Одновременно во исполнение постановления Совета обороны, принятого 7 апреля, проводилось переосвидетельствование врачей, лекарских помощников, зубных врачей и фармацевтов, ибо на фронтах создалось исключительно тяжелое положение санитарного дела в связи с увеличивавшейся эпидемией и большими потерями медицинского персонала в ходе военных действий. Общее руководство по переосвидетельствованию медицинских работников Совет обороны возлагал лично на М.С. Кедрова. Тому причин, вызванных чрезвычайной обстановкой в стране, было много. Об одной из них писал позднее Михаил Сергеевич: «Высшая призывная комиссия, состоявшая сплошь из матерых белогвардейцев, освобождала за скромную мзду от службы в армии весь врачебный персонал. Наглость дошла до того, что на Сухаревском рынке почти открыто продавались чистые бланки этой высшей комиссии, за печатями и подлинными подписями всего состава комиссии, удостоверявшие, что врач или лекарский помощник… такой-то признан вовсе негодным для военной службы, фамилию вписать могло любое лицо, уплатившее всего сто рублей…»
В результате проведенного переосвидетельствования в Красную Армию было призвано значительное число не связанных с контрреволюцией бывших офицеров и медицинских работников.
В конце марта 1919 года ВЧК получила данные о контрреволюционном заговоре в Петрограде. В связи с этим В.И. Ленин в телефонограмме в ВЧК писал: «…агенты Колчака, Деникина и союзников пытались взорвать в Петрограде станцию водопровода. В подвале были обнаружены взрывчатые вещества, а также адская машина…
В отдельных пунктах делаются попытки взрыва мостов и попытки к приостановке железнодорожного движения…
…Совет Обороны предписывает принять самые срочные меры для подавления всяких попыток взрывов, порчи железных дорог и призывов к забастовкам».
Для оказания неотложной помощи петроградским чекистам в Петроград был направлен заместитель председателя ВЧК Я.X. Петерс, вскоре возглавивший штаб Утренней обороны города. М.С. Кедров же дал необходимые указания руководителям особых отделов 7-й армии и Петроградского гарнизона. Военные контрразведчики, действуя согласно этим указаниям совместно с сотрудниками Петроградской ЧК, приняли срочные меры для выявления и подавления попыток диверсий и контрреволюционных выступлений.
В связи с возраставшей угрозой Петрограду Совет обороны объявил город, Петроградскую, Олонецкую и Череповецкую губернии на осадном положении. Был усилен режим в прифронтовой зоне, в пределах которой работники особых отделов совместно с представителями местных органов власти подвергали тщательной проверке подозрительных лиц.
Быстрое продвижение белогвардейцев и интервентов к Петрограду заставляло предполагать наличие в тылу советских войск и на фронте организованного предательства. Только этим можно было объяснить осведомленность противника о планах советского командования, продвижение белых при наличии у них небольших сил, контрреволюционные мятежи, взрывы мостов.
Партия призвала коммунистов, красноармейцев, краснофлотцев, весь советский народ всемерно повысить революционную бдительность. В.И. Ленин и Ф.Э. Дзержинский обратились к гражданам республики со знаменитым воззванием «Берегитесь шпионов!», в котором говорилось:
«Все должны быть на посту.
Везде удвоить бдительность, обдумать и провести самым строгим образом ряд мер по выслеживанию шпионов и белых заговорщиков и по поимке их».
Ф.Э. Дзержинский направил в Петроград группу работников Особого отдела ВЧК во главе с его начальником М.С. Кедровым и вновь назначенным заместителем начальника отдела И.П. Павлуновским, чтобы укрепить тыл 7-й армии и оказать практическую помощь ее особому отделу. В сложных переплетениях событий в Петрограде в июньские дни 1919 года, когда подстрекаемая Антантой все более наглевшая контрреволюция как на фронте, так и в тылу советских войск готовилась к решающему броску для овладения колыбелью революции со стороны органов Советской власти нужны были смелые, решительные и внезапные действия. Это хорошо понимали начальник штаба внутренней обороны города Я.X. Петерс и петроградские чекисты. На первой же встрече М.С. Кедрова с Я.X. Петерсом в Петроградской ЧК на Гороховой, 2, этот вопрос рассматривался как главный.