Снова поплыли по морю. Дойдя вдоль берега до устья реки Учальды, казаки увидели тунгусские юрты и остановились. Время было осеннее. Дождавшись зимнего пути, 15 декабря 1652 года на нартах отправились через горы. Спустя четыре недели вышли на реку Тугур, где набрели на гиляцкое стойбище. Казаки обязали гиляков платить ясак и сразу взяли 70 соболей. Построили здесь острог, в котором и прожили до лета.
А 30 июня 1653 года на легком струге Иван Нагиба с четырьмя товарищами — Иваном Михайловым, Павлом Степановым, Федором Спиридоновым и Степаном Дмитриевым — поплыл вниз по реке. Выйдя в море, струг четыре недели плыл вдоль берега, а затем четыре дня поднимался вверх по реке Нангтары (может быть, Лантары, к югу от залива Аян). Когда плыть стало невозможно, пошли пешком через хребет Джугджур. Перевалив через него, путешественники попали на реку Ватангу (Ваган), по которой на легком суденышке, построенном тут же, спустились до реки Маи. Затем вышли на Алдан и уже оттуда на Лену. 15 сентября 1653 года Иван Нагиба со своими спутниками добрался наконец до Якутска; здесь он немедленно организовал смену товарищам, оставленным во главе с Иваном Уваровым на реке Тугур.
Тем временем отряд Чечигина, не дождавшись разведки Нагибы, в конце мая вышел к Хабарову. Долгожданная встреча состоялась у Хинганского хребта. Неделю казаки отдыхали. В то время, когда велись поиски, Хабаров со своим отрядом зимовал в низовьях Амура, среди ачан.
У Хабарова осталось менее 200 человек, а помощь от воевод все не подходила. Необходимо было во что бы то ни стало связаться с Якутском, и Хабаров поплыл вверх по Амуру. Он построил шесть дощаников и разместил на них все: пушки, запасы, лошадей. 22 апреля пошли в обратный путь. Большей частью гребли, а когда дул попутный ветер, поднимали паруса. Проплыли мимо земель натков, миновали устье реки Сунгари, добрались до Хинганского ущелья — амурских «щек» — и при выходе из него увидели спускающийся вниз отряд казаков. Это были Чечигин, Петриловский, которые привезли Хабарову людей, порох, свинец и одну пушку.
В отряде между тем росло недовольство Хабаровым. Часть казаков пришла к нему, надеясь на быстрое обогащение за счет разбоя и грабежа. Они требовали от Хабарова военных действий, когда в этом совсем не было необходимости. Мирные взаимоотношения с местными жителями их не устраивали. Перспектива зимовки в верховьях реки, где нечем было поживиться, не радовала, и они решились на открытое выступление против Хабарова.
Произошло оно в устье реки Зеи. Хабаров выбирал здесь место для строительства русского города-крепости, который стал бы резиденцией властей на Амуре. 1 августа 1652 года Хабаров собрал своих сподвижников, чтобы обсудить предстоящие дела. Тут-то и показали себя заговорщики во главе со Степаном Поляковым, Косткой Ивановым и Логином Васильевым. Они не хотели мирно жить на одном месте. На трех дощаниках поплыли они вниз по Амуру, силой захватив с собой часть несогласных с ними казаков (около 30 человек), а также запасы пороха и свинца.
Хабаров с товарищами ездил к восставшим, уговаривал их, но безрезультатно. 136 человек покинули отряд, захватив разного имущества на 2 тысячи рублей и войсковое знамя. У Хабарова осталось 212 человек, и положение отряда ухудшилось. Теперь местные жители уже не верили, что притеснять их больше не будут. Они отвечали упреками: недавно пошел вниз большой отряд, который громил и грабил селения. Обо всем этом Хабаров сообщил якутскому воеводе в подробной отписке. В ней же просил он о помощи и намечал дальнейший план походов на другие реки — притоки Амура. А с бунтовщиками решил расправиться сам. 30 сентября Хабаров захватил их в остроге в низовьях Амура. По его приказу бунтовщиков жестоко избили батогами.
Побывавшие на Амуре рассказывали сибирским казакам и поселенцам о необычных богатствах земель того края. Говорили о хорошем климате, о золотых и серебряных россыпях и т. п. В рассказах было много преувеличений, но свое дело они делали. Началось настоящее паломничество на Амур, приостановить которое было невозможно. За беглецами посылали погоню, но это не помогало. Часто служилые присоединялись к бежавшим и уходили на Амур сообща.
