Министр юстиции И. Г. Щегловитов обсуждал этот вопрос и с премьер-министром П. А. Столыпиным, и с царем. Восемнадцатого апреля он отправил в Киев телеграмму, передав дело под личный надзор Г. Г. Чаплинского, прокурора Киевской судебной палаты. Щегловитов обязал Чаплинского регулярно и подробно доносить ему о ходе следствия.
В тот же день правые депутаты Госдумы тайно собрались обсудить резолюцию, требующую от правительства признать убийство Ющинского ритуальным.
Суббота, 23 апреля, ознаменовалась первыми серьезными насильственными действиями в отношении евреев. На левом берегу Днепра в Никольской Слободке, значительную часть населения которой составляли евреи и в которой жил Андрей, головорезы «Черной сотни» начали нападать на евреев на улицах. В Киеве стало неспокойно. Киевских евреев — по крайней мере «тех, кто интересуется чем-то, кроме сахара и биржевых операций», как съязвил журналист газеты «Хайнт», — охватил страх ожидания погрома. Насмешка была направлена в адрес еврейских завсегдатаев Киевской биржи, занятых покупкой и продажей «сахарных» акций.
Двадцать девятого апреля праворадикалы огласили в Думе свою резолюцию, обвинив киевские власти в том, что те мешают расследовать убийство Ющинского. Власти, говорилось в резолюции, теряют время, идя по ложному следу, терзают бедную мать мальчика, закрывая глаза на «преступную секту иудеев, употребляющую для некоторых религиозных обрядов своих христианскую кровь». По меркам черносотенцев, документ получился весьма сдержанным. Н. Е. Марков, лидер черносотенцев, взошел на трибуну, чтобы озвучить требования своих сторонников. Огромного роста, темноволосый, курчавый, он, как говорили, походил на Петра Первого, за что его прозвали Медным Всадником. Взгляды Маркова были радикальными даже по сравнению с его правыми единомышленниками: он был одним из немногих, кто поднимал вопрос о выселении евреев из России.
…Надо преследовать всю эту зловредную секту, секту иудейскую, которая <…> собирает детскую кровь в чашки, в чашки собирает кровь, истекающую из зарезанных детей, и рассылает эту кровь по иудеям — лакомиться пасхальным агнцем, — лакомиться пасхой, изготовленной на крови христианских младенцев! —
ораторствовал Марков. Правительство, по его словам, предложило ему и его единомышленникам не тревожиться, поскольку дело ведет опытный следователь, которому помогает весь аппарат судебной палаты, однако судебные органы не оправдали доверия:
В тот день, когда при вашем соучастии, господа левые, русский народ убедится окончательно в том, что… уже нет возможности обличить на суде иудея, режущего русского ребенка и вытачивающего из него кровь, что не помогут ни суды, ни полицейские, ни губернаторы, ни министры, ни высшие законодательные учреждения, — в тот день, господа, будут еврейские погромы. Но не я их накличу, эти погромы, и не Союз русского народа, вы сами создадите погром, и этот погром не будет таким, какие бывали до сих пор, это не будет погром жидовских перин, а всех жидов начисто до последнего перебьют.
В ответ депутат от социал-демократической партии под вызывающие окрики со стороны правых назвал Союз русского народа «бандой убийц и грабителей». Либералы и подавляющее большинство консерваторов раскритиковали подстрекательство к насилию и пропаганду параноидальных средневековых фантазий, позорящих Россию. Резолюция не была принята при ста восьми голосах против и девяноста трех — за. Но небольшой численный отрыв в глазах черносотенцев означал, что с моральной точки зрения они одержали верх.
После выходки Маркова киевские евреи готовились к худшему. «Два самых страшных дня» после дебатов в Думе — суббота, 30 апреля, и воскресенье, 1 мая, — по словам киевского корреспондента «Хайнт», «прошли в необычайном унынии», в еврейских районах «стояла непривычная мертвая тишина». Евреи, располагавшие достаточными средствами, перебирались в гостиницы, где могли ощущать себя в относительной безопасности. Сотни еврейских семей поспешно уезжали из города.
Тройная атака черносотенцев на режим — в прессе, в Думе и на киевских улицах — вызвала серьезное беспокойство высших царских чиновников. Учитывая беспомощность местных следователей, занимавшихся убийством Андрея Ющинского, делом больше нельзя было руководить на расстоянии. Правительство решило взять его под свой непосредственный контроль.