В мае 1962 г. Алексея Алексеевича назначают начальником Главного политического управления Советской Армии и Военно-Морского Флота.
Наше время, непростое время перестройки, ускорения социально-экономического развития страны, углубления и развития социалистической демократии в полный рост ставит перед каждым главный вопрос — о революционности, о революционном призвании и долге. Революционность сегодня... Она прежде всего в желании и умении учиться социализму. Учиться социализму, строя его, утверждая его, защищая его. Эти слова легко произносятся. Но за ними огромный смысл и суровая борьба.
Естественно, как само собой разумеющееся, без декламации и пустой патетики, без малейшей натяжки и рисовки жила эта революционность в Алексее Алексеевиче Епишеве. За каждым его словом стояло дело, революционная преобразующая воля. В своем партийном деле он умел быть спокойно неторопливым, сосредоточенно всматривающимся в наш динамичный век, в исторический процесс, и в то же время он беспокойно обдумывал и страстно утверждал в партийной работе политические методы руководства, каждым своим устным и печатным словом подчеркивал мысль о том, что самое главное в деятельности политорганов, партийных организаций армии и флота — это политическая работа с людьми, политическое просвещение и активизация личного состава.
В годы, когда Алексей Алексеевич был начальником Главного политического управления, наша армия и флот развивались и совершенствовались в строгом соответствии с партийными директивами по вопросам обороны страны. Именно тогда войска и флоты получили на вооружение самые современные баллистические ракеты, способные нести ядерные заряды огромной уничтожающей силы, новые самолеты второго и третьего реактивного поколений, всепогодные самолеты-ракетоносцы, атомные подводные и надводные корабли с большими мореходными и боевыми качествами. Словом, были созданы стратегические ядерные силы, неизмеримо повысившие боевые возможности Вооруженных Сил и способные надежно и верно защищать СССР и другие социалистические страны.
Серьезные изменения произошли в организации и оснащении армии и флота обычными средствами борьбы. Приняты на вооружение современные зенитные ракеты, танки, самоходные орудия. Сделали шаг вперед наши военное искусство и военная наука. Вооруженные Силы во многом преобразились, приобрели новые боевые качества.
В результате была решена задача исторического масштаба: создан и поддерживается на должном уровне военно-стратегический паритет сил СССР и США, Варшавского Договора и блока НАТО. По своему значению этот факт примыкает к самым великим завоеваниям нашей Родины и социализма в целом.
Во всем сделанном огромный труд и политическая воля Алексея Алексеевича, двадцать три года бывшего на остром участке титанической работы по боевому совершенствованию армии и флота. Политорганы, партийные организации армии и флота твердо и последовательно проводили в жизнь политику партии в Вооруженных Силах, настойчиво воспитывали личный состав в духе беззаветной преданности Советской Родине, делу коммунизма, готовности защищать завоевания социализма до последней капли крови.
Всем нам, кто близко знал Алексея Алексеевича и работал непосредственно под его руководством, глубоко импонировали его глубочайшая принципиальность, сочетание в своей деятельности ясной перспективы с исключительной настойчивостью в достижении цели, партийная мудрость и конкретность руководства, неразрывная связь с массами.
Он часто выезжал в войска, на флоты, присутствовал на занятиях по боевой и политической подготовке, выступал на собраниях партийного актива и в первичных парторганизациях, встречался с командирами и политработниками, солдатами, матросами, офицерами. Не было ни одного крупного учения последних лет, на котором бы он не возглавлял оперативную группу офицеров и генералов Главного политического управления Советской Армии и Военно-Морского Флота. «Днепр», «Двина», «Весна-75», «Запад-81» — названий учений не перечислишь.
Алексей Алексеевич руководил работой V и VI Всеармейских совещаний секретарей первичных партийных организаций. Выступая на последнем для него VI Всеармейском совещании секретарей первичных парторганизаций 11 мая 1982 г., он сказал, что для настоящего партийного руководителя в высшей степени должны быть характерны доскональное знание жизни, настроений людей, умение прислушиваться к мнению товарищей. Настоящему партийному руководителю, говорил А. А. Епишев, свойственны неравнодушие, чувство нового, постоянное стремление сделать сегодня лучше и больше, чем вчера.
