После логики у Ибн-Сины следовала онтология, в частности учение об универсалиях, соотношении сущности и существования, бытии возможном и необходимом или, как уточняет известный российский историк философии А.В. Сагадеев, о "бытийно-возможном" и "бытийно-необходимом", поскольку бытие, согласно Аристотелю и Ибн-Сине, не может выступать в качестве рода, делимого на какие-то виды.
Исследуя формы развития природы, Ибн-Сина рассматривал постепенность перехода одних форм в другие, качественно новые и более сложные. В системе природы, согласно Ибн-Сине, органический мир "вырастал" из неорганического и на высшей ступени порождал нечеловеческий разум, "вечный" постольку, поскольку вечны мыслимые им объекты. В системе наук психология выступала продолжением наук о формах движения в неорганическом мире и венчалась наукой (ноологией) о высшем порождении природы, которая служила посредствующим звеном между физикой и метафизикой, а именно той ее частью, которую Ибн-Сина называл "универсальной наукой".
Предметом метафизики у Ибн-Сины, как и у Аристотеля, выступало сущее как таковое. Отношения между предметами, необходимо сопутствующими сущему как таковому (субстанция и акциденции, единое и многое, потенциальное и актуальное, общее и частное, возможное и необходимое), Ибн-Сина характеризовал в терминах, создававших иллюзию, будто речь идет о реальных отношениях между реальными предметами. Однако мыслятся они, по существу, как чисто логические отношения между умственными конструкциями, созданными на основе чувственного опыта и служащими адекватному познанию действительности, но тем не менее лишенными различимых в той же действительности коррелятов. Основная же задача метафизики - доказательство наличия у сущего единого начала или того, что античные философы называли "архэ". Без установления его наличия сущее обрекалось на безначалие, при котором наблюдаемые в нем регулярность и законосообразность явлений превращались в чистую видимость, "обычай", а место научного познания мира должна была занять вера во вмешательство сверхъестественных сил. Содержание "универсальной науки" Ибн-Сины направлено против интерпретации происходящих в мире процессов как только возможных, т.е. таких, бытие или небытие которых определяется трансцендентным и единственно необходимым в своем бытии божественным началом.
Рассматривая вопрос о соотношении между единым первоначалом и множественным в своих конкретных проявлениях миром, т.е. между имеющим основание своего бытия в себе и имеющим такое основание в другом, Ибн-Сина исходил из того, что по отношению к "архэ" (пер-восущему) и к миру бытие сказывается "по аналогии". Предметы же с именами, высказываемыми по аналогии, - это те, у которых имя одно, и то, что понимается под ним, одно, но это последнее выражено не во всех них равносильно: в некоторых предметах оно выражено сильнее и первичным образом, в других - слабее. Иначе говоря, бытие, согласно Ибн-Сине, может характеризоваться той или иной степенью интенсивности. Исходя из этого положения, Ибн-Сина рассматривал мир - одно и то же сущее - трояко: как совокупность данных человеку во времени единичных вещей, основания бытия которых неопределимы; как совокупность тех же вещей, основания бытия которых образуют уходящую в предвечность бесконечную цепь причинно-следственных связей; как вневременную и сверхвечную целокупность, не имеющую вне себя никакого основания для собственного бытия. В "божественной науке" соотношение между этими тремя "ипостасями" сущего именуется "эманацией", и онтология Ибн-Сины приобретает характер натуралистического пантеизма.
Требует уточнения положение о том, что универсалии, согласно Ибн-Сине, существуют до вещей (в божественном интеллекте), в вещах и после вещей (в человеческом разуме). Неприятие Ибн-Синой представления о самосущих универсалиях, подобных платоновским идеям, обусловлено тем, как Платон рассматривал соотношение сущности и существования. Ибн-Сина считал различие между сущностью и существованием не реальным, а лишь логическим.
Пионером перипатетической философии в мусульманской Испании (ал-Андалуз) был Ибн-Баджжа.
