Историки стараются узнать, когда в умах нацистского руководства созрела концепция геноцида. Незапланированное уничтожение евреев эсэсовцами и айнзацкомандами началось вместе с войной, но к январю массовая эвакуация евреев из западных провинций достигла таких размеров, которые привели к высокой смертности, неизбежной в хаосе переполненных и неотапливаемых вагонов, стоявших на запасных путях до тех пор, пока замерзшие тела детей и взрослых не начинали падать на землю, когда наконец открывались двери. В декабре Гейдрих приказал Эйхману постараться внести некоторый порядок в управление депортацией. Практически началась миграция евреев из самой Германии, когда вмешался Геринг как президент Совета обороны рейха, чтобы остановить переселение из-за ходивших в дипломатическом корпусе в Берлине слухов о смерти и страданиях людей. Тем временем Гитлер принял план, представленный Гиммлером, о порабощении поляков, которых нельзя эвакуировать, о лишении их имущества, а их детей — образования, пока они не станут расово пригодными для перемещения и интеграции с Германией через организацию «Лебенсборн», которая сначала проверяла детей, а потом устраивала к приемным родителям.
Формально геноцид как политика был принят нацистами не раньше 1941 года, и в сознании Гиммлера он был тесно связан с готовящемся вторжением в Россию. Но к этому времени его расовые предрассудки нашли выход, подготовивший его самого и его агентов к высшему испытанию, предстоявшему им в 1941 году. В октябре 1939 года Гитлер потребовал содействия Гиммлера национальной программе евтаназии душевнобольных, которая к 1941 году привела к умерщвлению 60 000 пациентов в психиатрических клиниках Германии. Хотя идея принадлежала Гитлеру и впервые встречается в его записке к Филиппу Булеру, начальнику канцелярии фюрера, за выполнение этого задания отвечала служба СС. Ответственным за управление был назначен Виктор Брэк, друг семьи Гиммлера и офицер связи, работавший у Булера. Родственники людей, отобранных для умерщвления, ничего не знали о происходящем, свидетельства о смерти были фальсифицированы. Центры уничтожения строго охранялись, и доктора и медперсонал СС проводили свои первые опыты отбора, перевозки, отравления газом и кремации множества беспомощных людей.
Первая программа умерщвления под медицинским руководством Карла Брандта являлась актом деспотизма Гитлера против самих немцев и была остановлена лишь телефонным звонком Гитлера Булеру после протестов общественности и особенно церкви. На этот раз фюрер вынужден был отменить решение под давлением общественности, да и самого Гиммлера все больше беспокоила реакция против евтаназии, и в декабре 1940 года он поделился своими мыслями с Брэком. Но программа евтаназии была прекращена только в августе 1941 года, когда для медицинских бригад Гиммлера была запланирована новая работа. К тому времени началась гораздо более масштабная программа уничтожения в России. Центры евтаназии не были закрыты, а использовались для уничтожения душевнобольных из концлагерей или из большого числа иностранных рабочих, пригнанных в Германию. Брэк был прекрасно готов к тому, чтобы распространить практику евтаназии на заключенных, значившихся в списках как умственно отсталые.
Брандт, которого на «Процессе врачей» после войны спросили о его роли в умерщвлении душевнобольных, сказал:
«Возможно, это покажется негуманным… Основным мотивом было желание помочь личностям, которые не могли помочь себе сами… Такое соображение не может рассматриваться как негуманное. Я также никогда не чувствовал, что оно хоть в малейшей степени неэтично или аморально… Я убежден, что если бы Гиппократ был жив сейчас, он изменил бы формулировку своей Клятвы… в которой доктору запрещено дать яд больному, даже по его требованию. Он не был сторонником сохранения жизни при любых обстоятельствах… Я не чувствую себя виновным. Что касается роли, которую я играл в этом деле, то моя совесть чиста».
Новая форма опыта началась для докторов Гиммлера в 1939 году, когда были проведены первые зарегистрированные опыты с привлечением людей из концентрационных лагерей. На кожу отобранных заключенных наносили жидкие газы иприт и фосген, наблюдали и фотографировали их реакции вплоть до момента смерти. Доктора посылали отчеты о своих наблюдениях Гиммлеру, который приказал проводить дальнейшие испытания в большем масштабе. Позже, в 1942 году, даже возник спор о том, следует ли платить за узников, используемых в этих экспериментах. Один из докторов, оскорбленный подобной идеей, написал рапорт: «Думая о нашей военной исследовательской работе, проведенной в концентрационном лагере Дахау, я должен похвалить и обратить особое внимание на то, с какой щедростью и пониманием содействовали там нашей задаче. Оплата за узников никогда не обсуждалась. Складывается впечатление, будто в лагере Нацвайлер пытаются извлечь из этого дела максимальное количество денег». Согласно показаниям одного свидетеля, объекты опытов переживали такую ужасную боль, что «находиться рядом с ними было невыносимо». Тем не менее, чтобы выразить свою добрую волю рейхсфюреру СС, от имени заключенных Бухенвальда послали ему ценный рождественский подарок — письменный стол зеленого мрамора, изготовленный в скульптурной мастерской, где мастера-заключенные создавали свои произведения.
