На процессе, известном, как «Дело врачей», который проходил перед военным трибуналом в Нюрнберге с декабря 1946 по июль 1947 года, двадцати трем врачам было позволено самим защищаться перед судом. Большинство экспериментов, проводившихся этими докторами по прямому распоряжению Гиммлера, были признаны умышленным убийством под предлогом собирания медицинских данных, и большинство из них причиняло пациентам неописуемые страдания. Обвиняемые врачи предъявили на процессе свое главное оправдание: теорию подчинения. Один из них говорил: «В то время я был подчиненным Рашера. Он был штабным хирургом Люфтваффе». Говорили также о теории войны, об «абсолютной необходимости победы, чтобы устранить вредные элементы». Профессор, экспериментировавший с противотифозной вакциной в Нацвайлере, оправдывал свои действия, от которых умерло 97 узников, ссылаясь на единственную смерть в группе людей, приговоренных к смерти в Америке и добровольно согласившихся участвовать в эксперименте, целью которого было проследить течение лихорадки бери-бери.
Непосредственное участие Гиммлера в самой жестокой работе доказывают сохранившиеся письма и записки. Основные эксперименты велись в период с 1941 по 1944 год. Они начались, как мы уже знаем, в начале 1939 года с согласия Гиммлера применять к заключенным иприт и фосген. Позже испытаниями стал руководить профессор анатомии, которому было присвоено звание офицера СС. Эти опыты были напрямую связаны с гиммлеровским Институтом исследования и изучения наследственности, которым заведовал Вольфрам Сивере, бывший продавец книг, в июле 1942 основавший по приказу Гиммлера филиал первого института — Институт прикладных исследований военной науки. Сивере писал Гирту: «Рейхсфюрер СС хотел бы как можно скорее услышать от вас подробный отчет о ваших экспериментах с ипритом… Не могли бы вы как-нибудь написать краткий секретный рапорт?» Эти испытания приводили к ожогам на теле человека, распространявшимся день ото дня и часто приводившим к слепоте и смерти. Вскрытие трупов показывало, что кишечник и легкие полностью выжжены.
Доктору Зигмунду Рашеру, бывшему штабному хирургу Люфтваффе и офицеру СС, в мае 1941 года не составило труда получить у Гиммлера, пославшего ему цветы по случаю рождения у него второго сына, разрешение на доставку к нему нескольких заключенных для экспериментов с низким давлением и высотой, которые, как он предупредил рейхсфюрера, могут закончиться смертью. «Могу сообщить, что вам, конечно, с удовольствием предоставят заключенных для важных экспериментов», — писал Рудольф Брандт, секретарь Гиммлера. Были и другие причины интереса Гиммлера к доктору. Любовница Рашера, которая была на 15 лет старше своего возлюбленного, утверждала, что родила троих детей после 48 лет; она также была близкой подругой Марги Гиммлер. По правде сказать, в ее родословной были определенные расовые погрешности, мешавшие ей выйти замуж. Но Гиммлер вмешался и расчистил ей дорогу, а затем охотно стал крестным замечательного отпрыска Рашера.
Эксперименты Рашера, номинально проводимые в интересах Люфтваффе, предпринимались в основном в 1942 году в Дахау, и Рашер посылал отчеты об их течении Гиммлеру. Реакция людей, помещенных в камеры с низким давлением, в Дахау была заснята на пленку. Этим опытам было подвергнуто 200 человек, и более 70 в результате погибли. Сохранились отчеты и фотографии, которые были использованы в качестве доказательства во время различных процессов в Нюрнберге. О личном интересе Гиммлера к опытам свидетельствует печально известное письмо к Рашеру, датированное 13 апреля 1942 года:
«Последние открытия, сделанные в ходе ваших экспериментов, особенно заинтересовали меня… Эксперименты следует повторить на других людях, приговоренных к смерти…. Учитывая продолжительную деятельность сердца, следует особенно развивать эксперименты в направлении определения того, можно ли оживить человека. Если такой эксперимент увенчается успехом, приговоренный к смерти узник конечно будет прощен и пожизненно отправлен в концентрационный лагерь».