Весть о смерти Генриетты сильно поразила и г-жу Ренан; она поспешила к мужу с сыном Ари, но Ренан, несколько оправившись от своей болезни и глубокого нравственного потрясения, уже возвращался на родину. Вскоре по прибытии в Париж он получил орден Почетного легиона, а в феврале следующего года состоялась вступительная лекция Ренана в Collège de France, где он был назначен профессором по кафедре еврейского, халдейского и сирийского языков на место своего покойного учителя, заслуженного ученого Катрмэра. Это назначение глубоко встревожило клерикалов. Ренан уже был тогда известен как смелый истолкователь библейских текстов и ученый исследователь, не стесняющийся узкими практическими соображениями. На его первую лекцию, посвященную вопросу о роли семитических народов в истории цивилизации, собралась громадная толпа, переполнившая не только аудиторию, но и коридоры университетского здания. Ренан ограничился лишь общими соображениями и не произнес ни одного слова, которое могло бы оскорбить верующих. По его мнению, семитические народы не внесли ничего самобытного ни в науку, ни в политику, ни в искусство, ни в философию. Но зато они впервые возвысились до великой идеи выразить каждый членораздельный звук особым знаком и догадались свести количество этих знаков до небольшого числа (22). Фонетизм, собственно, и послужил прочным основанием для развития письменности, а вместе с тем и для дальнейшего прогресса в области литературы. Но в другом отношении заслуга семитов еще значительнее: они дали человечеству религию, которая в дальнейшем своем развитии среди индоевропейских народов стала совершеннейшим идеалом добра, красоты, истины и справедливости. Ренан назвал Христа божественным основателем общечеловеческой «религии духа», – «религии, доступной всем расам, стоящей выше всяких каст, религии вечной и безусловной».
Несмотря на сдержанность и такт лектора, в клерикальном лагере поднялся невообразимый гвалт; была произведена возмутительная демонстрация. Ренану пришлось оставить кафедру. В то время министерством народного просвещения управлял свободомыслящий Дюрюи, но он не устоял под давлением влиятельных общественных классов. Сначала чтения Ренана были лишь временно приостановлены, но после обнародования «Жизни Иисуса» в 1863 году у его врагов оказались уже формальные доводы для обвинения ученого в безверии и нечестии: он отвергал божественную природу Христа и вообще всякое проявление сверхъестественной силы в его жизни, подвигах и чудесах, пытаясь все это свести к влиянию общих исторических причин. Даже порочное правительство Наполеона III сочло нужным выказать свое негодование: после многих проволочек в 1864 году Ренана официально лишили кафедры, предложив взамен другое место, вроде синекуры, от которого он, конечно, отказался, объявив, что ему не деньги нужны.
Протест Ренана против такого грубого ограничения свободы научного исследования и критики, изложенный в его брошюре под заглавием «Кафедра еврейского языка в Collège de France» (изд. в 1862 году), нисколько не повлиял на его преследователей, хотя они должны были понять, что нельзя такого человека, как Ренан, обвинять в безверии и нечестии.
«Чем более я живу, – говорит он между прочим в этой брошюре, – тем сильнее привлекает меня великая мировая тайна, которая навсегда сохранит свой глубокий смысл и свою чарующую новизну. Мы окружены со всех сторон бесконечностью… Бог открывается нам через наше сердце… Это сознание наших таинственных отношений с бесконечным, глубоко запечатленное в каждом человеке, и есть источник всего доброго, всякой любви и всякой радости. Религия вечна. В тот день, когда она исчезнет, зачахнет и сердце человечества».
Но, конечно, развращенная наполеоновская Франция была далека от понимания подобных идеальных воззрений, и лишь в 1870 году правительство национальной обороны возвратило кафедру Ренану. С тех пор он не прекращал своих лекций до конца жизни, постоянно привлекая многочисленных слушателей не только блеском своего великого имени, но и благородной простотой изложения. Даром слова он обладал не в меньшей степени, чем литературным слогом. Своею искренностью он буквально очаровывал не только читателей, но и слушателей.