До лета 1912 года Михаил Васильевич сидел в знаменитом Владимирском каторжном централе. Владимирский централ представлял собой целый городок с большими мрачными корпусами, мастерскими, примитивной ткацкой фабрикой. В централе сидели и работали более тысячи человек. Обстановка заключения была очень жесткая.
Кроме того, длительное пребывание в камере смертников отрицательно сказалось на здоровье заключенного — он пережил ряд нервных стрессов, заболел язвой желудка. Этой болезнью он страдал всю свою последующую жизнь.
Павел Гусев, который вместе с М.В. Фрунзе проходил по делу подготовки покушения на должностное лицо, был также помилован. Но ему повезло значительно меньше. Нервная система не выдержала, и П.Д. Гусев умер в тюрьме 1915 году.
Находясь в тюрьме, М.В. Фрунзе очень много читал. Книга стала его непременным спутником. Пользуясь нахождением среди политзаключенных образованных людей, он вел с ними различные беседы, даже учил иностранные языки. Но системным образованием все это назвать было нельзя, хотя позже период заключения биографы М.В. Фрунзе будут называть тюремными «университетами».
В июне 1912 года М.В. Фрунзе был переведен в николаевскую тюрьму Иркутской губернии. Вскоре заключение в тюрьме было заменено ссылкой, во время которой М.В. Фрунзе не прекращал свою революционную деятельность.
Далее следует побег М.В. Фрунзе из ссылки. Об этом в книге «М.В. Фрунзе. Военная и политическая деятельность», изданной в 1984 году, пишется:
«За создание в селе Манзурке политической организации ссыльных, за чтение и распространение нелегальной литературы и революционную пропаганду М.В. Фрунзе и еще 13 ссыльных 31 июля 1915 г. были арестованы и направлены этапным порядком в Иркутскую губернскую тюрьму. На последней остановке, в селе Оек М.В. Фрунзе удалось бежать». Так Михаил Васильевич обрел свободу.
М.В. Фрунзе сумел добраться до Иркутска, а затем — до Читы. Он раздобыл документы на имя дворянина Владимира Григорьевича Василенко. Из Иркутска выехал в Читу и устроился разъездным агентом Забайкальского переселенческого управления. Читинский период жизни Фрунзе интересен двумя событиями. Главное — в Чите он познакомился с Софьей Алексеевной Поповой, ставшей его женой. Кроме того, там он начал серьезно интересоваться событиями, происходившими на фронтах Первой мировой войны, и начал писать статьи в газете «Забайкальское обозрение».
Но Чита, как видно, не привлекала молодого романтика. В марте 1916 года Михаил Васильевич нелегально выезжает в Москву по паспорту Павла Степановича Батурина. По пути в Первопрестольную он ненадолго заглянул и в Петроград, где посетил семью своего товарища Михаила Александровича Михайлова, знакомого еще по Пишпеку. Там мальчики вместе учились в гимназии. От родителей товарища Михаил Васильевич узнал, что год назад его школьный друг в канун призыва на действительную военную службу внезапно исчез и с тех пор числится в списках пропавших без вести. Каким-то образом ему удалось уговорить несчастных Михайловых отдать ему документы пропавшего сына.
Москва встретила приезд М.В. Фрунзе очень сурово: был ненастный, холодный день, полиция проверяла у приезжих документы, тайные шпики шныряли по всему городу, выявляя и отлавливая дезертиров, германских шпионов и революционеров.
Встречу и размещение М.В. Фрунзе и еще нескольких товарищей поручили трем сестрам Додоновым, одна из которых в то время работала в Московской городской управе и снимала две комнаты на Арбате. М.В. Фрунзе часто бывал в этой квартире, где кроме сестер проживала еще одна девушка. В такой компании Михаил Васильевич чувствовал себя прекрасно.
Одна из сестер Додоновых, Анна Андреевна, проявляла к молодому человеку особый интерес. Желая остаться с ним наедине, она увезла Михаила к матери в глухую деревню. Позже она объясняла свой поступок желанием укрыть М.В. Фрунзе от полиции, но вероятнее другое. На хуторе М.В. Фрунзе провел целый месяц. В конце декабря 1915 года он выехал на фронт.