Не откладывая дела в долгий ящик, царь Федор летом того же года объявил Агафью Грушецкую своей невестой. Этот выбор совершенно не устраивал Милославских, которые хотели женить царя на девице из дома своих союзников, и, чтобы как-то повлиять на решение Федора Алексеевича, Иван Богданович Милославский стал уверять его, что Агафья и ее мать обе поведения самого порочного, о чем по Москве идет слух, и, мол-де, что, женившись на Грушецкой, царь себя опозорит. Однако Федор Алексеевич был не так прост, чтоб поверить одним словам, — он снова отправил Языкова в дом Заборовского, поручив ему добиться верных сведений «о состоянии невесты».
Задача была крайне трудная — царские посланцы никак не могли приступить к существу дела, ведя разговоры с Семеном Ивановичем «вокругда около», покуда вдело не вмешалась сама девица. Подслушивая, о чем говорят с дядей посланцы царя, она обо всем догадалась и, набравшись духу, вышла к гостям, объявив им, что распускаемые о ней слухи вздорны и она своей жизнью клянется в том, что «о состоянии невесты» государю беспокоиться не стоит. Таким образом, дело было решено, попытка боярина Милославского провалилась, а сам он был пощажен только благодаря заступничеству Агафьи Семеновны, но, много потеряв в глазах царя, утратил свое влияние, из-за чего затаил на Языкова большую злобу.
Почти сразу же после того, как Агафья Семеновна была объявлена невестой, они венчались с нею в Успенском соборе, проведя церемонию без всякой пышности и очень скромно отпраздновав свадьбу. Воспитанная польской няней царица Агафья, грамотная, знавшая польский язык, любившая книги и умевшая постоять за себя, имела на мужа большое влияние. Не без ее участия царь Федор отменил запреты прежних лет на бритье бород и ношение иноземного платья для русских. Подавая пример подданным, он сам облачился в польское платье, перестал брить голову, как это прежде делали русские цари, и отпустил длинные волосы. Придворным было запрещено являться в Кремль в охабнях, однорядках и терликах. Старые бояре стали стричь бороды, а молодые так и бриться. Прямо в Кремлевских палатах курили табак, за что прежде полагалось наказание кнутом, «невзирая на чины». В Заиконоспасском монастыре в 1681 году была основана Типографская школа — учебное заведение, посильно копирующее европейские колледжи. Решался вопрос об открытии «латинских школ» при московских монастырях.
Царственная семейная пара, во многом совпадая во взглядах и имея общие интересы, судя по всему, была счастлива, но счастью их не суждено было быть долгим. Год спустя после свадьбы, летом 1681 года, молодая царица, не оправившись после тяжелых родов, умерла, а через три дня умер рожденный ею царевич. Эти смерти сильно ударили по царю Федору — он очень горевал о царице и сам расхворался пуще прежнего. Тем не менее полгода спустя после похорон, поддавшись на уговоры Языкова, царь решил жениться сызнова. Несмотря на сопротивление Милославских, Языков сосватал Федору Алексеевичу свою дальнюю родственницу, Марфу Матвеевну Апраксину, коей шел только пятнадцатый год. Ища сильных союзников в борьбе против клана Милославских, Языков задумал вернуть ко двору Матвеева и научил молоденькую царицу Марфу, которой Артамон Сергеевич доводился крестным отцом, просить за него царя. Слабевший с каждым днем Федор Алексеевич, давно уже не сердившийся на Матвеева, без всякого сопротивления уступил просьбам супруги. Опальный боярин был прощен, ему вернули отобранные имения, да сверх того за перенесенные страдания Федор Алексеевич пожаловал его селом Верхний Лондох с деревнями.
Но разрешение вернуться в Москву Артамон Сергеевич получил уже от нового царя — 27 апреля 1682 года Федор Алексеевич умер, не оставив распоряжений в отношении престолонаследия. На вопрос патриарха Иоакима, обращенный к народу, собравшемуся у дворцового крыльца, на царство «выкрикнули» малолетнего Петра. Именем этого нового царя и был подписан указ, посланный Матвееву.
Тело Федора Алексеевича еще не было предано земле, как в Москве началось брожение среди русских военных, вызванное многими причинами, главной из которых была задержка выплаты жалованья. Сумма задолженности была велика — 240 тысяч рублей, а те деньги, которые все же отсылались в полки, разворовывались командирами. Не имея возможности противостоять вооруженной массе, правительство спешно пошло на уступки: нескольких наиболее замаранных воровством полковых командиров били кнутом на площади, других погнали со службы, конфисковав их имущество и пустив его на выдачу жалованья. На какое-то время это помогло утихомирить полки, но угли мятежа продолжали тлеть.
