Тем временем в Париже активизировался «Совет шестнадцати». 15 ноября 1591 г. были схвачены и казнены президент парламента Барнабэ Бриссон и еще два советника. Совет требовал создания новой «Огненной палаты» против еретиков и «политиков», выборов короля-католика, которого бы контролировали регулярно собираемые Генеральные штаты, сохранения всех прав и привилегий городов и духовенства.
Спешно прибывший в Париж герцог Майенский наказал виновных и разогнал «Совет шестнадцати», справедливо полагая, что действия радикалов оттолкнут от лиги всех «умеренных». И действительно, инициатива явно переходила в руки Генриха IV К нему в Тур устремлялись все новые беженцы, прибывали представители провинций, заявлявших о своей верности. Подавляющее большинство епископов Франции признали короля и заявили о незаконности папского отлучения его от церкви и лишения прав на корону. Теперь уже и сам Генрих IV объявил, что ведет беседы со священниками, раскрывающими ему глаза на преимущества католической веры. Политическое чутье подсказывало ему, что ситуация меняется в его пользу.
Кризис в стране достиг своего апогея. Крестьянские отряды в Бретани, Сентонже, Ангумуа уничтожали солдат и сборщиков налогов, появлявшихся на их территориях, независимо от того, служили ли они лиге или королю. Крестьяне заявляли о своей готовности перебить всех дворян. На юго-западе повстанцы — кроканы (их боевым кличем было «Aux crocants!» —-«На грызунов!») нанесли ряд поражений дворянским армиям и отказывались платить какие бы то ни было налоги. Дворянство начало осознавать всю степень опасности, нависшую над сословием в целом. Заявления радикальных лигеров (умело усиленные королевской пропагандой) о пересмотре социальной иерархии напугали «порядочных людей» — чиновников и буржуа. Все в большей степени Генрих IV представлялся единственным гарантом спасения основ государственного порядка от полного хаоса. Более того, в нем видели теперь и носителя национальной идеи. Ведь у «рьяных католиков» был лозунг: «Лучше видеть на троне испанца, чем еретика».
25 июня 1593 г. недалеко от Парижа, в древнем Сен-Дени, король торжественно перешел в католическую веру. Несмотря на запреты герцога Майенского и лигерского руководства, толпы парижан отправились приветствовать короля, которого они совсем недавно именовали не иначе, как «еретик Бурбон». Лион, Орлеан, Мо, Перонн изгнали лигерских правителей и присягнули королю. 27 февраля 1594 г. в соответствии с коронационным чином было произведено миропомазание короля.
Достоверных сведений о том, произносил ли король знаменитую фразу «Париж стоит мессы», не сохранилось. Однако 21 марта 1594 г. король во главе четырехтысячного отряда въехал в город через ворота Сен-Дени, заранее открытые лигерским комендантом Парижа Бриссаком, которому был обещан маршальский жезл и солидная пенсия.
Нантский эдикт и его значение. Генрих IV еще долго отвоевывал страну, чередуя военные действия и торги с лигерскими вождями, обещая им должности и пенсии, а городам — сохранение их привилегий и амнистию. В 1595 г. он объявил войну Испании, ослабленной неудачами в борьбе с Англией и Северными Нидерландами, но представлявшей по-прежнему грозную силу. Король, однако, в какой-то мере сумел осуществить старый план адмирала Колиньи — сплотить дворянство вокруг короля в «патриотической» войне. Этому способствовало и папское прощение: французские послы убедили папу Климента VII не осуждать короля и от его имени произнесли в Риме формулу отречения от ереси. После этого на сторону Генриха IV перешли герцог Майенский и герцог Гиз — сын убитого Генриха Гиза. Вскоре они совместно с королем выступили против испанцев, угрожавших в 1597 г наступлением на Париж.
В феврале 1598 г. сдался последний из лигеров — губернатор Бретани герцог Меркер. 13 апреля 1598 г. в Нанте король подписал знаменитый Нантский эдикт, явившийся формальным завершением Религиозных войн. По сути, он повторял серию «эдиктов умиротворения», начало которым было положено еще канцлером Лопиталем. Гугеноты, или, как они официально именовались, «приверженцы так называемой реформированной религии», уравнивались в правах с католиками. Им разрешалось занимать государственные должности, в парламентах создавались «смежные палаты» для разбора дел между ними и католиками. Секретные статьи Нантского эдикта предоставляли гугенотам несколько крепостей и оставляли за ними право собирать свои периодические собрания, как это они делали в период существования «Соединенных провинций юга».