Эти права Александра (аналогичные правам других монархов, во владениях которых находились приораты госпитальеров) также могли быть определены как протекторские. Вообще же исторически термин «протектор Ордена» в разных ситуациях трактовался по-разному. Александр I не вполне корректно смешивал в своих указах и манифестах обязывающее почетное звание протектора Державного ордена (дарованное иоаннитами его отцу и самовольно принятое им самим) со своими правами протектора орденских структур в России. Между тем эти два протекторских статуса глубоко различны. Первый из них никоим образом не являлся наследственным. Второй был унаследован Александром I от отца вместе с готовностью соблюдать конвенцию 1797 года и условия пожалования 29 ноября 1798 года. Так или иначе, протекторские полномочия Александр делегировал поручику (местоблюстителю) великого магистра бальи графу Н. И. Салтыкову.[52] Ему же было поручено управлять делами Российского некатолического приората.
Александр сохранил за собой и звание великого маршала, назначив бальи И. Л. Голенищева-Кутузова своим заместителем на этом посту.[53] Историки, приписывающие Александру I роль главы Ордена, упускают из виду то, что все сделанные им перестановки и назначения основывались на его приорских, маршальских и императорских полномочиях, а не на «волевом» взятии всей власти в свои руки.
Другие авторы, напротив, усматривают первый признак высочайшего неблаговоления к Ордену в том, что Александр провозгласил себя «лишь» протектором и не стал домогаться магистерства. В этом же духе рассматривается утверждение Александром I императорского титула (18 апреля 1801 года) и государственного герба (26 апреля) без каких-либо госпитальерских элементов. Но ни один акт не устанавливал потомственного права российских, монархов на какое-либо (тем паче главенствующее) место в Ордене. Должность главы мальтийских рыцарей оставалась выборной. К тому же члены орденской администрации (даже русские и православные) понимали, что повторять благочестивый трюк со стихийными выборами магистра (как это было в 1798 году) немыслимо; что члены западных приоратов не подадут голоса за некатолика, по крайней мере за второго некатолика подряд; что форсировать «экуменизацию» Ордена нельзя и апеллировать к этому процессу рано; и наконец, что передача магистерства от немонаха к немонаху, превратив исключение в норму, подорвала бы устои Ордена.
Летом 1801 года в составе Священного совета не было ни одного обетного рыцаря и только один католик-мирянин (бальи герцог де Серракаприола). Это не помешало совету на заседании 20 июля 1801 года со всей определенностью заявить о том, что Орден является религиозной организацией в юрисдикции Ватикана.
Немаловажно и то, что Священный совет 1801–1803 годов унаследовал от Павла I почтение к изначальным орденским традициям, но отнюдь не готовность к конфессиональным экспериментам.[54] Поэтому, стремясь восстановить легитимный режим в Ордене, члены совета с легкостью решали канонические проблемы, выводя Российский некатолический приорат на периферию госпитальерских организаций. 5 ноября 1802 года, в частности, совет принял решение, исключавшее приорат из сферы действия общеорденских статутов. Отныне эта ветвь орденской корпорации стала существовать на основании учреждающего акта 1798 года и отдельного регламента, который должен был быть одобрен императором.[55] По сути дела, это было реализацией описанного выше плана нунция Литты, но с одним существенным изъятием: приорат не был выделен из орденской структуры, из «тела» Ордена; реформа его внутренней организации не освободила рыцарей-некатоликов от послушания общеорденской иерархии — от подведомственности великому магистру, Священному совету, их представителям и так далее. Так, некатолический приорат не имел права самостоятельно решать вопросы о назначении командоров (даже на родовые командорства) и принимать в свой состав новых кавалеров.
Тяжелая политическая ситуация не позволяла собрать воедино рассеянных по Европе рыцарей для проведения генеральной ассамблеи, уполномоченной совершать избрание нового великого магистра. Признавая это, Священный совет предложил в порядке исключения упрощенную процедуру: приораты по всей Европе называют кандидатов на пост великого магистра, а окончательный выбор предоставляется папе римскому. Подчеркивалось, что кандидаты должны быть католиками и принадлежать к числу обетных рыцарей.