и переговоры с финляндской депутацией о проектах первых организационных планов финляндской конституции были поручены Сперанскому и выполнены им же. 16 марта 1809 года был открыт Александром в Борго первый финляндский сейм. Известная историческая речь, которой сопровождалось это открытие, была написана Сперанским, как и речь 7 июля того же года, которой сейм был закрыт. Во все время совещаний сейма Сперанский был при Александре в Борго, и все учредительные мероприятия этого времени – дело его трудов, между прочим, учреждение финляндского сената. Финляндцы, в воздаяние его заслуг перед их страной, избрали его канцлером Абосского университета.