Не заходя в Рим, Цезарь двинулся по стопам Помпея. По дороге он беспрерывно увеличивал численность своих войск. К нему переходили солдаты, завербованные Помпеем.
Достигнув Южной Италии, Цезарь располагал уже довольно многочисленной армией. Положение Помпея стало тяжёлым. Ему оставалось теперь только одно: покинуть Италию и попытаться набрать армию за её пределами. Уходя от преследования Цезаря, Помпей достиг порта Южной Италии — Брундизия. Отсюда со своими сторонниками и оставшимися ему верными войсками Помпей переправился через Адриатическое море на побережье Балканского полуострова.
Цезарь был бессилен воспрепятствовать переправе Помпея: у него не было кораблей. Оставив часть своих войск в Брундизии, он с другой частью возвратился в Рим.
С тревогой ожидали в Риме вступления Цезаря. Его противники предсказывали повторение ужасов времён Мария и Суллы. Опасения эти, однако, не оправдались. Вступив в Рим, Цезарь воздержался от преследования своих политических врагов. Захваченных в ходе военных действий солдат Помпея он без всяких наказаний отпускал на свободу. Такими приёмами Цезарь хотел привлечь на свою сторону население столицы.
Многие из бежавших стали возвращаться в Рим. Вернулась и часть сенаторов. Правительственные учреждения вновь стали действовать. Но долго в Риме Цезарь задерживаться не мог. До него доходили вести о том, что к Помпею каждый день прибывает много его сторонников и что на Балканском полуострове набрана большая армия. Кроме тоге, в Испании у Помпея находилось семь легионов его старых войск. Если бы Цезарь немедленно предпринял поход на Балканский полуостров, то его тыл остался бы беззащитным. Поэтому он решил сначала совершить поход в Испанию.
Война в Испании потребовала от Цезаря большого напряжения. Его войска вначале потерпели серьёзное поражение. В конце концов Цезарю всё же удалось осадить лагерь противника и отрезать его от воды. Командиры легионов были вынуждены начать переговоры о прекращении военных действий. И здесь, в Испании, Цезарь отпускал на все четыре стороны пленных солдат Помпея. Когда те его благодарили, он говорил им: «Если вы чувствуете ко мне какую — нибудь благодарность, расскажите об этом другим солдатам Помпея». Это был ловкий шаг. Часть солдат из легионов Помпея перешла на сторону Цезаря, пополнив его ряды.
Когда Цезарь снова вернулся в Рим, народное собрание провозгласило его диктатором. Однако Цезарь пробыл в этой должности всего 11 дней. Затем были проведены обычные консульские выборы. Одним из двух консулов выбран был Цезарь. Наскоро проведя несколько законов, укреплявших его влияние, он поспешил в порт Брундизии для продолжения борьбы с Помпеем.
За это время Помпей успел собрать из различных мест 11 легионов пехоты и 7 тыс. конницы. Одновременно в его распоряжении теперь находились и многочисленные вспомогательные войска, набранные у союзных Риму государств. Правда, большая часть всех войск состояла из новобранцев, которых предстояло ещё обучить. Сам Помпей занимался с ними. Несмотря на преклонный возраст, он принимал личное участие даже в упражнениях в беге. Но главным преимуществом Помпея было те, что на его стороне находился почти весь римский военный флот. С помощью этого флота Помпей мог поддерживать связь со своими силами в Африке и хорошо кормить свою армию.
Цезарь мог выставить против Помпея до 12 легионов пехоты и 10 тыс. галльской конницы, но военных кораблей у него почти не было. Переправа на Балканский полуостров поэтому была связана для него с большим риском. Всё же, выбрав удачный момент — бурную погоду, препятствовавшую кораблям противника вести наблюдение за побережьем Италии, Цезарь с шестью неполными легионами пехоты и несколькими сотнями всадников направился на грузовых судах через Адриатическое море. Высадился он у Аполлонии, расположенной несколько южнее Диррахия, главной базы помпеянцев.
Узнав о высадке Цезаря, Помпей сосредоточил все свои силы в Диррахии. Его флот отрезал войска Цезаря от подвоза продовольствия. Снабжение на месте также оказалось очень затруднительным для Цезаря, так как окружающая Аполлонию местность была бедна и пустынна. В его войсках начался голод. Солдаты по нескольку дней подряд не получали пищи, питались кореньями и травой.
