В июне 1941 года Брежнев только успел заехать за матерью в Днепродзержинск, как город захватили немцы. Он отправил семью в эвакуацию и ушел в армию. Большинство украинских партработников поступило в распоряжение военного совета Южного фронта. Как секретарь обкома, он сразу получил один ромб в петлицы — ему присвоили звание бригадного комиссара. У политического состава Красной армии еще сохранялись специальные звания.
С 28 июня 1941 по 16 сентября 1942 года Леонид Ильич служил заместителем начальника политуправления Южного фронта. После неудачи под Харьковом Южный фронт покатился назад, не сумел удержать Новочеркасск. И Ростов оставили без разрешения Ставки. Сталин был вне себя. Южный фронт слили с Северо-Кавказским фронтом. А 1 сентября 1942 года Ставка преобразовала Северо-Кавказский фронт в Черноморскую группу войск. 8 октября Брежнева назначили заместителем начальника политуправления группы войск. Это была меньшая по значению должность, чем прежняя. 22 декабря он получил медаль «За оборону Одессы», но вообще-то наградами его не баловали.
Членом военного совета Черноморской группы войск был генерал-майор Семен Ефимович Колонин. Вскоре его перевели в 18-ю армию, и он взял с собой Леонида Ильича. 1 апреля 1943 года Брежнева утвердили начальником политотдела 18-й армии. Новая должность опять-таки была пониже предыдущей. Выходит, в первые два года войны карьера Брежнева развивалась по нисходящей. Это обстоятельство необходимо иметь в виду. Леонид Ильич, несомненно, переживал свои неуспехи, считал такое отношение к себе несправедливым и со временем попытается переписать свою военную биографию.
Брежнев прибыл в 18-ю армию, когда уже шли бои на Малой Земле. Но эта героическая страница истории войны прочно связана с именем Брежнева.
Когда советские войска подошли к Карпатам, приказом Ставки образовали 4-й Украинский фронт. В августе 1944 года в состав фронта включили 18-ю армию. Армия участвовала в освобождении Чехословакии, Польши, Румынии, Венгрии. Командовал фронтом генерал армии Андрей Иванович Еременко, членом военного совета был генерал-полковник Лев Захарович Мехлис.
Начальник политотдела армии занимался работой политаппарата в частях, пропагандой, печатью, ведал приемом в партию и разбором персональных дел. Иначе говоря, к военным делам Леонид Ильич отношение имел косвенное. В армейской среде Леонид Ильич чувствовал себя неплохо и, судя по отзывам, нравился подчиненным. У него был природный юмор, он относился к своим офицерам по-человечески. Но Брежнев жаловался друзьям, что его не продвигают по службе, что многие начальники политотделов армий уже получили генеральское звание, а его зажимают.
Еще до войны, 7 мая 1940 года, указом президиума Верховного Совета в вооруженных силах были введены новые звания. Они присваивались правительственной комиссией, которая рассматривала личное дело каждого командира. Для высшего политического состава специальные звания сохранялись. И только когда в октябре 1942 года в очередной раз был упразднен институт военных комиссаров, политработникам дали обычные для армии и флота звания.
Бригадные, дивизионные, корпусные и армейские комиссары получили генеральские звания. Впрочем, вожделенные генеральские погоны достались не всем бригадным комиссарам. Заместитель начальника политуправления Южного фронта Леонид Ильич Брежнев при аттестации стал 15 декабря 1942 года всего лишь полковником. И только 2 ноября 1944 года Брежневу наконец присвоили звание генерал-майора.
18-я армия закончила свой боевой путь в освобожденной от немецких войск Чехословакии. После войны ее расформировали. Но Брежнев уже получил вожделенное повышение. Ему благоволил член военного совета фронта генерал-полковник Лев Захарович Мехлис, один из доверенных помощников Сталина.