Реализация этой задачи связана с именами едва ли не наиболее известных исторических деятелей Японии – Ода Нобунага, Тоётоми Хидэёси и Токугава Иэясу. В обстановке всеобщих усобиц честолюбивый Ода сумел одного за другим одолеть нескольких даймё и в 1573 г. свергнуть последнего сёгуна из дома Асикага. Одним из наиболее ожесточенных противников Ода в этой борьбе оказались буддийские монастыри, что сыграло немалую роль в определении политического курса Ода по отношению к христианству.
Первые христиане появились в Японии в 40-х годах XVI в. вместе с португальскими купцами. Затем в Японию прибыли миссионеры-иезуиты, в том числе знаменитый Франциск Ксавье. Их усилиями христианская религия в крайне выгодных для укоренения на островах Японии условиях ожесточенных междоусобиц стала распространяться довольно быстрыми темпами: уже в 1580 г. в стране было около 150 тыс. христиан, а также 200 церквей и 5 семинарий; к началу XVII в. христиан было около 700 тыс. Этому способствовала, в частности, и политика южных даймё, заинтересованных в португальской торговле и, главное, в обладании огнестрельным оружием, доставка, а затем и производство которого в Японии были налажены именно католиками-португальцами.
В 80-х годах XVI в. Ода овладел уже половиной провинций страны, включая столицу Киото, и провел ряд реформ, направленных на ликвидацию политической и экономической раздробленности, на развитие городов и торговли, но под верховным контролем власти (в частности, в 1568 г. был лишен своей автономии торговый город Сакаи). После убийства Ода в 1582 г. власть попала в руки его помощника Тоётоми Хидэёси, выходца из крестьян. Хидэёси сумел завершить дело объединения страны и даже лелеял мечту расширить свою власть за счет завоеваний на континенте. Неудачи экспедиции в Корею похоронили эти мечты. Однако внутренние реформы дали немалый эффект. Была усилена централизованная власть, укреплен контроль за городами и торговлей, уделено внимание земельной реформе, целью которой было закрепить земли за крестьянами, способными исправно платить налоги в казну государства. В отличие от Ода новый правитель выступил против чрезмерно усилившихся, по его мнению, иезуитов и вообще христиан. В 1587 г. он даже издал было указ об изгнании иностранных миссионеров, португальцев и испанцев, и организовал преследование японцев-христиан, включая уничтожение церквей и издававших церковную литературу типографий. Но успеха это не дало, ибо преследуемые укрывались под надежной защитой принявших христианство мятежных южных даймё. После смерти Тоетоми Хидэёси в 1598 г. власть оказалась в руках одного из его сподвижников Токугава Изясу, который сумел одолеть соперников и в 1603 г. провозгласил себя сёгуном. Началась длительная эпоха нового, третьего по счету после Минамото и Асикага, сёгуната, токугавского, продолжавшегося вплоть до реставрации 1867 г., «Мэйдзи исин».
В классической формуле «начал, продолжил, завершил», обычно относимой к оценке деятельности всех трех выдающихся объединителей страны в XVI в., на долю Токугава Иэясу приходится заключительная фаза. Суровой рукой окончательно покорив всех мятежных даймё и объединив страну под своей властью, дом Токугава и прежде всего сам Иэясу приступили к серии реформ, направленных на закрепление успеха. Даймё, которых к тому времени насчитывалось около 200, сохранили некоторые традиционные права, включая суд и административную власть в пределах своего владения, при них остались и их самураи, находившиеся в основном на натуральном довольствии. Однако за это они не только должны были признать авторитет сёгуна, но и в знак этого признания каждый второй год вместе с семьей, челядью и даже частью дружины проводить в специально построенной для этого дворцовой усадьбе в Киото. Это своего рода заложничество сыграло важную роль в укреплении власти центра. Кроме того, дом Токугава позаботился о том, чтобы враждебные ему даймё (посторонние – в отличие от тех, кто был родней или вассалом сёгуна), именовавшиеся тодзама, не проживали компактно, но были бы территориально оторваны друг от друга. Ремесло и торговля в тех городах, где прежде осуществляли свою юрисдикцию даймё, были переданы в подчинение центру вместе с самими городами. Все это значительно подорвало могущество князей и укрепило власть сёгунов, т.е. государства.