К моменту назначения Гитлера рейхсканцлером в январе 1933 года во всей Германии было около 50 000 эсэсовцев, из них семь тысяч человек подготовлены Еккельном. Из его двух батальонов перед самой войной развернули две дивизии СС. В мае 1941 года обергруппенфюрера СС Фридриха Еккельна отозвали в распоряжение рейхсфюрера СС и дали отдохнуть перед большими делами на Востоке. До начала грандиозного плана «Барбаросса» оставалось полтора месяца. В отношении Еккельна у Гиммлера были особые виды. Спустя три дня после начала войны с большевистской Россией Гиммлер вызвал его к себе и вручил назначение на должность руководителя СС и полиции при штабе группы армий А. До октября 1941 года на Украине, где проходила служба Еккельна, в его подчинении была пехотная бригада СС и полицейский полк «Юг».
По своей должности обергруппенфюрер отвечал за организацию глобального террора, развернутого на оккупированных территориях. Еврейские погромы и массовые убийства, карательные акции против активистов советского режима — за всем этим стоял Еккельн. Страшная резня евреев во Львове, проведенная специальным украинским карательным батальоном «Нахтигаль» (по-немецки — «соловей», парубки в полевой форме СС так красиво пели свои народные песни, что немцы дали их части такое ласковое название. Кстати, командовал ими Роман Шухевич, возведенный совсем недавно бесславно уходившим с политической сцены в небытие президентом Украины Виктором Ющенко в Герои Украины), ужасающий еврейский погром в Бердичеве, расстрелы евреев в Бабьем Яру в Киеве — это все он, Фридрих Еккельн.
Служба шла хорошо, немецкие части шли на Восток, покоренная Украина пленяла воображение богатством полей и активностью туземцев в решении задач по зачистке евреев и большевиков, дальнейшая карьера виделась ослепительно, как вдруг в одночасье все покатилось в тартарары. Гауляйтером Украины был назначен Эрих Кох, которому однажды на вечеринке после очередного партсъезда в Нюрнберге Еккельн, подвыпив и повздорив, дал в морду. Такое не забывается, и потому служить под его началом обергруппенфюрер никак не мог. Следовало подыскивать другую должность. Рейхсфюрер, как и многие в высшем руководстве партии, знал об этом конфликте, поэтому новая, равнозначная должность для Еккельна вскоре нашлась. 10 ноября 1941 года рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер вызвал Фридриха Еккельна к себе на Принц-Альбрехтштрассе, 8, где и объявил о назначении его на должность руководителя СС и полиции Остланда с самыми широкими полномочиями. При необходимости ему следует контактировать с рейхскомиссаром Лозе, всецело используя помощь последнего в решении специфических задач, заметил рейхсфюрер. А задачи эти таковы: покой на всей территории Восточных земель и ликвидация всех евреев. Это приказ самого фюрера, личный приказ! Не написанный, не произнесенный публично, но безусловно требующий тщательного исполнения! Гиммлер сказал, что еврейский вопрос в Остланде в основном уже решен, но в Риге до сих пор не ликвидировано еврейское гетто и Еккельну следует избавиться от всех находящихся там евреев. Рейхсфюрер добавил, что предшественник Еккельна Прютсманн жаловался ему, что Лозе отчего-то не желает ликвидировать гетто.
— Вы поговорите с ним, обергруппенфюрер, — продолжал Гиммлер, — даже если он попытается вам противодействовать, то вы все равно ликвидируйте всех евреев из рижского гетто и скажите ему, что это мой приказ, исходящий из программы фюрера!
Как понял Еккельн, и здесь имели место межведомственные дрязги и соперничество между ними и болванами из Восточного министерства этого напыщенного ничтожества Розенберга.
После окончательной победы рейха край будет колонизирован. Те из местных жителей, которые хорошо проявят себя на работе в пользу Германской империи, будут оставлены на месте и германизированы, а остальных выселят из Прибалтики в рейх, где они будут использоваться на самых тяжелых работах. Освободившиеся территории заселят немецкие колонисты.
Газета «Тевия» в № 133 за тот же 1941 год сформулировала эти же стратегические задачи в несколько ином ключе: «Национал-социализм, доверив нам полный чести труд земледельцев, продолжает в высшей форме немецкие традиции прошедших столетий…», а главный редактор этой газеты господин Ковалевскис призывал соотечественников «…видеть конкретные реальности во всей их яви и осознавать ту великую, простую истину, что… порядок новой Европы будет тем порядком, в котором придется жить и нашему народу».
