С наступлением мира Херси освободили от необходимости подавать свои тексты военным цензорам: он больше не был вынужден разделять официальную оценку событий Второй мировой. Весной 1946 года, когда Херси был на Дальнем Востоке и писал о послевоенном обустройстве региона, журнал The New Yorker заказал ему статью, из которой родилась «Хиросима». Всего на счету Херси 25 книг, преимущественно художественных, однако основанных на остром социальном материале: он описывал суды над «Черными пантерами», Варшавское восстание, бунт в Детройте, жизнь миссионеров в Китае и так далее. С 1965 по 1970 год он возглавлял Колледж Пирсона в Йеле, став первым в его истории директором не из академической среды. Руководство Йеля не всегда было довольно его ярковыраженной антимилитаристской позицией и осуждением войны во Вьетнаме, но Херси пользовался поддержкой у студентов. Вплоть до 1984 года он вел в Йеле два курса: художественной и документальной прозы.
Джон Херси умер в Ки-Уэсте, штат Флорида, 23 марта 1993 году в возрасте 78 лет.
