По завершении кампании бывший отряд великого князя, утратив своего августейшего шефа, был разделен на три части: отряд минных крейсеров, отряд эскадренных миноносцев ("именные" 350-тонные корабли) и отряд миноносцев (номерные корабли). Тем самым состоялось окончательное признание за миноносцами права формирования самостоятельных тактических соединений.
Постепенно все плавающие минные крейсера были сосредоточены в порту Императора Александра III. Попытки выдвигать корабли в этот самый удаленный, но единственный незамерзающий военный порт на Балтике принимались и раньше. Но то были или эпизодически начавшиеся одиночные зимовки или случаи экстренной достройки для скорейшего весеннезимнего отправления корабля в заграничное плавание. Теперь Либава становилась постоянным местом базирования самого активного, современного и боеспособного из имеющихся тогда соединений флота.
Под флагом адмирала Н.О. Эссена
Нарастание смуты в 1906 г. поставило перед флотом задачу прямого перехвата ввозимых в страну контрабандно для революционеров оружия и боеприпасов. В Черном море в роли заслона применяли канонерские лодки, на Балтике решение этой задачи возложили на минные крейсера. Обстоятельства, однако, сложились так, что это чисто охранное поручение при всей его политической двусмысленности, оказалось для флота весомым фактором его боевой подготовки.
Высочайшим приказом по Морскому ведомству от 28 августа 1906 г. Н.О. Эссен был назначен командующим отрядом минных крейсеров. При всей несообразности государственного масштаба двух деятелей – ПА. Столыпина и Н.О. Эссена значение выдвижения этих людей для будущности России и флота было во многом сходно. Ибо они возбуждали надежду на выход России и ее флота из кризиса. Ярко выделявшийся среди всех командиров времен войны с Японией, Н.О. Эссен во многом был последователем тех передовых взглядов на тактику, которые исповедовал С.О. Макаров. Новый командующий отличался признанным интеллектом, индивидуальностью, энергией, силой воли и особенно редким среди тогдашних военных гражданским мужеством, позволяющим всегда отстаивать свои взгляды и настойчиво проводить их в жизнь.
Назначение Н.О. Эссена во главе соединения новейших кораблей означало, что его решимостью к обновлению флота неминуемо придется проникнуться офицерам и командам его кораблей. Флот получил школу и великолепный пример действительного послевоенного его возрождения. Автономное положение отряда, которое власти по необходимости должны были предоставить Н.О. Эссену, гарантировало успех этой школы.
Учитывая особый характер плавания отряда, его командующему в нарушение всех обычаев мирного времени разрешили самому устанавливать порядок очередности вступления кораблей в кампанию. Непреложным оставался лишь обычай отряжать часть отряда для охраны кораблей императорского отдохновения, собиравшихся в летнее время в шхерах Финляндии. Так, в сентябре 1906 г. в охране императорской яхты "Штандарт" и всего императорского отряда участвовали миноносцы "Украйна", "Финн", "Громящий" и "Резвый". Здесь на рейде Биорке они оказались свидетелями особого чадолюбия императорской четы. 4 сентября император перенес свой брейд-вымпел со "Штандарта" на яхту "Царевна". На "Штандарте" же, к немалому изумлению всех присутствующих, подняли брейд-вымпел наследника, которому, как известно, насчитывалось в то время от роду два года.
Остальные корабли отряда Н.О. Эссена тем временем осваивали свою базу в Либаве. Необычайной мерой, вызванной боязнью террористических актов и, конечно, ожиданиями возможных бунтов, было запрещение офицерам нанимать в городе частные квартиры. Тем самым усиливался надзор за командами и создавались условия для действительного сплочения в обстановке трудной службы матросов и офицеров. Первые уроки дала явившаяся как нельзя кстати школа зимних штормовых плаваний во время охраны побережья. В них испытывались командиры и офицеры, корабли и техника. Все они проверялись на живучесть, надежность, выносливость. Первейшей заботой командующего было восстановление дисциплины, расшатывавшейся в обстановке непрекращающегося революционного брожения.