Первые протогосударства на территории Малайи, возникшие на рубеже нашей эры, были, таким образом, скорее иноземными анклавами, нежели результатом спонтанного развития местных этнических общностей. Однако со временем индо-буддийское религиозно-политическое ядро городских поселенцев обрастало тяготевшей к нему местной сельской периферией. Возникали протогосударственные образования типа городов-государств, значительная часть которых вначале находилась в вассальной зависимости от кхмерской Фунани либо, чуть позже, с VIII в., от суматранской Шривиджайи. Когда в XI в. южноиндийское государство Чолов овладело на некоторое время Шривиджайей, это отразилось и на малайских государствах, попавших под власть Чолов. В XII в. часть малайских княжеств оказалась под властью кхмерского Ангкора. Но одновременно от своих претензий на сюзеренитет не отказывались и суматранская Шривиджайя, и усилившееся государство Джамби, бывшее прежде вассалом Шривиджайи. В XIII в. среди малайских княжеств выделилось государство Трамбралинга, решившее освободиться от вассальной зависимости. Однако апелляция за помощью к тайскому Сукотаи привела лишь к тому, что Трамбралинга оказалась под властью Сукотаи. Долгие годы малайцы боролись за вытеснение тайцев из своей страны. А когда эта цель была достигнута, на гегемонию стал претендовать яванский Маджапахит.
Картина, в общем, достаточно ясна: малайские княжества, располагавшиеся в стратегически важном районе Юго-Восточной Азии и контролировавшие судоходство по Малаккскому проливу, были слишком лакомым куском, чтобы долго сохранять полную независимость. Слабость же этих небольших государственных образований способствовала тому, что они то и дело попадали в вассальную зависимость от сильного соседа. Ситуация довольно резко изменилась лишь на рубеже XIV–XV вв., когда бежавший из Маджапахита в Малайю яванский принц Парамешвара сделал ее своей социально-политической опорой в борьбе за создание сильной власти мусульман.
Дело в том, что после начала процесса исламизации Индии основной поток индийских торговцев в Юго-Восточную Азию стал формироваться за счет торгового флота Гуджарата. Гуджаратские индийские купцы были преимущественно мусульманами, что не замедлило сказаться на превращении ислама в ведущую силу в малайско-индонезийской торговле. В 1414 г. Парамешвара официально принял ислам и под именем Искандер-шаха стал во главе созданного им Малаккского султаната, быстро сумевшего захватить не только почти всю Малайю, но также и часть Суматры, ряд прилежащих островов. Хотя сам Искандер-шах и не сумел добиться сразу полного успеха, ибо ориентировавшаяся на индуизм часть малайской торгово-политической верхушки была в то время еще достаточно сильна, с середины XV в. ислам в султанате уже прочно закрепился. Малаккский султанат именно с помощью исламских политических и социальных институтов превратился в крепкое централизованное государство с верховной властью правителя, осуществлявшего – как то бывало свойственно всем исламским политическим структурам – строгий верховный контроль и над земельными отношениями, и в сфере политической администрации, и в торговле. Существенно заметить, что, хотя мусульмане проникали и закреплялись на островах Индонезии задолго до возникновения Малаккского султаната, только после победы ислама в Малайе и появления сильной централизованной державы в районе Малаккского пролива мусульмане стали одерживать победу за победой и в Индонезии. В частности, этому способствовала миграция малайцев-мусульман в Калимантан, в области Саравак и Сабах – те самые, которые уже в наше время вошли, далеко не случайно, в состав Малайзии. На протяжении XV в. ислам активно вытеснял остатки индуизма и буддизма в сфере малайской культуры, что привело, в частности, к замене индийской письменности здесь арабо-персидской, к упадку храмовых сооружений индо-буддийского происхождения. В то же время исламизация способствовала выходу на передний план собственно малайского языка, к превращению его в литературный.
Малаккский султанат прекратил свое существование в 1511 г. под натиском португальцев, разбивших армию султана и превративших его столицу Малакку в свою торговую факторию, где португальские купцы господствовали вплоть до середины XVII в. Крушение централизованного государства не привело, однако, к гибели исламской государственности. На месте единого возникло несколько меньших по размеру султанатов, каждый из которых проводил собственную политику, противостоял натиску португальских, а затем и голландских колонизаторов либо в чем-то сотрудничал с ними. Конечно, децентрализация привела к ослаблению власти султанов, что и было целью колонизаторов. Да и в рамках небольших султанатов колонизаторы активно содействовали росту центробежных тенденций, т.е. усилению независимости правителей областей, нередко превращавшихся в самовластных наследственных князьков. Но, несмотря на весь этот процесс, со временем некоторым из султанатов, и прежде всего южномалайскому Джохору, удалось внутренне укрепиться и заметно усилиться. Использовав благоприятную внешнеполитическую ситуацию и вступив в союз с голландцами, султаны Джохора сумели в середине XVII в. изгнать португальцев из Малайи.
