Халифат Фатимидов, как и многие другие политические образования арабского мира, возникшие на развалинах аббасидского государства, был внутренне слаб, прежде всего, о чем уже упоминалось, из-за отсутствия надежной легитимной основы. Уже в середине XI в. потомки первых халифов оказались игрушкой в руках гвардейских военачальников из числа гулямов тюркского либо суданского происхождения, с которыми соперничали также вожди берберских племен. При халифе Мустансире (1036–1094) эта борьба завершилась истреблением части гвардейцев, но в конечном счете гулямы взяли верх. Это привело в XII в. к заметному ослаблению политического могущества Фатимидов. Крестоносцы отобрали у них Сирию и Палестину, причем новый иерусалимский король Амальрих в 1167 г. побывал даже у стен Каира. На западе значительная часть Магриба оказалась под властью Альморавидов, захвативших во второй половине XI в. не только все североафриканские арабские владения, но частично также и земли Ганы, а затем и мавританскую Испанию, где под ударами христиан в это время пал Мордовский халифат. В середине XII в. на смену Альморавидам в Магрибе пришли к власти Альмохад, к которым перешло наследие Альморавидов, включая и мусульманские территории Испании.
В 1171 г. военачальник Салахад-дин (Саладин) совершил в Каире переворот, провозгласив себя султаном. Власть фатимидских халифов пала, а султаны новой династии Алюбидов (1171–1250), будучи суннитами, признали авторитет багдадского халифа. Объединив под своей властью также и Сирию, где в середине XII в. крестоносцы были вынуждены вернуть Дамаск мусульманам (эмиром Дамаска стал курдский полководец Айюб, отец Саладина), и заключив мир с досаждавшими ему ассасинами, дважды покушавшимися на его жизнь, Салах-ад-дин всю свою незаурядную энергию направил на борьбу с крестоносцами. В 1187 г. он занял Иерусалим и захватил почти все важнейшие опорные пункты христова воинства. Правда, после третьего крестового похода Ричард Львиное Сердце заключил с Саладином выгодный мир, оговорив право христиан прибывать в Иерусалим для паломничества в святые места. Но большего крестоносцы добиться уже не могли. И надо сказать, облик Саладина произвел на них неизгладимое впечатление. Будучи, в отличие от большинства современных ему восточных правителей, человеком не только щедрым, но и скромным, Саладин привлек внимание к своей личности. В западноевропейской традиции он предстает в качестве благородного рыцаря, что нашло свое отражение прежде всего в сочинениях менестрелей.
После смерти Салах-ад-дина его наследники повели междоусобную борьбу за султанат, владения которого к этому времени охватывали не только Египет и Сирию, но также Хиджаз с Меккой и Мединой и часть Месопотамии. Междоусобные распри вновь усилили роль мамлюкской гвардии, которую правители создавали из купленных ими рабов. Неудивительно, что в 1250 г. последний из Айюбидов был свергнут одним из мамлюков, после чего Египет на протяжении двух с половиной веков оказался под властью мамлюкских правителей, которые сумели не только сохранить свою власть, но и успешно противостоять монгольским войскам. После упразднения Багдадского халифата при Хулагуидах в Каир прибыл бежавший туда один из близких родственников последнего халифа. Мамлюкские султаны признали и приютили его, результатом чего стало превращение Каира в местопребывание последней ветви халифов, не без выгоды для мамлюков сохранявших свой сакральный авторитет среди всех мусульман-суннитов вплоть до начале XVI в., когда в качестве преемников этого сакрального авторитета стали выступать захватившие Египет турецкие султаны.
