Вскоре после этой расправы Бомелий предложил царю новую технологию избавления от политических противников при помощи тайных убийств, пуская в ход яды, которые он обязывался создавать. И это свое обещание выученик Кембриджа сдержал, дав возможность Ивану Грозному истреблять неугодных людей, не обременяя себя придумыванием каких-либо поводов, инсценировкой судов, кровавыми пытками для вытягивания обвинений. Судя по всему, Бомелий был незаурядный токсиколог: в своем доме он устроил лабораторию, где вырабатывал различные «зелья», которыми успешно изводил родовитых бояр и попавших под подозрение придворных. В своем страшном искусстве он усовершенствовался настолько, что составлял яды, которые убивали с задержкой, в точно назначенную «заказчиком» минуту. Снадобья действовали так, что отравленный мог умереть мгновенно, «остолбенев и разом почернев», а мог и помучиться, пока хитрый яд не истерзает тело.
Царь Иван осыпал своего лейб-медика наградами. Хитроумный «дохтур Елисей», чутко уловив метания царственной души, вел тонкую игру, постепенно прибирая власть при московском дворе к своим рукам. Запугивая предсказаниями, нашептывая, высказывая подозрения, предрекая бунты, Бомелий навел на Ивана Грозного такого страху, что по его наущению тот писал английской королеве Елизавете, что «не чает себя безопасно в своей стране», и на всякий случай просил принять его, если придется бежать. Бомелий уговаривал царя ехать свататься к английской королеве Елизавете или одной из ее ближайших родственниц, уверяя, что каждая из них с радостью пойдет за Ивана Васильевича. Советовал, породнившись с английским королевским домом, поселиться в Лондоне насовсем и оттуда управлять своим царством, не опасаясь покушений недругов на свою жизнь.
В таком статусе особо доверенного придворного Бомелий продержался у трона Ивана Грозного целых девять лет. Почему рухнула его карьера, доселе в точности не известно. По одной из версий, он, систематически занимаясь астрологией в одной из башен Кремля, высчитал неугодный царю гороскоп и позже, глядя в хрустальный магический шар, предрек смерть царских сыновей и разорение державы. По другой, заигравшись в сватовство к английской королеве, Бомелий перешел некую грань и, опасаясь разоблачения, прихватив «нажитое», пытался скрыться, но был схвачен во Пскове. Также пишут, что были выявлены его сношения с польским королем Стефаном Баторием. Впрочем, поводов может быть и несколько, а главная причина одна — исполнитель множества грязных делишек слишком много знал такого, чего не должен был знать никто.
В 1579 году «дохтура Елисея» взяли в застенок и подвергли пыткам. На дыбе он назвал своим сообщником новгородского епископа и почти всех своих знакомых, говоря, что они составили заговор, «злоумышляя на государя». Умер этот человек так же затейливо, как и жил: его проткнули огромным железным вертелом и медленно поджарили на углях, но не до смерти, а так, «до полуготовности». Потом его сняли с вертела и, бросив в сани, увезли куда-то в застенок, где, как говорят, Элизеус Бомелиус умирал в страшных мучениях еще два дня.
Жену его — миссис Джек Рикердс — удерживали в Москве несколько лет и отпустили лишь по особому ходатайству королевы Елизаветы. Но произошло это уже после смерти царя Ивана — ходатайство в 1583 году английский посол Боус вручил ему, а разрешение на отъезд 30 мая 1584 года дал вступивший на престол после смерти грозного отца кроткий государь Федор Иоаннович.
Полагают, что после мистера Бомелиуса осталось немалое наследство в виде произведенных в его лаборатории снадобий, которые время от времени «выстреливали» в скандальных историях позднейших времен. Одно из самых известных преступлений, совершенных при помощи, возможно, яда произведенного «дохтуром Елисеем», случилось чуть ли не тридцатью годами позже его гибели. Речь идет об отравлении князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского, героя времен Смуты.
К тому времени в Москве обреталось немало всяческих авантюристов; некоторые из них имели медицинские дипломы. В числе прочих прибыл сюда немец Каспар Филлер, уже увенчанный лаврами медицинской знаменитости. Он сделал карьеру при германском имперском дворе, затем по приглашению французской короны отправился в Париж, где был лейб-медиком королевы, а покинув эту должность, поселился в Риге, служа курляндскому герцогу. Там его и приметил Рейнгольд Бекман, посланец царя Бориса Годунова, отправленный для найма европейских врачей. Прибыв в Москву в 1601 году, доктор Каспар стал строить свою карьеру не на одной только медицине, но и пустившись в разные интриги; начал он с доноса на шведского принца Густава, которого пригласили в Москву, рассчитывая повенчать с царевной Ириной Борисовной и сделать вассальным ливонским королем, то есть, в сущности, провернуть с ним ту же операцию, что не удалась с принцем Магнусом.