Если попытаться упростить и свести к минимуму (насколько это возможно, вернее, с учетом того, что это в принципе невозможно) основные принципы алхимии, то в ее основе лежит поиск изначальной первоматерии, из которой «все было рождено» (по Гермесу Трисмегисту) и которая находится абсолютно во всех формах материи. Исходя из изначального единства материи, нужно лишь найти и понять те условия и принципы, при которых природа создавала ту или иную форму материи, смоделировать их, подражая природе, и получить искомый результат. Кроме того, вещества имеют четыре формы состояния — сухую, влажную, теплую и холодную. В зависимости от состояния первоматерия может быть представлена четырьмя первоэлементами — воздухом, водой, землей или огнем (следует учесть, что в теории алхимии эти понятия, обозначают не стихии, а именно состояние и свойство материи. Так, «воздух» обозначает холодное газообразное состояние вещества, «вода» обозначает любую жидкость, «земля» — твердое состояние, а «огонь» — состояние теплого газа, природный жар). При этом элементы могут переходить из одного в другой под воздействием изменения формы состояния. Так, например, стоит охладить воздух, он перейдет в воду (конденсация), нагреть воду, она перейдет в воздух (пар), земля способна перейти в огонь, т. к. твердые вещества в большинстве своем горючи и т. д. Таким образом можно найти путь очищения и облагораживания любой материи, постепенно переводя одно вещество в другое. Кроме воздуха, воды, земли и огня существует пятый элемент, названный квинтэссенцией (от лат. quinta essentia — пятая сущность), — эфир, небесная сущность, божественный дух, основа. Таким образом, единая природа вещества и всеобщая его превращаемость — один из основных теоретических постулатов алхимии. Другими словами, все сотворено из единых элементов, просто собранных в разных пропорциях и при различных условиях «созревания». Алхимики, работая с металлами, старались выделить первоматерию, разложить ее на элементы, а затем из этих элементов создать новые «смеси». Высшим итогом этого пути должно стать получение Философского Камня как высшей формы существования вещества.
На практике процесс постижения внутренней природы космоса и человека, а также получения Философского Камня алхимики называли Великим Деланием (или Великим Деянием, Великим Магистерием). Оно включало в себя двенадцать этапов (в некоторых трактатах указывается на четырнадцать этапов), связанных с астрологическими символами. Весь процесс, в свою очередь, делится на четыре основных стадии: «делание в черном» (конечный продукт этой стадии — вещество черного цвета), «делание в белом» (конечный продукт — вещество белого цвета), «делание в желтом» (конечный продукт — вещество желтоватого оттенка) и «делание в красном», в результате которого получают вещество цвета киновари или пурпура — непосредственно сам Философский Камень. Язык алхимических трактатов, посвященных процессу Великого Делания, всегда был аллегоричен и туманен, чтобы сохранить тайну их трудов от недостойных и непосвященных. Трудность понимания алхимических текстов можно проследить на примере трактовки небольшого количества специфических терминов. Так, например, в начале пути материю следует разделить на «серу» и «Меркурий». Затем добавить третье начало — «соль». В данном контексте эти понятия не имеют ничего общего с общепринятыми и общеупотребительными терминами. Они представляют лишь определенные качества материи — «сера» в металлах обозначает цвет, твердость, способность соединяться с другими металлами (в свете сказанного выше «сера» несет в себе элементы земли и огня); «меркурий» является обозначением блеска, летучести и плавкости (т. е. элементы воды и воздуха); «соль» означает принцип соединения «серы» с «Меркурием», подобно началу, соединяющему душу с телом (квинтэссенция). Одновременно «меркурий» являлся обозначением металла ртути, и нужно было четко понимать, когда этот термин употребляется как название одного конкретного металла, а когда обозначает конкретные свойства различных металлов. Для начала процесса Великого Делания приготавливался исходный материал, представляющий собой соединение «серы», полученной из золота, олицетворяющего мужское начало (исходя из тезиса, что подобное рождается только подобным, следовательно, золото можно получить только из золота), и «меркурия», полученного из серебра, олицетворяющего женское начало. Правда, на данном этапе вместо терминов «сера» и «меркурий» применяются уже термины «Философская сера» и «Философский Меркурий». «Философскую серу» и «Философский Меркурий» соединяли при помощи ртути — «соли». Именно это соединение представляло собой тот материал, который алхимики называли «Философским Яйцом» и из которого должен был быть получен Философский Камень в процессе Великого Делания. Это лишь малая толика тех «ключей» к расшифровке алхимических текстов, которые невозможно постичь без глубокого анализа и понимания теории алхимии и сути всего процесса Великого Делания. Кроме Великого Делания, или Большого Магистерия, различали еще Малый Магистерии, который оперирует изначально только с солью серебра. Философский Камень Малого Магистерия белого цвета (в отличие от красного в Большом Магистерии) и способен превращать металлы только в серебро. Операции же обоих магистериев идентичны. Главный алхимический принцип Великого Делания — возрождение возможно только через разложение, а жизнь через смерть. Причем подобное рождает подобное, а новые формы создаются либо через слияние, либо через разделение двух противоположных начал.