На рубеже XV–XVI вв. при Мухаммеде держава сонгаев достигла вершины своего могущества. Сам Мухаммед, ревностный мусульманин, не только совершил хадж в Мекку, но и широко покровительствовал мусульманским ученым, которых он приглашал из арабских стран. В Томбукту при нем действовало высшее учебное заведение типа университета, где готовились кадры специалистов в области исламской теологии, права, математики, гуманитарных наук. Сонгайские города, как и вся транзитная торговля и прежде всего добыча золота, приносили казне немалый доход. Но, как и в Мали, в сонгайском государстве существовало уже и регулярное обложение населения налогом. Зависимые иноплеменники, рабы, использовались на обработке земель, которые щедро раздавались высшим должностным лицам. Вассальные вожди платили правителю дань. Государство активно впитывало нововведения, способствуя передаче опыта (приглашение иностранных ученых; предоставление условий для европейских огородников; строительство ирригационных сооружений на Нигере).
Могущество Сонгая было подорвано нашествием марокканского войска в конце XVI в. Вооруженное огнестрельным оружием и состоявшее в значительной степени из Испанских наемников, частично исламизированных, это войско сумело нанести решительный удар по сонгайскому государству, правители которого, оттесненные на восток, постепенно деградировали. Марокканцы прибыли в Судан с севера в поисках все того же золота. Но прииски к этому времени уже истощились, а экспедиция стоила дорого. Марокканский султан вскоре потерял интерес к Судану, а посланные им воины, женившись на местных женщинах, так и остались там, основав пашалык, которым управляли избиравшиеся воинами паши. Пашалык просуществовал в северной части Западного Судана, включая Томбукту и Гао, вплоть до середины XVIII в., когда он был разгромлен сахарскими кочевниками-туарегами. К югу и юго-западу от марокканского пашалыка в XVII–XVIII вв. возникло несколько государств, основанных местными народами фульбе и бамбара.
Племенные протогосударства фульбе и бамбара. Скотоводы западного Сахеля из племени фульбе уже в IX в. в районе современного Сенегала (побережье, отделенное от западносуданской саванны горным плато), возглавили племенное протогосударственное образование Текрур, став первой из четырех тукулерских династий. Есть сведения, что скотоводы фульбе появились здесь с севера, в расовом отношении отличались от местного негроидного населения и были знакомы с исламом. Часть фульбе осела, остальные оставались кочевниками и в поисках пастбищ постепенно мигрировали на восток, распространившись чуть ли не по всей территории Западного и Центрального Судана. В районе излучины Нигера в Масине часть фульбе (фульбе-бороро), подвергшись процессу трибализации, осела, создав протогосударство, вначале зависимое от Мали, затем от Сонгая. Выдержав натиск марокканцев, масинские фульбе на рубеже XVI–XVII вв. добились независимости. Бывшие кочевники-фульбе неплохо вписались в городскую культуру Западного Судана, заняли многие должности чиновников и пополнили собой ряды мусульманского духовенства. Видимо, малочисленность оседлой части фульбе была одной из причин того, что они подверглись мандингизации, т.е. постепенно утратили свой язык, переняв язык мандингского народа бамбара (но сохранив этническое лицо).
Этническая общность бамбара, родственная сонинке и малинке Ганы и Мали, в XVI–XVII вв. стала едва ли не преобладающей в западно-суданском районе среднего течения Нигера, т.е. в зоне обитания трех вышеупомянутых государственных структур (Ганы, Мали, Сонгая). Окончательно оттеснив последних правителей Мали и воспользовавшись крушением Сонгая под ударами марокканцев, трибализовавшиеся бамбара создали к юго-западу от марокканского пашалыка серию племенных протогосударств, добившихся расцвета в XVIII в. Сильнейшим из них было Сегу, правитель которого Битон Кулибали создал сильную армию и совершил ряд успешных завоеваний, присоединив к Сегу, в частности, и фульбскую Масину.
В конце XVIII в. вновь вышли на передний план фульбе, которые попытались было под знаком религиозного обновления объединить ряд мелких государственных образований Западного и Центрального Судана вплоть до озера Чад. Фульбский мусульманский проповедник Осман дан Фодио на рубеже XVIII–XIX вв. сумел создать в этом районе Африки большой халифат Сокото, просуществовавший почти весь XIX век и построенный преимущественно на исламской административно-политической и социально-экономической основе с сильной централизованной властью и хорошо налаженной системой налогов. Специфическим отличием халифата была этническая суперстратификация: фульбе считались привилегированным меньшинством, тогда как большинство населения, принадлежавшее к хауса, подчинялось им.