Около трех десятилетий разделяло первую и вторую мировые войны. Разные это были войны. Другим человеком стал и А. М. Василевский. С первого же дня войны он включился в решение сложнейших задач, вставших перед Генеральным штабом. В аппарате Генштаба быстро сложился новый режим работы и распорядок дня для каждого офицера и генерала. Весь коллектив перешел на казарменное положение. В кабинете Александра Михайловича появилась кровать, предметы туалета и все прочее, необходимое для повседневной жизни человека. Отдыхал он шесть часов в сутки — с четырех до десяти часов утра. Генеральный штаб работал круглосуточно.
Обширный зал заседаний Генерального штаба. Столы, телефоны. Карты. Сюда поступали все сведения с фронтов. Но нередко и запаздывали. Офицеры всех трех стратегических направлений — Западного, Северо-Западного и Юго-Западного — много времени отдавали сбору информации о ходе военных действий. Нужно было точно на каждый день определить, где какая армия ведет бои. А. М. Василевский обобщал материалы, представляемые начальниками стратегических направлений, готовил доклады начальнику Генерального штаба.
Работал много, недосыпал. Но результатами своего труда не был доволен. Генеральный штаб еще не решал всех задач, которые должен был решать.
«Мы, рядовые работники, чувствовали себя в первые дни войны неуютно, — вспоминал Александр Михайлович. — Война идет не так, как должна идти. Хотелось что-то посоветовать, внести предложения по организации обороны. Иду к начальнику Оперативного управления, а он не принимает решений, проявляя несвойственную ему пассивность».
Несколько раз Александр Михайлович прорывался к очень занятому, мало находившемуся в своем кабинете начальнику Генерального штаба Г. К. Жукову, высказывал свои соображения.
Г. К. Жуков знал и уважал Александра Михайловича. Но иногда на ходу отвечал:
— Занимайтесь своими делами, по предлагаемым вами вопросам уже принято Ставкой решение.
Наверное, в самом деле руководству Генштаба было не до предложений А. М. Василевского. Обстановка на фронте обострялась, а стиль стратегического руководства только складывался.
Первые дни войны для Генштаба были трудной школой. Но постепенно его роль в управлении войсками стала повышаться. Возглавивший Генштаб Б. М. Шапошников снова взял шефство над А. М. Василевским.
Александр Михайлович потом неоднократно говорил, что он учился у Б. М. Шапошникова стилю работы, обстоятельности в принятии военных решений, что руководство Б. М. Шапошникова являлось для него «постоянной и неоценимой школой»...
Враг подошел к Ленинграду, форсировал развитие событий на Юго-Западном направлении, рвался к Москве. Становилось все более очевидным, что, как и предполагалось, его усилия концентрируются на Западном направлении для захвата Москвы. Смоленское сражение показало возросшую силу советских войск, их умение держать жесткую оборону. Ставка и Генштаб оказывали существенную помощь Западному фронту.
На исходе июля А. М. Василевский получил новое назначение — заместителем начальника Генерального штаба и начальником его Оперативного управления. Теперь он вместе с Б. М. Шапошниковым или один бывает по нескольку раз в сутки в Ставке. Постоянно выполняет оперативные задания, держит связь с фронтами, передает им директивы Верховного Главнокомандующего.
В начале сентября обострилась обстановка на Юго-Западном фронте. Противник бросил крупные силы, чтобы выйти на левый берег Днепра, взять в кольцо Киев. Верховный надеялся на лучшее, на способность командования фронтом сдержать натиск гитлеровских танковых дивизий.
Сложность положения Б. М. Шапошникова и А. М. Василевского заключалась в том, что их мнение в оценке обстановки расходилось с мнением Верховного Главнокомандующего. Учитывая угрозу, нависшую над советскими войсками в районе Умани, возможность выхода противника на левый берег Днепра, они предлагали отвести их на новую оборонительную линию. И. В. Сталин не соглашался с таким предложением. А. М. Василевский потом говорил, что при каждом предложении об отводе войск Верховный «выходил из себя», упрекал их, что они пошли по линии наименьшего сопротивления.