В Успенском соборе Алексей отрёкся от престола в пользу своего брата Петра, сына Екатерины.
В беседах с отцом с глазу на глаз Алексей выдал всех, кого мог вспомнить, кто помогал ему добрым слоном или делом.
Кикин, Вяземский, Долгорукий[8], камердинер Афанасьев были выданы первыми. Хотя в ходе следствия выяснилось, что между Алексеем и его друзьями не существовало никакого соглашения относительно преследования определённой цели, не было и тени заговори, все схваченные были строго наказаны. Более всех пострадал бывший сподвижник и друг Петра — Кикин: получив сто ударов кнута, он был колесован.
Вяземский и Долгорукий были лишены имений, должностей и сосланы. Пётр заставил Алексея присутствовать при казни своих друзей, затем его увезли в Петербург.
Царевич полагал, что теперь всё кончилось, и был даже доволен своей судьбой. Пережитые им несчастья сделали его бесчувственным.
Допрос Ефросиньи, привезённой в Петербург позже Алексея, дал материал для нового розыска. Передавая разговоры, которые вёл с нею Алексей, Ефросинья донесла о «непристойных» его речах: «Когда буду государем, буду жить зиму в Москве, лето в Ярославле. Петербург оставлю простым городом... Когда узнал о болезни маленького Петра Петровича, говорил: «Вот видишь, что Бог делает. Батюшка делает своё, а Бог своё».
В мае 1718 года Алексей был сопровождён Петром в Петергоф, и это не была увеселительная прогулка. Впоследствии один из крестьян был осуждён на каторгу за то, что рассказывал, как царевича в той загородной поездке отвели в отдалённый сарай и оттуда раздавались крики и стоны.
13 июня Пётр созвал собрание духовенства и гражданских чинов, вручил им записку, в которой, взывая к их правосудию, просил решить между ним и сыном неправый спор. В собрании духовенство затруднилось высказаться определённо, через пять дней оно дало уклончивый ответ. Сенат требовал дополнительного следствия. Это было самым большим желанием Петра, что означало гибель для Алексея.
Дополнительное дознание не принесло ничего нового, не было выявлено никакого заговора, только «слова многие».
19 июня царевич был подвергнут пытке. Двадцать пять ударов кнута и новое признание Алексея под пыткой. Да, он желал смерти своего отца, в этом он признался своему духовнику и получил от него ответ: «Бог тебе простит, мы все желаем ему смерти для того, что в народе тягости много». Однако для обвинения царевича этого было мало. Толстой, ведущий следствие, хотел найти факты. Алексей сделал очередное признание. 24 июня новый допрос в застенке. Всем было ясно, что ни кнут, ни дыба не дадут больше ничего, однако нельзя было допустить, чтобы царевича оправдали.
Несмотря на легковесность улик, собранных против него, Алексей всё же олицетворял в глазах Петра-преобразователя враждебную партию, против которой царь вёл борьбу уже двадцать лет, — это были противники, мятежники, с которыми он оказался лицом к лицу.
Верховный суд, состоявший из сенаторов, министров, высших военных чинов, гвардейских штаб-офицеров (участие духовенства как ненадёжного было отклонено), должен был вынести приговор. Сто двадцать семь судей, и каждый знает, чего ждёт от него Пётр, и никто не имеет смелости отказать ему в своём голосе. Единственный гвардейский офицер уклонился от подписи: он не умел писать.
24 июня царевичу был вынесен смертный приговор. Однако он не был приведён в исполнение. Алексей умер раньше, чем свершилась воля суда, направляемая Петром. Случилось это 26 июля 1718 года в застенках Петропавловской крепости.
— Ты говоришь «убили», — тихо произнёс старый князь, передавая сыну свёрнутую бумагу, — но здесь сказано, что умер он.
Князь Григорий снова взял и развернул бумагу. Поднеся её ближе к огню, он прочёл:
— «...пресёк вчерашнего дня его, сына нашего Алексея, живот по приключившейся ему по объявлению оной сентеции и обличения его в столь великих против нас и всего государства преступлений жестокой болезни...»
Князь остановился, значительно взглянул на сына и продолжил чтение, но медленнее и чуть громче:
— «...которая вначале была подобна апоплексии...»