Опасаясь необычайной популярности герцога Гиза среди парижан, Генрих III запретил ему появляться в столице. А когда тот не послушался, король для устрашения ввел в Париж своих швейцарских наемников. Но он не учел, что тем самым нарушил давние городские свободы (Париж всегда был свободен от постоя), к тому же солдаты в городе вызвали страх грабежей или «реванша» за Варфоломеевскую ночь. 12 мая 1588 г. улицы города оказались перегорожены баррикадами — большими винными бочками (barriques), набитыми землей и скрепленными между собой цепями. На баррикады вышли даже те горожане, которых король считал своей опорой: сила соседской солидарности оказалась сильнее верноподданических чувств. Солдаты попали в западню. Бойню предотвратило лишь прибытие некоронованного короля Парижа — герцога Гиза. После «дня баррикад» Генрих III покинул столицу.
Более чем когда-либо нуждаясь в деньгах и в политической поддержке, король созвал Генеральные штаты в Блуа, однако большинство депутатов оказалось под влиянием Парижской лиги. Не дав Генриху III денег, они потребовали заменить на всех постах королевских ставленников литерами, ввести Генриха Гиза в Королевский совет и нанести решительный удар по «еретику Бурбону». Король сделал вид, что идет на уступки. Но пригласив братьев Гизов (герцога и кардинала) на заседание своего совета в Блуаском замке, приказал их убить.
Устранив Гизов, король надеялся, что Парижская лига распадется, ведь феодальная клиентела существовала, лишь пока был жив ее лидер. Однако лига была не только клиентелой. Ее сплачивали и связи «горизонтальной солидарности», столь характерные для средневекового города. В каждом из 16 кварталов Парижа действовали свои ячейки активистов лиги. На их основе был организован «Совет шестнадцати», настаивавший на продолжении решительной борьбы за святое дело.
Руководство Парижской лигой взял на себя герцог Майенский, младший брат Генриха Гиза. В Генеральный совет лиги («Священного союза») вошли верные ему люди, видные чиновники, представители городов и высшего духовенства. Влияние «Совета шестнадцати» в этом органе было ограничено, но герцог не порывал с ним.
Генрих III также действовал решительно. Он основал в Туре «Парижский парламент в изгнании», куда стекались советники, бежавшие от литеров. Король примирился со своим наследником — Генрихом Наваррским. Королевским войскам и закаленным в боях гугенотским дворянам удалось нанести лигерам несколько поражений. Летом 1589 г. объединенная 40-тысячная армия двух королей осадила Париж. Но 1 августа 1589 г. Генрих III был убит одним из лигеров, монахом Жаком Клеманом.
Генрих IV: от «еретика Бурбона» к «христианнейшему королю». Перед смертью Генрих III успел сказать Генриху Наваррскому, что, не будучи католиком, он никогда не станет королем Франции. Но новый король Генрих IV (1589—1610) не торопился совершать этот, по его выражению, «опасный прыжок». Государство продолжало распадаться. Губернаторы присваивали себе право собирать королевские налоги и назначать своих людей на королевские должности. Города отказывались подчиняться своей администрации. Дворяне, входившие в окружение Генриха III, вовсе не собирались хранить верность его преемнику. Так, «последний из миньонов» герцог д’Эпернон вернулся в свои земли и стал воевать уже против всех. В этих условиях единственной опорой Генриха IV оставались гугенотские дворяне, и рисковать их доверием, отрекаясь от кальвинизма, он в данный момент не мог.
Со своей немногочисленной армией король отступил в Нормандию. Его теснили превосходящие силы герцога Майенского. После смерти Генриха III лигеры избрали королем престарелого кардинала Бурбона (так называемый КарлХ), находившегося в плену у своего племянника Генриха IV. Всем было ясно, что речь идет о временном решении. Герцог Майенский был не прочь предложить себя самого на французский престол, но сначала ему нужно было добиться военной победы. Между тем Генрих IV, сумевший получить помощь из Англии, нанес ему поражение.
Правда, и королю не удалось осуществить главную цель и захватить Париж, каждый раз его войска лишь грабили предместья, а затем отступали. Особенно страшным для парижан было лето 1590 г., когда король держал столицу в голодной блокаде. От неминуемой гибели Париж спасла тогда помощь Филиппа II. Из Нидерландов подошел небольшой отряд испанских солдат под командованием герцога Пармского. Этот талантливый полководец сумел прорвать блокаду города. Но войска Генриха IV постоянно находились в окрестностях Парижа, а затем отступили в Тур.