Гиммлер не имел возможности заставить Керстена посещать его весной 1940 года, тогда он заключил его в Гарцвальд и отказал в визе для возвращения к родителям в Голландию. Именно Гиммлер сообщил ему о вторжении немцев в Голландию; ему отказали в визе* чтобы защитить от последствий вторжения. Чиновники в финском посольстве также убеждали его не покидать Германию и остаться с Гиммлером. Контакт с Гиммлером, по их мнению, был работой величайшей национальной важности.
15 мая Керстен получил первый приказ присоединиться к бронепоезду Гиммлера и посещать рейхсфюрера как его официальный штабной врач. Там он лечил Брандта, секретаря Гиммлера, как и самого рейхсфюрера СС, и завязал новые контакты в штабе, из которых позже извлек максимальную пользу. Но с лета 1940 до осени 1943, когда ему наконец удалось убедить Гиммлера позволить ему жить в Стокгольме, он был полностью в распоряжении рейхсфюрера, хотя лечил и других пациентов, к которым имел доступ в Германии. Гиммлер потребовал, чтобы Керстен оставил дом и практику в Гааге. Его услуги даже стали предметом бартера между Чиано и Гиммлером, а Керстен получил от Гиммлера самую необычную привилегию: право пользования личным почтовым каналом рейхсфюрера для частной корреспонденции — распоряжение, связанное, как предполагали, с любовным романом. На самом деле Керстен использовал его для связи с подпольной организацией в Голландии.
В августе 1941 года Керстен впервые добился освобождения заключенного концлагеря — одного из служащих Ростерга, арестованного исключительно по политическим причинам. Позже, перед тем, как уехать из Голландии, он добился освобождения одного из своих друзей, антиквара по имени Бигнелл, посредством телефонного звонка Гиммлеру, в тот момент остро нуждавшемуся в лечении. Керстен вскоре научился льстить Гиммлеру, обращаясь к его тщеславию в моменты, когда приносил рейхсфюреру облегчение. Постепенно просьбы стали привычными; Гиммлер говорил себе: «Керстен выжимает из меня жизнь каждым растиранием». Гейдрих и другие лидеры СС все более ревниво относились к этому чуждому влиянию на частную жизнь Гиммлера. Лишь особое расположение Гиммлера к Керстену спасло последнего от допроса и ареста гестапо; подозрения Гейдриха относительно него никогда не ослабевали.
Концентрационные лагеря оставались под непосредственным контролем Гиммлера. В начале войны, по свидетельству Когона, существовало больше сотни лагерей с их многочисленными ответвлениями, но Дахау оставался символом их всех. Среди других крупных лагерей были Бухенвальд, Заксенхаузен, Гросс-Розен, Флоссенбург, Равенсбрюк для женщин и Маутхаузен близ Линца в Австрии. В разгар войны существовало около 30 основных лагерей, некоторые номинально были строже других. После начала войны на оккупированных территориях были созданы новые лагеря, такие как Аушвиц[62] и Люблин в Польше и Нацвайлер в Вогезах, в Германии также были основаны новые лагеря, например Берген-Бельзен. По оценкам Когона, в лагерях в любой отдельно взятый момент войны содержалось не менее миллиона человек.
Дисциплина становилась все строже. Хесс все еще служил в Заксенхаузене, когда Гиммлер без предупреждения навестил его в январе 1940 года. Он горько жаловался на то, что рабочий отряд заключенных и их охрана даже не узнали его и не отдали честь, когда он проехал мимо них в своей машине. В результате этого инцидента комендант был уволен. Через полгода, в июне 1940, Хесс был назначен комендантом нового лагеря Гиммлера в Аушвице.
Миллионы мужчин и женщин в лагерях были отданы на милость Гиммлера, что привело к организации медицинских экспериментов, которые, хоть и практиковались в относительно ограниченном масштабе, кажутся еще ужаснее, чем сам акт уничтожения. То, что 350 докторов (каждый трехсотый из практикующих тогда в Германии) должны были приготовиться принять активное участие в этом страшном злоупотреблении своей властью над беспомощными телами мужчин и женщин, является большей деградацией гуманности, чем то, что Хесс, комендант Аушвица с преступным прошлым, преданно повиновался приказам Гиммлера и отправлял людей в газовые камеры.