В то время произошёл резкий конфликт между близкими друзьями Королёвым и Глушко. Вот как описывает этот момент Ю.А. Мозжорин:
«В самом начале проектирования лунного комплекса H1 — Л3 появилась другая серьёзная трудность, задержавшая разработку проекта Р.Н. Главный и постоянный смежник С.П. Королёва по двигательным установкам В.П. Глушко вдруг отказался разрабатывать мощные, в 600 тс, двигатели на жидком кислороде и керосине, которые задавал головной разработчик — С.П. Королёв. Валентин Петрович из верного последователя применения жидкого кислорода в качестве окислителя стал сторонником использования азотного тетроксида.
Причину такой переориентации понять несложно. Столкнувшись с серьёзными трудностями разработки мощных двигателей на жидком кислороде и керосине для ракет Р-7 и Р-9 и получив хороший опыт создания мощных ЖРД на азотнокислотных окислителях для ракет Р-12, Р-14, Р-16, Р-36 (М.К. Янгеля) и носителя УР-500 (В.Н. Челомея), двигатель которого имел тягу 150 тс, а также обладая большим заделом по двигателю тягой 600 тс, который был его несбывшейся мечтой, В.П. Глушко предложил делать на основе такого ЖРД носитель Н-1 вопреки мнению С.П. Королёва.
Ещё не так давно он был ярым сторонником применения в качестве ракетного топлива жидкого кислорода и углеводородного горючего, считая его энергетически выгодным для межконтинентальных ракет и ракет-носителей. На это, видимо, влияло ещё и то обстоятельство, что отработка двигателей на азотнокислотных окислителях даже сравнительно небольшой тяги, порядка 8 тс, встретилась с проблемами. Мучили высокочастотные колебания в камере сгорания, приводившие к разрушению двигателя, из-за чего такой двигатель для первых зенитных управляемых ракет приходилось делать в виде связки из четырёх, устойчиво работающих, тягой 2 тс.
Трудности с созданием ракетных двигателей, работающих на указанных окислителях, я хорошо помню, обсуждались в 50-е годы на заседании НТС НИИ-88, когда главные конструкторы А.М. Исаев и Д.Д. Севрук, преодолевшие проблему неустойчивости горения топлива, предложили свои услуги по разработке мощных двигателей на высококипящих компонентах топлива с высокой удельной тягой и хорошими массовыми характеристиками. Однако В.П. Глушко в своём оппонирующем заключении, которое он излагал весьма экспансивно, высказал резкие сомнения в возможности создания таких двигателей и даже назвал своего бывшего первого заместителя Севрука техническим аферистом, вводящим в заблуждение слушателей несбыточными посулами. Но время шло, Глушко сам понял, что это не фантазия, и согласился с предложением Министерства обороны о разработке силами его ОКБ-456 совершенных двигателей на стабильных компонентах топлива: азотной кислоте с окислами азота и керосином — для стратегических баллистических ракет, став ведущим главным конструктором в отрасли по созданию таких двигателей» [130].
После отставки Н.С. Хрущёва ситуация резко изменилась: деятельность ОКБ-52 подверглась многочисленным комиссиям, проверкам и ревизиям.
30 июня 1965 года для проверки правильности принятых технических решений по созданию ракетно-космического комплекса 8К82К-ЛК, решением Комиссии по военно-промышленным вопросам была назначена научно-техническая экспертная комиссия под председательством академика М.В. Келдыша. Экспертная комиссия, в истории советской лунной программы получившая название «комиссии Келдыша», состояла из представителей Министерства обороны, конструкторских бюро, научно-исследовательских институтов и Академии наук. Большинство членов комиссии поддерживали С.П. Королёва. 5–19 августа 1965 года комиссия рассматривала предоставленные ей ОКБ-52 и смежными организациями материалы по названному проекту.
В.Н. Челомей был очень независимым и гордым человеком, не шедшим на поклон. На заседания комиссии почти не ездил, а если приезжал, то от него слышали знаменитую фразу: «Если не хотите помогать, то хоть не мешайте». В итоге работы комиссии М.В. Келдыш, несмотря на дружбу с С.П. Королёвым и пренебрегая конъюнктурой — отставкой Н.С. Хрущёва, встал на защиту проекта В.Н. Челомея, пророчески предвидя будущее и выдающуюся роль ракеты УР-500К — «Протон» в космонавтике.
