После провозглашения XIV съездом ВКП(б) курса на индустриализацию Ф. Э. Дзержинский призывал «вплотную практически подойти к вопросу увязки… госпромышленности с крестьянским середняком и бедняком через кооперацию» (3. Т. 2. С. 358). Этот вопрос он называл основным, потому что без его решения партийные резолюции останутся на бумаге, а мощь частного торгового капитала и деревенского кулака будут все более возрастать. Для практической организации кооперирования он предлагал избрать какую-либо волость (уезд), провести там экономический эксперимент, который бы связал госпромышленность с крестьянством через кооперацию, наполнив его конкретными (материальными) заданиями. Этот эксперимент он мыслил как увязку госпромышленности «не с одним видом кооперации, а со всеми — потребительской, кредитной, производственной, — как на самом низу, так и наверху» (3. Т. 2. С. 358).
Другой круг вопросов Ф. Э. Дзержинский намечал решить в организационной области, «чтобы не было ни распыленности, ни бюрократического централизма, чтобы план социалистического строительства не повис в воздухе и не стал бюрократической идеей» (3. Т. 2. С. 359). Для этого он предлагал создать в ВСНХ ячейку для проработки вопросов взаимоотношения с кооперацией всех видов, привлечь к этому делу молодых экономистов, чтобы они конкретно изучали данную проблему. Он предлагал также создать совместно с Центросоюзом авторитетный орган, который занимался бы снижением накладных расходов, улучшением кооперации, привлечением к ней населения и его средств, снабжением госпромышленности сельскохозяйственным сырьем, вытеснением всех лишних посредников. Ф. Э. Дзержинский постоянно подчеркивал, что цель кооперации вовсе не в том, чтобы наживать прибыль, а в том, чтобы давать кооперированному населению дешевый товар (3. Т. 2. С. 461).
Ф. Э. Дзержинский боролся с раздутым торговым кооперативным аппаратом, который насчитывал 400 тыс. человек и легально поглощал 90 млн. руб. (а нелегально, может быть, еще больше) из тех накоплений, которые должны были идти на индустриализацию страны и преодоление товарного голода (3. Т. 2. С. 451). Это было тем более важно, что экономия средств от снижения цен на 30 %, которое провело государство в течение 1923–1924 гг., была «съедена» розницей и пошла, с одной стороны, на обогащение частника, успешно боровшегося с кооперацией, а с другой стороны, на создание больших торговых аппаратов. Ф.Э.Дзержинский подчеркивал, что к социализму мы придем через кооперацию, но это будет не кооперация, которая «растрачивает деньги и которая облеплена чиновниками и колоссальным количеством служащих» (3. Т. 2. С. 451).
Критиковал Ф. Э. Дзержинский и генеральные договоры, заключенные на поставку кооперативам изделий госпромышленности. В результате этих договоров кооперативы стали получать больше промышленных товаров на льготных условиях, и их обороты значительно возросли. Однако сами кооперативы не выполнили основного условия договоров о снижении накидок путем сокращения торгового аппарата, расходов по перевозкам и т. д., а в конечном счете — и розничных цен. Снижение розничных цен имело важное значение для укрепления союза города и деревни, стабильности денежной системы. В этих условиях Ф. Э. Дзержинский считал необходимым реализовывать товары и через торговую сеть синдикатов, использовать частного торговца, чтобы у кооперации были конкуренты, заставляющие ее работать дешевле и лучше. В своем последнем выступлении на Пленуме ЦК и ЦКК ВКП(б) 20 июля 1926 г. он еще раз подчеркнул, что является сторонником урегулирования отношений кооперации с промышленностью, укрепления кооперации, но не методами, покрывающими ее недостатки. Он выдвинул требование упорядочения кооперативной торговли, приведения ее в соответствие с решениями XIII съезда РКП (б) «О внутренней торговле» и «О кооперации». Борьба Ф. Э. Дзержинского за осуществление ленинского кооперативного плана является ярким примером воплощения ленинских идей, глубокого осмысления экономических процессов, выделения в них ключевых задач, способствующих ускорению экономического развития, укрепления союза рабочих и крестьян.