9 июня к Дерпту подошли основные силы русских вместе с Шереметевым. Непосредственно осаду города вели пять драгунских полков общей численностью 4 975 человек и шесть пехотных полков численностью 5 702 человек. Вместе с ними прибыло 55 орудий и 159 человек прислуги. Всего в районе Дерпта силы русских составляли 21 578 человек.
Бомбардировка крепости была начата 10 июня 1704 г. Русские осадные батареи расположились на обоих берегах реки Амовжи. 3 июля к осадной армии внезапно приезжает сам Петр и фактически принимает командование на себя. 6 и 7 июля русские огнем 24 пушек и 11 мортир обстреливают Русские ворота, снеся до основания башню над ними.
В ночь на 10 июня русские вывели из туров траншеи от ворот Святого Якова до Пороховой башни, приблизившись, таким образом, к пункту атаки с двух сторон. К вечеру 12 июля уже все было готово для штурма. Напротив Русских ворот через Амовжу под прикрытием дыма от загоревшегося на шведском берегу дровяного склада русские наскоро возвели мост. Штурм длился семь часов подряд. Штурмующие продвинулись до палисада перед крепостной стеной и срубили его, в то время как обороняющиеся расстреляли свои снаряды. Стволы их мушкетов так накалились, что нельзя было держать их в руках. Наши солдаты взобрались на равелин перед Русскими воротами, повернули шесть шведских пушек к воротам и разбили их. Когда русские овладели Пороховой башней, комендант полковник Шютте решил сдать крепость.
Один за другим погибли четыре шведских барабанщика, бивших «шамад» (сигнал к сдаче). Лишь звуки трубы приостановили сражение, и осажденные обратились «со упросительными от всего дерптского гарнизона пунктами», составленными комендантом крепости. Шютте просил разрешить гарнизону выход «с литаврами, с трубами и со всею музыкою», с распущенными знаменами, шестью пушками, всем огнестрельным оружием и месячным запасом продовольствия. Царь от имени фельдмаршала отправил коменданту не лишенный иронии ответ: «Зело удивляется господин фельдмаршал, что такие запросы чинятся от коменданта, когда уже солдаты его величества у них в воротах обретаются и которые так озлоблены, что едва уняты». Подобные условия были бы уместны до штурма, а не тогда, когда осажденные лишились выбора. Гарнизону было разрешено покинуть крепость с семьями, пожитками и запасом продовольствия, но без артиллерии. Победителям достались огромные трофеи: 132 орудия, 15 тысяч ядер, запасы продовольствия. Но и потери были достаточно велики: 800—900 человек убитыми и 2250—2500 ранеными. Осажденные потеряли около полутора тысяч человек убитыми.
Вскоре прекратила свое существование и сама крепость: в 1708 г. Петр, опасаясь с возвращением Карла XII из Саксонии потерять Лифляндию, приказал срыть крепостные укрепления Дерпта, но после Ништадского мира снова приказал восстановить Дерпт. В 1772 г. крепость была окончательно упразднена.
Отпраздновав наскоро взятие «праотеческого города», Петр сел на яхту и по реке Амовже, Чудскому озеру и реке Нарове добрался до крепости Нарва.
Еще 26 апреля 1704 г. окольничий П.М. Апраксин с тремя пехотными полками и тремя ротами конницы (всего около 2 500 человек) занял устье реки Наровы (при впадении реки Росоны). Предусмотрительность русского командования оправдалась: 12 мая шведский адмирал де Пру, подошедший к устью Наровы с эскадрой и транспортными судами, пытался доставить в Нарву подкрепление в количестве 1 200 человек и запасы, но, встреченный огнем русских береговых батарей, вынужден был уйти в Ревель.
30 мая русская армия переправилась на левый берег реки Наровы и расположилась лагерем со стороны моря в пяти верстах от Нарвы. Позднее она заняла то место, которое занимала в 1700 г., примыкая флангами к реке у деревни Юала и близ острова Хампергольма. Четыре драгунских полка обложили собственно Нарву, два полка окружили Иван-город, а остальные войска расположились лагерем в трех верстах от крепости. П.М. Апраксин остался у устья Наровы. Но русская армия не могла приступить к осаде до подвоза пушек и мортир. Командовал войсками в отсутствие Петра сначала генерал Шенбок, а с 20 июня – фельдмаршал Огильви.
