По указу нерчинской и албазинской администрации в это же время энергично заселялся и осваивался «охочими» людьми бассейн Зеи, смелые «опытовщики» селились на тучных землях долины Бурей. Все шире распространялось русское влияние в Приамурье, проникало в Приморье, Маньчжурию, на Сахалин…
Но этот процесс хозяйственного и культурного строительства в Приамурье был прерван агрессией маньчжурских феодалов, в середине XVII века поработивших Китай и уничтоживших китайскую национальную государственность. «В момент появления на берегах Амура отряда В. Пояркова племена Приамурья фактически не имели ни политических, ни экономических связей с маньчжурским государством Цин», как и прежде с Минской империей, чей северный рубеж «был обозначен Великой китайской стеной протяженностью около 4000 километров, которая, как известно, находится в тысяче с лишним километров на юго-запад от рек Амур и Уссури».
По мере мирного хозяйственного освоения Россией Приамурья Цины, ведшие жестокие завоевательные войны в Монголии, Корее, в Тибете, а также подавлявшие огнем и мечом антиманьчжурские выступления на юге Китая, начинали все более опасаться усиления русского влияния в Маньчжурии. Попытки русских установить добрососедские отношения с Цинской империей успеха не имели. К последней четверти XVII века «уже наметились противоречивые тенденции в политике обеих держав: русская дипломатия во главу угла ставила налаживание нормальных политических и торговых взаимосвязей, а цинская не признавала возможности установления таких связей на равноправной основе».
С начала 80-х годов, подготовив базу для вторжения в Приамурье в северо-восточных районах Маньчжурии, прежде не входивших в состав Цинской империи и считавшихся внешней территорией, маньчжуры вступили в открытый конфликт с Русским государством. Военные действия развернулись на двух фронтах: в Забайкалье и на Амуре. Горели крепкие крестьянские избы, строившиеся русскими переселенцами на века, вытаптывались вражеской конницей посевы — главное достояние семей мирных земледельцев. Маньчжурским воителям мало было изгнать русских из Приамурья — они ставили перед собой фантастические задачи «установления границы на рубеже около Якутска или в «ином месте» и до Енисейска».
Но все эти замыслы были сорваны героическими защитниками Албазина и Селенгинска. Дважды осаждали маньчжуры Албазин и дважды получали суровые уроки от албазинцев. На месте разрушенной агрессорами крепости возникала еще более мощная цитадель, а хлеб, собранный с израненных войной полей, надежно был упрятан за толстыми стенами воскресшего из руин города. 7 июля 1686 года началась вторая оборона Албазина, длившаяся пять месяцев и прославившая на весь мир отвагу и воинское искусство русских амурцев.
Начавшиеся переговоры между правительствами России и Цинской империи прекратили военные действия на Амуре. Россия не собиралась поступаться своими дальневосточными территориями. Решимосты албазинских «стояльцев» порадеть за Русь должна была быть подкреплена аргументами главы российского посольства окольничего Ф. А. Головина.
Но с самого же первого дня переговоров, происходивших под Нерчинском с 12 по 29 августа 1689 года, маньчжуры показали, что переговоры они понимали прежде всего как попытку военного нажима. Более чем 12 тысяч маньчжурских солдат, сосредоточенных под Нерчинском, по сути дела, блокировали Нерчинск, где насчитывалось всего около полутора тысяч стрельцов и казаков. Анализ обстановки, в которой происходило подписание Нерчинского договора, обстоятельств переговоров и текстов документов позволил советскому историку В. С. Мясникову сделать следующие выводы:
«…Нерчинский договор, и в частности его территориальные статьи, был подписан в ненормальной обстановке под угрозой физического уничтожения русской делегации и сопровождавшего ее отряда огромными превосходящими силами маньчжуров. Ввиду этого договор следует считать насильственным, то есть заключенным под угрозой применения силы, благодаря чему Головин вынужден был уступить цинскому Китаю значительные территории по левому берегу Амура и правому берегу Аргуни, принадлежавшие русским в 40—80-х годах XVII столетия.
