А. Аганин видит такие характеристики работы Бобкова: «Главной задачей 5-го управления КГБ при Совмине СССР являлась борьба с «идеологическими диверсиями», антисоветскими элементами и диссидентами, профилактика и предотвращение массовых беспорядков, а по факту последующих десятилетий — организация всех антисоветских и антикоммунистических сил в СССР. Далее многие события, в которых был замечен или принимал участие Ф. Д. Бобков, носили всегда двусмысленный характер: то ли это был успех, то ли это была провокация и откровенный провал в деятельности. К наиболее сложным межнациональным проблемам в СССР 1960 -1970-х годов, урегулированием которых он непосредственно занимался, Ф. Д. Бобков в своих мемуарах отнес армяно-азербайджанские и грузино-абхазские отношения, проблемы крымских татар, немцев Поволжья и турок-месхетинцев. Ю. В. Андропов и Ф. Д. Бобков внесли руководству СССР предложение облегчить репатриацию евреев, желавших уехать в Израиль. По оценке Ф. Д. Бобкова, руководство СССР уходило от решения этих проблем, загоняло их вглубь, что вызывало настороженность и других этносов, появление агрессивно настроенных групп экстремистов то в одном, то в другом национальном сообществе» [5].
И еще: «На словах, по мнению Ю. В. Андропова, новое 5-е Управление КГБ при Совмине СССР должно было противостоять идеологической экспансии, направляемой из-за рубежа, и стать надежным щитом против нее, в этом деле важную роль Ю. В. Андропов придавал «чекистским методам» работы. А на деле, стал реализоваться генеральный курс на конвергенцию, прежде всего, через «пятку» как главный инструмент в достижении этих целей посредством организации воздействия на советское общество прогрессоров, представителей высокоразвитых разумных рас, в чьи обязанности входит способствование научному развитию цивилизаций, находящихся на более низком технологическом уровне, повышая тем самым общий уровень жизни их представителей. Тут и советские и российские писатели, соавторы, сценаристы, классики современной научной и социальной фантастики братья Стругацкие — Аркадий Натанович и Борис Натанович — очень сильно «пятке» пригодились. Прогрессоры братьев Стругацких — совершенно особая профессиональная группа землян. Ф.Д. Бобков был назначен заместителем начальника этого управления, а с мая 1969 года по январь 1983 года был его начальником. С Ф. Д. Бобковым „Пятка” стала Комиссией по контакту с иными цивилизациями (КомКон или КОМКОН) — организацией, определяющей курс дипломатических отношений между Землей и нечеловеческими цивилизациями, а также общие требования к деятельности прогрессоров по отношению к человеческим. Официально, все решения принимаются мировым советом Земли, однако, как правило, именно КОМКОН определяет и ограничивает круг возможных решений».
Создавая вокруг себя сеть «неправильных», но нужных людей, Бобков, по сути, пользовался методом «шарашки», только «полузакрытой», которую в свое время успешно применили для использования ученых для работы на оборонку. В этом случае это была не жесткая, а мягкая шарашка. И каждый, кто попадал в ее орбиту, хорошо понимал, что это «машина», которая вполне может ударить и по нему. Поэтому следовало сохранять самые лучшие отношения с генералом.
Генерал Ф. Бобков раньше работал под началом генерала Е. Питовранова, условно говоря, мастера тонких комбинаций. А Эскин называет Бобкова «сопредседателем развала СССР», говоря: «В истории жизни генерала Бобкова, от Сталина до Гусинского, важно выделить то, что актуально для России сегодня. Лживая пропаганда государственных СМИ может сыграть пагубную роль, когда люди теряют доверие к власти. Образы мифических врагов могут лишить зрения тех, кому поручили соглядатайствовать и охранять. Знаменательно, что об уходе Бобкова из жизни первым сообщил Алексей Венедиктов, плотно сотрудничавший с усопшим. Их знакомство берет отсчет с восьмидесятых. А позже Бобков способствовал успехам радиостанции „Эхо Москвы”. Неисповедимы пути гэбистские в России…» [5].
Именно Бобков реализовывал в ежедневной практике андроповскую модель работы с интеллигенцией, которую Д. Быков описывает так:
