Для Цезаря было теперь весьма важно переправить через Адриатическое море остальные войска, оставшиеся под командованием Марка Антония в Брундизии. Сделать это было трудно: корабли Помпея постоянно курсировали вдоль берегов Южной Италии. Марк Антоний неоднократно пытался выполнить распоряжение Цезаря о переправе войск, но это ему не удавалось. Тогда Цезарь решил вернуться в Брундизии, чтобы лично организовать переправу. Ночью, втайне от собственных войск, на настроении которых его отъезд мог пагубно сказаться, Цезарь с немногочисленными спутниками вышел в море. Поднялась сильная буря. Лодку грозило затопить волнами, и кормчий уже было отчаялся в спасении. «Смелей, — крикнул ему Цезарь, — ты везёшь Цезаря и его счастье!» Цезарь твёрдо верил в успех своего дела. Всё же достичь Брундизия в эту бурную ночь ему не удалось.
Вернувшись в Аполлонию, Цезарь послал Марку Антонию предписание во что бы то ни стало организовать переправу. Положение войск Цезаря у Аполлонии было очень опасным. Противник значительно превышал его своей численностью. Но Помпей упустил этот благоприятный для него момент и не напал на Цезаря.
Антонию всё же в конце концов удалось выйти из гавани Брундизии в море. По дороге он был замечен, и двадцать кораблей Помпея пустились его преследовать. Марка Антония спасла неожиданная перемена ветра, помешавшая помпеянским кораблям его настигнуть. Всё же два корабля он потерял.
Получив долгожданное подкрепление, Цезарь стал готовиться к решительному сражению. Оба войска — и Помпея и Цезаря — стояли друг против друга, расположившись в хорошо укреплённых лагерях. Войска Цезаря продолжали испытывать острую нужду в продовольствии. В отдельных мелких стычках с противником победа часто оставалась за Цезарем, но, когда началось большое сражение, войска Цезаря не выдержали натиска и обратились в бегство.
Тщетно пытался Цезарь остановить бегущих. Задержав рукой одного рослого и сильного солдата, в панике бегущего к морю, он сам едва не был убит. В сражении у Диррахия Цезарь потерпел жестокое поражение. Однако Помпей не использовал своей победы. Вместо того чтобы завершить её преследованием противника, он загнал бегущих солдат Цезаря в их укреплённый лагерь и потом отступил. Цезарь, который уже совсем было потерял надежду сохранить свои войска, потом говорил своим друзьям, что был бы разбит наголову, если бы среди его врагов «было кому побеждать».
Когда смолк шум битвы, Цезарь уединился в свою палатку и всю ночь провёл в тяжёлых размышлениях. Он считал, что совершил крупную ошибку. Она состояла в том, что он, имея за собой далеко простиравшуюся страну и богатые македонские и фессалийские города, предпочёл расположиться на побережье, где войска его голодали и все преимущества были на стороне противников. Теперь он решил исправить эту ошибку и уйти вглубь страны.
Часть войск Помпея находилась в это время в Македонии. Цезарь рассчитывал напасть на эти войска и либо разбить их, либо заставить Помпея прийти им на помощь. В последнем случае на стороне Цезаря оказалось бы то преимущество, что он смог бы вступить в сражение с главными силами врага вдали от моря. Помпей при таких условиях лишился бы поддержки флота. Кроме того, внутри страны — и это, пожалуй, было самым важным — Цезарь легче мог прокормить армию.
Цезарь снялся со всеми своими войсками с места и двинулся вглубь страны. В лагере Помпея этот маневр Цезаря был воспринят как отступление. Здесь торжествовали победу. Между помпеянцами уже шли ожесточённые споры, кому какое место достанется в правительстве, когда все они вернутся в Рим. Некоторые из них были теперь озабочены приисканием себе в Риме подходящих домов, приличествующих консулам и преторам, должности которых они рассчитывали вскоре занять. Почти все настаивали на том, чтобы немедленно же выступить из лагеря вслед за Цезарем — начать его преследовать. Сам Помпей был против этого, так как лучше других понимал, какие преимущества даёт его армии хорошо укреплённый и снабженный на много месяцев вперёд продовольствием лагерь. И всё же под давлением общего мнения он выступил. Обе армии теперь находились в походе. Они двигались одна за другой. Так достигли они Фессалии. На равнине у города Фарсала они расположились друг против друга лагерем. Обе стороны стали готовиться к сражению.
