В четвертый период задача превращения металлов в золото считалась уже решенной. Наибольшую известность получил англичанин Роджер Бэкон (1214–1284 или 1292), итальянец Фома Аквинский (1225 или 1226–1274), испанец Раймонд Луллий (1233 или 1235–1315?), француз Фламель, а также Парацельс. Бэкон впервые описал порох, ему принадлежит труд «Зеркало алхимии» (1267), его основным принципом стал девиз «знание — сила», «не слепая традиция, а только опыт и наблюдение, лежат в основе истинного знания».
Фома Аквинский, профессор теологии Парижского университета, причисленный в 1323 к лику святых, написал несколько трактатов по алхимии. Правда, более известны его теологические трактаты «Сумма против язычников» и «Сумма теологии». Луллий описал способ приготовления азотной кислоты, считал, что главным алхимическим принципом, без которого невозможно достичь никаких результатов, является обращение к Богу. Кроме алхимии он занимался также физикой и философией. С XVI в. к чисто алхимическим поискам способов превращения одного вещества в другое вновь стали примешиваться медицинские устремления. Особенно это видно в трудах Парацельса. Именно в этот период алхимия и медицина наиболее тесно соприкасались друг с другом.
Если до XVII в. алхимики работали в основном в уединении, то с начала XVII в. начали создаваться целые алхимические общества. Первое из них — «Братство красного креста», более известное как Общество розенкрейцеров. Оно действовало вплоть до сер. XVIII в. в основном в Германии. Во Франции действовало «Общество Розы», которое кроме всего прочего занималось разработкой т. н. «вечного двигателя» (perpetuum mobile). Кроме того, известно «Нюрнбергское общество», секретарем которого состоял Готфрид Вильгельм Лейбниц (1646–1716). Он был одним из самых образованных людей своего времени, основателем и президентом Бранденбургского научного общества (позднее Берлинской академии наук), философом, физиком, языковедом, математиком, одним из создателей дифференциальных и интегральных исчислений.
Тем не менее занятия алхимией во все времена не приветствовались. В первую очередь это было связано с тем, что алхимики покрывали свою деятельность завесой тайны. Непосвященный не мог проникнуть в смысл алхимических трактатов, спрятанный за туманными аллегориями. Это рождало массу досужих домыслов и слухов. Алхимики подвергались всяческим преследованиям со стороны как светских, так и духовных властей, подозревавших их в сношениях с дьяволом.
В 1317 папа Иоанн XXI1 издал специальную буллу, направленную против алхимии и алхимиков, с требованием наказывать адептов штрафами и «другими способами» (интересно отметить, что при этом Иоанн XXII сам серьезно занимался алхимией). Пожалуй, единственным европейским двором, при котором занятия алхимией открыто поощрялись, был двор императора Священной Римской империи Рудольфа II (1576–1612), перенесенный им в Прагу. Сам император занимался различными герметическими искусствами. Алхимики и маги пользовались при его дворе неограниченным доверием. В Пражском Граде до сих пор сохранилась улочка, называемая Золотой, на которой жили и спокойно занимались своими изысканиями алхимики. Но двор Рудольфа II составлял в этом смысле исключение из правил. Очень часто алхимики арестовывались и даже подвергались пыткам с целью выведать секрет Философского Камня, который так и не был раскрыт ни одним адептом. После чего их обычно вешали, наклеивая при этом на одежду полоски золотой бумаги.
Огромный вред нанесли репутации алхимии т. н. суфлеры, которые, профанируя истинные знания и не утруждая себя изучением сложных теорий, занимались шарлатанством с целью быстрого обогащения и втирания в доверие к сильным мира сего. Суфлеры не являлись учеными в истинном смысле этого слова. Они были различного рода авантюристами, которые пользовались легковерием и невежеством большей части населения. Именно из–за их деятельности различного рода обманы, мнимые чародейства, которые были легко впоследствии разоблачены, приписывались алхимикам, под именем и авторитетом которых выступали многочисленные жадные до наживы суфлеры. Противники алхимии никогда не утруждали себя отделением зерен от плевел, т. е. истинных адептов от кудесников–профанов, и все свои обвинения строили, исходя из «опыта» последних. Кстати сказать, суфлеров было во много раз больше, чем настоящих ученых, именно поэтому их сомнительные достижения почти затмили собой те подлинные цели и задачи, которые ставил перед собой истинный алхимик. Главное, что в этой связи нужно помнить тому, кто хочет докопаться до истины, — адепт НИКОГДА НЕ СТРЕМИЛСЯ К ЛИЧНОМУ ОБОГАЩЕНИЮ и во главу угла ставил духовное совершенствование. Проникнуть в священную тайну Божественного творения может лишь посвященный, т. е. полностью очистивший свою духовную сущность от любых грешных проявлений и готовый использовать полученные знания только во благо. Вот почему истинные алхимики отличались благотворительностью и набожностью. В трактате св. Фомы Аквинского «О камне философов и прежде всего о телах сверхнебесных» сказано: «Кроме того, человек, который хочет совершить делание из скупости, не достигнет цели, но только тот, кто работает мудро и рассудительно». Н. Фламель отмечал, что, найдя Философский Камень, он «не потратил на себя ни одного су», употребив все средства на благотворительность.