Судороги агонизирующей Римской империи жестоко сотрясали в то время ее египетскую колонию. В 213 г. Каракалла велел перерезать горло молодым горожанам, которые его высмеяли, и разорить Мусей, у которого он отнял все доходы и распустил всех иностранных исследователей. Шестьдесят лет спустя Аурелиан напал на город, осажденный Зиновием, царем Пальмиры. В дворцовом поясе укреплений свирепствовали бои, и Мусею были нанесены существенные повреждения (комментаторы, желающие оправдать Цезаря, относят к этому моменту разрушение Великой библиотеки; они также обвиняют влажность или арабов, если сами являются христианами). Разрушения возобновляются при Диоклетиане: в 296 г. город огнем и мечом был превращен в руины после восьмимесячной осады, а основная часть жителей истреблена; год или два спустя произошло новое кровопролитие под предлогом репрессий против ученых мужей, сочинивших алхимические трактаты, каковые книги, предназначавшиеся для изготовления золота, были сожжены, «из опасения, как нас уверяют, как бы богатство египтян (которое проистекло бы из них) не внушило им дерзости восстать против империи», — писал Иоанн из Антиохии, которого цитирует Эдвард Гиббон, добавляя с присущим ему юмором: «Гораздо более вероятно, что сему рассудительному владыке была известна нелепость этих выспренних притязаний и что он хотел охранить рассудок и состояние своих подданных от этого пагубного занятия».
Однако эти потрясения, за которыми последовали гонения на христиан, когда Галерий приказал, чтобы все писания пророков были прилюдно брошены в огонь, не уничтожили окончательно старинное учреждение. Там пребывали и оттуда происходили многочисленные христианские мыслители. Так, Климент в самой Александрии, Ориген и Памфил в Кесарии, еще один Александр в Иерусалиме впоследствии основали или расширили большие библиотеки; все четыре сформировались в тени Мусея при храме Сераписа. В 315 г. сирийский ритор Афтоний написал, что «публичная библиотека Александрии располагалась в Акрополе, рядом с бывшими опочивальнями богов. Были также ученые мужи, которые ее посещали; она была еще весьма полезна». Он сообщал, что в ней были кабинеты, «служащие для того, чтобы запирать книги, но открытые для тех, кто любит работать, чтобы овладеть философией, и предоставляющие всему городу простую возможность стяжать мудрость», что решительно было преувеличением. Но малая библиотека производила достаточно сильное впечатление: «Ее портики были чрезвычайно богаты. Ее потолок был позолочен, а капители колонн из золоченой бронзы». А Аммиан Марцеллин в конце IV в. свидетельствует так: «Даже сейчас в этом городе можно обнаружить различные виды учености, поскольку мастера искусств еще живы…».
Дальше — больше: христианство стало обязательным и наступил черед язычества быть преследуемым. По приказу Феодосия были разрушены все языческие памятники, а его ревнитель епископ Александрийский Феофил, у которого «руки запачканы кровью настолько же, насколько и золотом», атаковал храм Сераписа во главе толпы фанатиков. Интеллектуальная активность в стенах «александрийского акрополя» казалась наиболее недоверчивым беспорядками: «Много всего нашло сейчас себе прибежище в этом древнем птолемическом святилище — философия, магия, ученость, распутство». Банда не оставила ни камня на камне, ни нетронутой статуи. От библиотеки же осталось еще меньше. И Павел Орозий, испанский священник и автор «Историй против язычников», которые сослужат такую хорошую службу в Средние века, посетив Александрию двадцать лет спустя, свидетельствовал: «В наши дни есть храмы, которые мы видели, книжные полки которых опустошены нашими современниками». Историки, цитирующие эти слова, неизменно добавляют «с горечью» или «с негодованием», но стоит задуматься, не было бы более уместным «с удовлетворением». Поскольку в этом самом году (415) чернь, подстрекаемая тогдашним патриархом Кириллом, племянником Феофила, и его «parabolani», или гвардейцами, направляла свой необузданный пыл против кого ей заблагорассудится, и в особенности против евреев, которые, однако, были тогда полноправными александрийцами на протяжении уже семи веков. По повелению этого Кирилла также забросали камнями философа и алгебраиста Гипатию, единственную женщину в истории греческой математики, в тот день, когда она приехала прочесть лекцию в Мусее. Она, как говорят, при своей мудрости обладала также ослепительной красотой, была необыкновенно популярна и не принадлежала к христианам. Вследствие этого толпа сорвала с нее одежду и притащила в церковь к Петру Чтецу; потом ее живьем разрезали раковинами устриц и бросили в огонь вместе со всеми ее сочинениями. Гипатия была дочерью Феона, погибшего в 380 г. математика и философа, который был последним из ученых мужей — членов Мусейона. А Кирилла канонизировали.
