В течение одного года Папанину второй раз пришлось пересекать ночью Черное море из района Новороссийска до Крыма во главе десанта из 24 бойцов. Среди них был кадровый военный моряк, отважный партизан-пулеметчик, впоследствии знаменитый писатель Всеволод Вишневский. К этому времени войска Южного фронта прорвали неприступные вражеские укрепления на Крымском перешейке, форсировали Сиваш и вели успешное наступление на Врангеля на территории Крыма. Папанин со своим отрядом присоединился к войскам дивизии В. К. Блюхера, которая двигалась по южному побережью на Алушту.
Белые были изгнаны, и в Крыму непоколебимо утвердилась Советская власть. Но победа не принесла спокойной жизни И. Д. Папанину. Он был вызван в Симферополь и назначен комендантом КрымЧК. Это была беспокойная работа, не спали по нескольку суток. В Крыму окопались не успевшие убежать белогвардейцы, оживились различные банды, в лесах скрывались «зеленые». На плечи работников ЧК легла тяжелая и ответственная забота по ликвидации остатков контрреволюционных гнезд, обеспечению безопасности мирной жизни Крыма. На Папанина, как коменданта КрымЧК, свалилось множество дел: он организовывал охрану советских учреждений, проводил обыски, препровождал арестованных в тюрьмы и в ревтрибунал, приводил в исполнение приговоры революционного суда, хранил обнаруженные или реквизированные ценности — золото, драгоценные камни, ювелирные изделия — и затем сдавал их в государственную казну. Это была та черновая работа, которая выпала на долю чекистов в первые годы Советской власти по ликвидации последствий свергнутого строя, мешавших продвижению нового, советского общества вперед, к светлому будущему.
Через год Папанина переводят на работу в Харьков (тогда там находилась столица советской Украины) и назначают комендантом Украинского ЦИК, но и здесь он долго не задерживается и переезжает в Москву, где начинает работать в административном управлении Главмортеххозупра. В 1923 г. его демобилизуют, и он переходит на гражданскую работу.
Папанина назначают управляющим делами Народного комиссариата почт и телеграфов (сокращенно Наркомпочтель) и одновременно начальником военизированной охраны этого ведомства.
В Наркомпочтеле, переименованном позже в Наркомат связи СССР, Иван Дмитриевич проработал восемь лёт. В эти годы в его жизни произошло два важных события, которые можно назвать предстартовыми позициями перед выбором пути полярника.
В двадцатые годы в далекой Якутии на берегах реки Алдан началась разработка месторождений золота. Советский народ в это время предпринимал титанические усилия, чтобы в возможно короткий срок восстановить сильно разрушенное в годы двух войн — первой мировой и гражданской — народное хозяйство. А для этого нужны были в первую очередь деньги, много денег. На Алдане были созданы государственные золотые прииски, объединенные трестом «Алданзолото». В районе Алдана в поселке Томмот началось строительство мощной радиостанции по тем временам. Была организована специальная экспедиция во главе с крупным инженером-конструктором средств связи П. А. Остряковым, а его заместителем «по практическим делам» был назначен И. Д. Папанин. Ему поручалось доставить на Алдан партию строительных рабочих, оборудование радиостанции, строительные конструкции, материалы и денежные средства. Летом 1925 г. Иван Дмитриевич выехал в Якутию для выполнения этого задания и пробыл там год; за этот год он проехал не одну тысячу километров.
Знакомство с суровой таежной Сибирью оставило в душе Папанина неизгладимый след и неугасимое стремление еще раз побывать на далеком Севере.
Такая возможность представилась ему в 1931 г. В июле этого года намечался перелет немецкого дирижабля «Граф Цеппелин» по маршруту: Берлин - Ленинград - архипелаг Земля Франца-Иосифа - архипелаг Северная Земля - Таймырский полуостров - Новая Земля - Архангельск - Ленинград - Берлин. Советское правительство дало разрешение на этот перелет. «Интурист» организовал полярный рейс на ледокольном пароходе «Малыгин» на Землю Франца-Иосифа, а заход корабля в бухту Тихую был приурочен к моменту прилета туда дирижабля. Не остался в стороне от этого дела Наркомпочтель: на судне организовали почтовое отделение, и его начальником был назначен И. Д. Папанин. Ему вменялось произвести обмен почтой с дирижаблем и специальное гашение почтовых конвертов и марок.
