Смысл вавиловской идеи состоял в следующем. В России, как в США, издавна существовала система областных опытных станций. Немногочисленные чаще всего сотрудники этих провинциальных учреждений годами и десятилетиями ставили на делянках опыты, копили знания о местных почвах, климате, сортах. И на основе своих наблюдений давали рекомендации крестьянам окрестных районов. Труженикам науки из глухих углов приходилось, естественно, быть универсалами и энциклопедистами в масштабах своего края, становиться по необходимости селекционерами, почвоведами, фенологами. Местный ремесленный универсализм Вавилов предложил заменить универсализмом отраслевым, индустриальным. В системе академии было создано три с половиной десятка крупных исследовательских институтов, каждому из которых надлежало охватить целую отрасль земледелия. Институт сахарной свеклы, например, брал на себя обязательство организовать селекцию лучших сортов свеклы, предложить свекловодам рациональную агротехнику, создать совершенную технологию для сахарных заводов. А также заниматься экономикой, защитой растений и метеорологией применительно к своей культуре. Такую же работу должны были выполнять Институт лубяных культур, Институт хлопкомасличных культур и другие. Их назначение — самым тесным образом связать между собой сельское хозяйство, науку и промышленность. Некоторые институты даже создавались прямо при заводах и фабриках.
Все это шло вразрез с традициями и просто возможностями естественных наук. Но не президент академии был в конечном счете виноват в столь несовершенной, если не сказать дикой, системе. Ему самому все труднее с каждым годом было объяснять партийным чиновникам, что наука может и чего не может даже в стране строящегося социализма. Охваченные стремлением переделать окружающий мир по своему усмотрению, обуянные мыслью о своем всемогуществе, советские власти в начале 30-х годов начинают рассматривать ученого лишь как простой рычаг, подсобное приспособление на строительной площадке эпохи.
Творцы Академии сельскохозяйственных наук очень скоро ощутили на себе пресс малограмотного «высшего начальства». В Наркомземе, ЦИКе, в ЦК партии стали придавать значение только исследованиям сугубо прикладным, поддержку начали оказывать только тем лабораториям и институтам, которые готовы немедленно решать проблемы сегодняшнего дня. Как ни увлечен был Николай Иванович ритмом эпохи, как ни предан духу и букве «социального заказа», но отдать теорию на растерзание голому практицизму он согласиться не мог. Президент академии готов примириться с тем, что две тысячи научных работников были мобилизованы на весенние посевные работы и тысяча двести ученых выехали на уборочную. Как это ни печально, он готов найти смысл даже в том, что специалисты высокой научной квалификации, покинув лаборатории и опытные делянки, заняты осмотром полей в колхозах и совхозах. Все это, очевидно, меры временные. Но есть для Вавилова истина постоянная: «Практическое семеноводство, практическое животноводство кровно заинтересованы в достижениях теоретических наук». Без специальных институтов, которые будут одаривать науку новыми идеями, вести оригинальные исследования, вырабатывать единые научные методы, академия существовать не может. Вавилов призывает, настаивает, требует. Не сразу, но к его голосу все-таки прислушались. Рядом с отраслевыми возникло несколько общих институтов, призванных ведать такими разделами агрономической науки, как растениеводство, животноводство, механизация сельского хозяйства, агропочвоведение. «Институты синтеза» — называет их Николай Иванович. И хотя руководителю большого учреждения, как и отцу большого семейства, не рекомендуется иметь избранников, общие институты, и прежде всего Институт растениеводства, становятся любимцами президента. Может быть, оттого, что отстаивать эти острова научной мысли в будущей стихии крайнего практицизма президенту было особенно трудно.
Но в целом президент ВАСХНИЛ, пожалуй, доволен делом своих рук. Конечно, академия не идеальна. Как шинель новобранца, она кое-где топорщится, жмет (не без этого), но в новом обличии агрономическая наука как-то сразу стала строже, собраннее, стала ближе по духу к готовому в поход государству. «Нет никакого сомнения в том, — говорил Николай Иванович в апреле 1931 года на Всесоюзной конференции по планированию наук, — что в самое короткое время эта новая система устранит то несоответствие между исследовательской работой и запросами жизни, перед которыми оказалось наше сельское хозяйство. Нет сомнений в том, что новый мощный коллектив исследователей, работающий по определенному плану, заряженный энтузиазмом социалистического строительства, приведет к огромным практическим результатам».