Сначала поручик Грегори служил шведам, потом польскому королю. Но после нескольких военных кампаний боевой задор молодости в нем пошел на убыль. И тут вдруг знакомые соотечественники, уехавшие в Московию, предложили ему попробовать себя в качестве учителя. Иоганн Готфрид решил попытать счастья в далекой стране и в октябре 1658 года приехал в Москву, не подозревая о том, какие повороты судьбы и карьеры его ожидают.
Прибыв в Москву, экс-поручик против своей воли оказался втянутым в интриги Немецкой слободы, возникшие из-за конкуренции двух лютеранских приходов. Сам он занял место учителя приходской школы при «новой» лютеранской кирхе пастора Фадемрехта, в то время как разгорелся ожесточенный спор вокруг второй слободской кирхи, в которой с 1647 года проповедовал пастор Иоаким Якоби. Примерно за год до того, как в Москве появился Грегори, Якоби умер, и его место осталось вакантным. Как раз в ту же пору в Немецкой слободе появился датский военный инженер и артиллерист, полковник Клаус Бауман, прибывший на службу русскому царю во главе группы иноземных офицеров. Датский полковник оказался умелым воином и отличным военным организатором — он скоро заслужил расположение царя и занял видное положение в Немецкой слободе. С его мнением считались, и потому никто не возражал, когда полковник Бауман отправил письмо пастору Иоанну Дитриху Фокероту из Тюрингии, приглашая его в Москву занять место при «старой» кирхе. Фокерот приехал в феврале 1658 года и только в Москве узнал, что кирхи, в которой его приглашали служить, уже не существует. Пока письмо Баумана дошло до Фокерота, да пока тот думал, ехать или нет, да пока доехал до Москвы, срок траура по пастору Якоби вышел, и его вдова тут же вышла замуж за подполковника Ивана Юкмана. Вместе с нею в полное распоряжение Юкмана перешла и кирха, которая, по сути, являлась пристройкой к старому дому пастора Якоби.
Подполковнику ветхая кирха была совершенно ни к чему, и он распорядился разобрать ее — таким образом, в слободе осталась только одна лютеранская кирха пастора Фадемрехта, к которому перешли прежние прихожане пастора Якоби.
В то время, когда Юкман сносил старую кирху, полковник Бауман вместе со своими офицерами был в Малороссии, воюя под командой князя Алексея Никитича Трубецкого с казаками Выговского и крымскими татарами. Поход для русской армии был удачен, и за бои под Конотопом, длившиеся с 19 апреля по 27 июня 1659 года, Бауман был пожалован чином генерал-поручика. Вернувшись в начале 1660 года в Москву, он застал там Фокерета пребывающим не у дел, а кирху разобранной. Пастора господин генерал принял на собственное содержание, а сам попробовал доказать, что уничтожение здания кирхи было произведено незаконно, однако сделать это было не так-то просто.
Подполковник Юкман, хорошо ориентируясь в реалиях московской жизни, сумел ловко «обтяпать дельце» и получил в Земском приказе особый имущественный документ — «данную грамоту» от 29 марта 1660 года, которая закрепляла за ним земельный участок и все строения на этом участке; таким образом, выходило, что подполковник распорядился «своим имуществом» на законных основаниях.
Тогда Бауман, заручившись поддержкой слободских старшин, подал в Земский приказ жалобу на своевольство Юкмана и добился того, что 12 ноября 1660 года вышло решение, согласно которому Юкмана, его жену и пасынка выселяли на другой земельный участок, а кирха возобновлялась на прежнем месте. Для постройки кирхи Бауман сделал крупное пожертвование и активно призывал к тому остальных бывших прихожан пастора Якоби. Такой оборот дела не понравился пастору Фадемрехту, не желавшему терять часть паствы, которую он уже привык считать своей. В свою очередь, Бауман, почувствовав оппозицию пастора, предпринял попытку сместить его с кафедры, наметив ему на замену школьного учителя Грегори, тем более что тот и сам не прочь был стать пастором.
Для этого ему требовалось получить пасторскую ординацию, а прежде следовало защитить диссертацию по богословию, что можно было сделать только при теологическом факультете какого-нибудь европейского университета. Но генерал Бауман уже твердо решил сделать пастором Грегори, а потому, не поскупившись, за свой счет отправил его в Йену. Там соискатель ординации, подготовившись в местном университете, защитил диссертацию и, получив степень магистра богословия, представил соответствующие дипломы и прошение о рукоположении в дрезденскую лютеранскую консисторию. Вскоре Иоганн Готфрид Грегори был объявлен пастором и получил в удостоверение этого соответствующие бумаги.
