В Х в. многие из числа принявших ислам тюркских племен стали играть активную политическую роль. Так, тюркская династия Караханидов в 999 г. пришла на смену Саманидам в Средней Азии. А небольшое племя тюрок-огузов (туркмен) во главе с предводителем из рода Сельджуков стало богатеть за счет подчинения своей власти земледельческого населения соседних территорий. В 1035 г. династия Сельджуков вынудила потомков Махмуда Газневи отдать им часть Хорасана, в 1043 г. сельджукские тюрки захватили Хорезм. Газневиды вскоре были вынуждены ограничиться лишь небольшой территорией Афганистана и Пенджаба, тогда как огузы стали распространять свое влияние все дальше, пока в 1055 г. их предводитель Тогрул-бек не захватил Багдад, заставив халифа дать ему титул «султана Востока и Запада».
Преемники Тогрул-бека продолжили его успешные завоевания, объединив под своей властью земли Ирана, Ирака, Закавказья, Сирии и Палестины, даже часть отвоеванной у Византии Малой Азии. Но внутренне расширившийся султанат был слаб, политически рыхл. Не имея веками отработанной административно-политической традиции и не придавая ей большого значения, вчерашние кочевники выше всего ценили родоплеменные связи, следствием чего стала практика наделения членов правящего дома полунезависимыми вассальными владениями, быстро превращавшимися в автономные политические образования, новые султанаты.
Уже в XI в. в государстве Сельджуков возникли фактически самостоятельные Керманский и Румский султанаты, затем появились Хорасанский, Иракский. К концу XII в. междоусобицы сделали свое дело: государство Сельджуков окончательно распалось на части, что сыграло существенную роль в усилении правителя Хорезма. В начале XIII в. хорезмшахи объединили под своей властью значительную часть Средней Азии и Ирана, Афганистан и даже Азербайджан. Однако их политические успехи были остановлены монгольским нашествием.
В 20-х годах XIII в. монголы разгромили войска хорезмшаха, вторглись в Иран, уничтожая все на своем пути. Встретив сопротивление, они продолжали войну на протяжении ряда десятилетий, пока в середине XIII в. не одержали победу. На территории Ирана и прилегающих к нему земель было основано монгольское государство иль-ханов во главе с Хулагу. Хулагуиды правили в Иране около столетия (1256–1353), причем именно в годы их правления халифы были вынуждены покинуть Багдад, а халифат практически был упразднен. В отличие от вчерашних кочевников-сельджуков монголы, тоже кочевники, придавали крепкой бюрократической администрации серьезное значение. Ильхан Газан-хан (1295–1304) официально принял ислам, сделал эту религию государственной и провел ряд важных реформ. Реформы Газан-хана немало способствовали восстановлению разрушенной монголами экономики Ирана. Но растоптанные монгольскими лошадьми и сожженные монголами города некогда богатого и процветающего Ирана даже спустя полвека, при Газан-хане, многого дать не могли: по некоторым данным, после восстановительных реформ Газан-хана хозяйство Ирана смогло обеспечить ежегодный доход на уровне 21 млн. динаров, тогда как столетием раньше этот уровень был равен примерно 100 млн. динаров. И это несмотря на то, что при монголах были увеличены налоги с населения за счет обложения всех дополнительной подушной податью купчур.
Западная часть бывшего халифата, куда не дошли завоеватели-монголы, имела свою историю, политические события которой уже с Х в. мало пересекались с теми, о которых только что шла речь. На западе халифата на рубеже VIII–IX вв. началось отпадение от халифата его эмиратов. Но этот естественный процесс там был значительно осложнен религиозными спорами и разногласиями.
Конечно, нечто в этом роде было и на востоке халифата, о чем говорилось выше в связи с историей карматов. Можно добавить, что наряду с карматами здесь активизировались и другие секты исмаилитов, в частности ассасины. Воины-смертники из числа специально воспитывавшихся сторонников этой секты (их именовали также федаями, федаинами) были нарочито ориентированы на смерть во имя веры. Хорошо тренированные и поддерживавшиеся в их воинственном азарте немалыми долями гашиша (откуда и название секты – гашашины, фр. ассасины) федаины умело проникали и ко двору неугодного эмира, и в стан крестоносцев, делая там свое дело. В конце XI в. центром секты стал горный замок Аламут, после чего в горных районах прилегающего к замку Кухистана, а также в ряде других мест возникло фактически независимое от сельджукских султанов и любых иных иранских правителей своеобразное государство исмаилитов, которое было разгромлено вместе с замком лишь монголами. Но при всей политической значимости деятельности исмаилитов (карматов и ассасинов) в восточной части халифата, на западе их роль, да и роль иных сектантов, прежде всего шиитского толка, оказалась много более значительной. Достаточно напомнить, что первый из отколовшихся от халифата эмиратов, не считая Кордовского, был шиитским, т.е. не признававшим по принципиальным соображениям сакральной святости и авторитета власти халифа-суннита.