Внутренний взрыв как причина гибели исключается, поскольку в этом случае «Скайларк» должен был бы слышать такой взрыв. Кроме того, «Трешер» не имел торпед, а взрыв ядерного реактора, по заявлению адмирала Риковера, невозможен. Заявление адмирала подтверждается тем, что в районе поиска ни на поверхности, ни на грунте радиоактивного заражения не обнаружено.
Сразу же после гибели «Трешера» пошли разговоры о возможной диверсии. Дело в том, что еще за четыре года до того как «Трешер» пришел для ремонта в Портсмут, на верфи проходила капитальный ремонт первая атомная подводная лодка «Наутилус». Известно, что в тот период было зафиксировано несколько попыток совершить диверсии. В частности, на подводной лодке оказался порезанным в 237 местах бронированный электрический кабель. Установлено, что большинство порезов было сделано в течение пяти-шести дней. Все попытки федерального бюро расследований найти виновных оказались тщетными, хотя оно проверило родословную всех, кто был занят на ремонте «Наутилуса». Арестов не было, но на верфи обнаружили несколько недовольных рабочих. Это случилось в октябре 1959 года. После этого до июня 1960 года работы на лодке шли нормально. В июне на лодке порезанным оказался шланг для проверки испарителей. Позже представитель ВМС заявил, что виновным оказался один из членов экипажа лодки.
21 декабря 1959 года на атомной подводной лодке «Снук», находившейся в сухом доке в Паскагула, кто-то разрезал коленчатую трубу трубопровода. Менее чем через месяц на атомном крейсере «Лонг Бич», находившемся в Куинси, обнаружили три прореза на восьмидесятивосьмимиллиметровом кабеле противоминной обмотки. Хотя этот случай квалифицировали как «не имевший серьезного значения», федеральное бюро расследований и военно-морская разведка провели тщательное расследование.
Подобного рода саботаж обычно относят к действиям иностранной агентуры. Однако указанные случаи были квалифицированы иначе. Предполагалось, что повреждения производились кем-либо из рабочих или из членов экипажа корабля только с одной целью — задержать выход корабля в море. Возможно, что какой-нибудь матрос хотел остаться на берегу подольше или какой-нибудь рабочий боялся остаться без работы и хотел, чтобы корабль подольше оставался на верфи. Не исключено, что подобного рода «саботаж» мог иметь место и на «Трешере». Кто-нибудь мог, например, ослабить или отвинтить несколько гаек, что в случае обнаружения было бы вполне достаточным, чтобы задержать выход лодки в море.
Возможно также, что на «Трешере» допустили какую-то небрежность. В начале 1960 года на атомной подводной лодке «Тритон», когда она вышла в свое кругосветное плавание в подводном положении, один из клапанов вентиляционной системы не закрывался. Хотя в системе имеется второй, дублирующий клапан, сам по себе этот случай был квалифицирован как «крайне серьезный». Осмотр показал, что в гнезде клапана находился смятый ржавый карманный электрический фонарь. Как заявил командир «Тритона», это могло случиться по небрежности одного из рабочих.
Промышленные предприятия и судоверфи США часто критиковались за невысокое качество работ. Одним из наиболее неистовых критиков является адмирал Риковер. За шесть месяцев до гибели «Трешера» в одном из своих выступлений он заявил: «Не раз, когда я находился на подводной лодке на большой глубине, происходили аварии систем забортной воды. И всегда по причине плохого качества материала арматуры. И если бы не моментальные действия экипажа, последствия могли быть катастрофическими и я бы не выступал сегодня здесь».
Не произошла ли авария на «Трешере» именно по этой причине? Если да, то не погибла ли лодка потому, что в создавшейся обстановке экипаж действовал недостаточно быстро? Обсуждая вопросы строительства атомных подводных лодок, адмирал Риковер заявил: «Ряд недостатков, с которыми мы постоянно встречаемся… это дефекты сварки, некачественность рентгенографической проверки и плохое литье, то есть недостатки, которые относятся к существующей ныне технологии строительства кораблей. В прессе часто появляются сообщения об отказе в работе отдельных важных узлов или целых систем по причине плохой сварки, неправильного использования существующих методов проверки или недоброкачественности материала. Поскольку действенных мер к устранению этих недостатков не принимается, надо полагать, что промышленность считает явления подобного рода неизбежными».
