Прежде всего система государственной власти оказалась не столь прочной, как то было в Китае (даже в Корее). Божественный тэнно, как это выяснилось уже в конце VIII в., более царствовал, нежели реально управлял страной. Конфуцианской элиты чиновников-администраторов по китайскому образцу вокруг него не сложилось, как не возникла и система регулярного их воспроизводства с конкурсными экзаменами в качестве ее базы. Это было первое очень важное, даже принципиальное отличие японской модели от китайской, корейской и вьетнамской. Вакуум власти оказался заполненным влиятельным домом Фудзивара, представители которого из поколения в поколение не только наследственно становились регентами-правителями при императорах, но и женили императоров на женщинах своего клана.
Отстроив новый город Хэйян (Киото), опять-таки по китайскому образцу, дом Фудзивара перенес туда центр администрации страны, сделав, таким образом, Хэйян даже не второй, а фактически первой столицей Японии (794 г.). В IX–XI вв. влияние Фудзивара настолько усилилось, что императоры превратились почти в марионеток в их руках. И хотя они, опираясь на часть недовольной этим аристократической знати, пытались время от времени сопротивляться, к успеху это не привело. Напротив, сложился даже некий стереотип двойственной, со временем даже тройственной власти. Как правило, каждый император не слишком долго оставался на троне: взойдя на него в малолетнем возрасте (дом Фудзивара обычно был заинтересован именно в этом), он в годы зрелости отрекался от власти в пользу своего малолетнего наследника и уходил в тот или иной буддийский монастырь, сохраняя при этом за собой определенное влияние на положение дел в стране. Постепенно эта практика стала использоваться некоторыми экс-императорами для того, чтобы создать в своем монастыре альтернативный политический центр, в чем были заинтересованы как соперничавшие с Фудзивара знатные роды, так и влиятельные монастыри. Но, хотя упомянутые альтернативные центры власти иногда становились достаточно могущественными, сам по себе факт распыления власти между двумя-тремя центрами был в конечном счете на руку именно Фудзивара, чей центр в Хэйяне продолжал в этой ситуации быть главным.
На что опирался этот влиятельный клан в борьбе за власть? Дело в том, что при отсутствии налаженной системы воспроизводства чиновников-конфуцианцев система бюрократии по китайскому эталону неизбежно должна была оказаться неэффективной. Неудивительно, что в территориальной администрации Японии посты губернаторов и уездных начальников захватили и почти наследственно удерживали за собой местные знатные дома, вследствие чего централизованная структура приобрела явственные признаки феодальной, в рамках которой каждый сильный владетельный аристократ чувствовал себя хозяином в своей местности. И он не только чувствовал себя хозяином, но и реально был им, ибо в сфере аграрных отношений по все той же причине искусственно созданная по китайскому эталону надельная система с круговой порукой пятков и десятков дворов тоже оказалась несостоятельной: с IX–Х вв. государственные наделы стали превращаться фактически в наследственные владения крестьянских семей, а совокупность нескольких деревень (не обязательно соседних) обычно оказывалась владением (сёэн) знатного дома, господствующего в данном уезде. Конечно, часть своих доходов владельцы наследственных сёэн были обязаны посылать в центр – все-таки они формально оставались представителями власти в уезде, но это не мешало такого рода знатным домам чувствовать себя хозяевами уезда. Приблизительно с Х в. в Японии вся власть на местах оказалась в руках частновладельческих домов знати, владельцев сёэн разных размеров. Собственно, эту структуру, сложившуюся в качестве альтернативы классической китайской конфуцианской бюрократической администрации, следует считать вторым принципиальным отличием японской модели организации государства и общества. Но и это еще не все.
Процесс приватизации и сложения системы сёэн достаточно болезненно сказывался на крестьянах, которые были обязаны хорошо кормить своих хозяев и к тому же посылать от их имени налоги в центр. Быть может, количественно, с точки зрения нормы эксплуатации, разница была не слишком большой (в конце концов не все ли равно, кормить представителя местной власти, т.е. чиновника, или владельца сёэн). Но зато с точки зрения организации администрации и вообще всей структуры власти она оказалась огромной.