В первоначальной рукописной редакции 1773-1775 годов Фауст Гете также мятежный индивидуалист, "бурный гений", стремящийся к напряженному и страстному переживанию жизни, "сверхчеловек" (Ubermensch), как называет его сам поэт. Отвлеченному, рассудочному книжному знанию Гете противопоставляет, в духе "бури и натиска", непосредственное переживание творческой полноты бытия. За цветными стеклами готического кабинета средневекового ученого, с его колбами, ретортами и пыльными фолиантами, открывается цветущий мир природы, обещающий Фаусту душевное исцеление и удовлетворение всех его стремлений. Отсюда наиболее существенное отступление от содержания легенды: в сцене заклинания Фауст у Гете вызывает не дьявола, а духа Земли (Erdgeist), образ которого предваряет своим появлением выход Фауста в жизнь. Дальнейшему раскрытию той же мысли служит противопоставление учителя Фауста и Вагнера, его сухого и бездарного ученика, традиционного фамулуса народной легенды, воплощающего здесь рассудочное знание и самомнение плоского рационалиста в отличие от гениальной интуиции, непосредственного чувства сильной личности. Наконец, любовь Фауста к Гретхен, представляющая также новотворчество Гете, является ответом на тему первого монолога, как то непосредственное, напряженное и страстное переживание жизни, которое противопоставляется в "Прафаусте" отвлеченному знанию. Но столкновение мятежного индивидуализма Фауста с наивной патриархальной идиллией Гретхен заканчивается трагической катастрофой. Есть основания предполагать, что в первоначальном замысле Гете "Фауст" вообще заканчивался не спасением, как у Лессинга, а в соответствии с народной легендой — трагической гибелью героя, ненасытного в своей индивидуалистической требовательности к жизни, как и в параллельных замыслах других "бурных гениев". В юношеских произведениях Гете все герои — индивидуалисты и бунтари (Гец, Вертер, Клавиго) кончают трагически в результате столкновения с окружающим обществом и вызванных этим столкновением моральных конфликтов.
Первый печатный "Фрагмент" незаконченного "Фауста" ("Faust. Ein Fragment", 1790) стоит еще на точке зрения рукописной редакции и вносит в первоначальный текст лишь стилистические изменения в духе классицизма.
Иной характер имеет окончательная редакция первой части трагедии ("Faust. Der Tragodie erster Teil", 1808), в которой Гете возвращается к интерпретации Лессинга на более высокой ступени художественного обобщения. Этой интерпретации служит ряд новых сцен: прежде всего центральные для идейного замысла пролог на небе и сцена договора между Фаустом и Мефистофелем, далее — второй монолог Фауста с рядом следующих за ним сцен.
Пролог на небе, заменяющий пролог в аду немецкой народной драмы, возвращает пьесу Гете к символической трактовке сюжета в старинном народном театре, в средневековой моралитэ. Спор между богом и дьяволом на небе, который повторяется между Фаустом и Мефистофелем на земле, представляет суд над Человеком, обвинение и оправдание Человека, воплощенного в символическом образе Фауста. Бесконечное стремление Человека является для него источником временных сомнений и заблуждений, но вместе с тем залогом его окончательного оправдания и спасения. Поэтому слова пролога на небе: "Добрый человек, в своем смутном стремлении, знает всегда правый путь", — знаменательно перекликаются в эпилоге с песней ангелов, уносящих душу Фауста на небо: "Кто трудится вечно и вечно стремится, того мы можем спасти".
Это оптимистическое окончание трагедии, подсказанное, как у Лессинга, просветительской верой в разум и в моральную ценность человеческой личности, означает оправдание свободных исканий человеческой личности, отказавшейся от традиционной веры, и вместе с тем человеческой воли, порвавшей с бытовыми предрассудками и аскетизмом церковной морали.
Во второй части "Фауста", законченной Гете незадолго до смерти (1831), герой должен был, по замыслу поэта, от узколичного подняться в область общечеловеческого, от "малого" в "большой мир" явлений исторической и общественной значимости. Для этого легенда о Фаусте (кукольная комедия и народная книга) давала подходящую сюжетную канву в эпизодах пребывания Фауста при дворе императора и его обручения с Еленой Греческой, которая выступает в трагедии Гете не как дьявольское наваждение народной драмы, а в духе, близком Марло, — как высшее воплощение античного идеала земной красоты. Сын Фауста и Елены, отрок Звфорион, пророчески устремленный в будущее, как Юстус Фауст народной книги, в символике трагедии Гете обозначает современную поэзию, рожденную из слияния античной, классической, и средневековой, романтической, и воплощенную в историческом образе Байрона.