Степан Николаевич Шунденко — личность, старым вировцам хорошо памятная. «Что-то опасное чувствовалось в нем, в его щуплой, вертлявой фигуре, черных пронзительных, беспокойно шарящих глазах, — пишет профессор Е. Н. Синская. — Он быстро сошелся с другим, таким же отвратительным типом — аспирантом Григорием Шлыковым, и они вдвоем, принялись дезорганизовывать жизнь института». Синская напоминает, что в конце тридцатых годов в ВИРе ходил стишок, довольно точно характеризующий эту пару:
Два деятеля есть у нас на «Ш»,
Как надоели все их антраша.
Один плюгав, как мелкий бес,
Начало имени его на «С»,
Другой на «Г», еще повыше тоном,
В науке мнит себя Наполеоном.
Но равен их удельный вес.
И оба они «Г», и оба они «С».
Профессор Синская рисует портрет Шунденко, так сказать, в эмоциональном восприятии современников. Известный селекционер-генетик Михаил Иванович Хаджинов характеризует его с точки зрения конкретных фактов. «В 1937 году я работал в ВИРе, — вспоминает Хаджи-нов. — Однажды меня вызвали в партком и сделали выговор за то, что мой аспирант Шунденко не подает на защиту кандидатскую диссертацию. Я ответил, что Шунденко попросту не способен сделать диссертацию, для этого у него нет ни теоретических знаний, ни экспериментальных данных. «И все-таки, он должен иметь ученую степень, — заявили мне. — Не могли научить — пишите за него работу сами». Как ни стыдно мне теперь признаться, но я действительно продиктовал Степану Николаевичу работу, за которую он как-то очень быстро получил ученую степень кандидата наук».
В 1937 году близкий ученик академика Вавилова, беспартийный генетик Михаил Хаджинов не мог поступить иначе. ВИР потрясали внутренние и внешние бури. Аспиранты, и в том числе Шунденко, устраивали обструкции своим научным руководителям — старым профессорам, требуя, чтобы их учили не буржуазным измышлениям Менделя и Моргана, а народной лысенковской агробиологии. Серый кардинал лысенковской клики Исай Презент специально приезжал в Институт растениеводства, чтобы натравливать молодежь на профессуру. Вавилов и другие ведущие специалисты ВИРа понимали, конечно, что вызывающая наглость Шунденко и других столь же малограмотных молодых людей подогревается извне. Но подлинная роль Степана Шунденко долгое время оставалась для них тайной.
Осенью 1938 года, несмотря на резкий протест Николая Ивановича, Шунденко был назначен заместителем директора ВИРа по науке. Вступив в должность, вчерашний аспирант открыто заявил, что не разделяет ошибочную позицию академика Вавилова в вопросах генетики и растениеводства. Новый зам. по науке заговорил о притаившихся в недрах ВИРа врагах, которых академик Лысенко рано или поздно выведет на чистую воду. Сразу после ареста Николая Ивановича Шунденко исчез из ВИРа. «Я встретила его весной 1941 года в Москве, — вспоминает бывшая вировка, доктор биологических наук Нина Александровна Базилевская. — Это произошло в кафе напротив ГУМа. Шунденко был в форме НКВД. Он улыбнулся, но не поздоровался со мной. Звания его я не разобрала, но говорили, что операция с Вавиловым его сильно возвысила. Впрочем, совершенно ясно, что сотрудником органов безопасности он был и раньше, когда учился в аспирантуре».
Можно не сомневаться: майор госбезопасности Шунденко оказался для следователя Хвата незаменимым помощником. Он знал, кто чем в ВИРе дышит, кого в чем следует обвинить. Никто другой не смог бы так быстро подобрать нужных следствию экспертов, так блестяще составить текст заключения экспертной комиссии, никто иной не смог бы подбросить следователю таких великолепных наукообразных формулировок, как кандидат биологических наук С. Н. Шунденко. «Поразительно невежественный Степан Николаевич не умел говорить публично, совершенно беспомощным оставался и в лаборатории и на опытном участке, но зато виртуозно организовывал противников Вавилова, был подлинным мастером интриг», — рассказывает академик ВАСХНИЛ М. И. Хаджинов. О, такие люди делают свою работу не за страх, а за совесть. Служебное положение предоставляет им отличную возможность каждый день сводить личные счеты с человечеством. Гений гениальных, талант талантливых — для них — личное оскорбление…