ЦК РКП (б), как мы уже отмечали, осуществлял постоянный контроль за созданием и первыми шагами деятельности особых отделов. О внимании к этому участку работы говорит, например, тот факт, что на пленуме ЦК РКП (б) 25 марта и на заседании СНК 27 марта 1919 года М.С. Кедров был утвержден членом коллегии ВЧК, а в апреле того же года Совет Народных Комиссаров на заседании, проходившем под председательством В.И. Ленина, утвердил М.С. Кедрова членом коллегии Народного комиссариата внутренних дел. Центральный Комитет партии и Советское правительство возложили, таким образом, на Михаила Сергеевича всю полноту ответственности за положение дел в особых отделах.
Неустанное внимание ЦК РКП(б), Ф.Э. Дзержинского и коллегии ВЧК, энергия, большая настойчивость, компетентность и организаторские способности М.С. Кедрова позволили менее чем в трехмесячный период осуществить в основном создание особых отделов в центре и на местах и включить их в многогранную работу по борьбе с контрреволюцией и шпионажем, укреплению частей и соединений Красной Армии. Это была в большинстве своем кропотливая, неброская черновая работа, помогавшая военным комиссарам, политическим органам соединений, частей и кораблей. Как писал М.Н. Тухачевский, «работа особых отделов неизменно отсекала в армии контрреволюционные организации и помогала тому отбору советского командного состава, с которым Красная Армия вышла победительницей из войны».
Налаживая практическую деятельность особых отделов, М.С. Кедров внимательно следил за военно-политической обстановкой в стране, за положением на фронтах гражданской войны и развитием военного строительства.
На первый план борьбы с Советской властью к этому времени, к весне 1919 года, выдвинулись наиболее реакционные круги контрреволюции — монархические и кадетские организации. При политической, военной и материальной поддержке империалистов Антанты на территории Советской России оформилось несколько крупных антисоветских военно-политических объединений контрреволюции под управлением военных диктаторов — генералов-монархистов. На востоке это были силы во главе с «верховным правителем России» вице-адмиралом Колчаком, на юге — во главе с «главнокомандующим вооруженными силами юга России» генералом Деникиным в районе Петрограда — во главе с генералом Юденичем Агенты Колчака, Деникина, Юденича создавали подпольные контрреволюционные организации в Москве, Петрограде, в тылу Красной Армии. Они занимались организацией военного шпионажа, диверсий, контрреволюционных заговоров и мятежей, вели антисоветскую разложенческую работу среди личного состава Красной Армии.
Наиболее активной частью тайных контрреволюционных сил по-прежнему являлись враждебно настроенные к Советской власти офицеры. В связи с этим начальник Особого отдела ВЧК обращал внимание военных чекистов на усиление проверки бывших офицеров, проведение контрразведывательных мероприятий, направленных на предупреждение контрреволюционных выступлений, шпионажа, изменнических действий, выявление заговорщиков и шпионов.
Для предупреждения проникновения в войсковые части антисоветски настроенных бывших офицеров, предотвращения назначения их на ответственные посты Особый отдел ВЧК использовал очередное переосвидетельствование офицеров, проходившее весной и летом 1919 года. По мнению М.С. Кедрова, задача военных контрразведчиков в этой акции была двоякой: своевременно выявить и не допустить на ответственные участки военного строительства контрреволюционное офицерство; выявить уклоняющихся от военной службы бывших офицеров и помочь мобилизационным органам поставить их в строй в соответствии с их специальностью и квалификацией.
Речь шла прежде всего о реализации постановления Совета обороны от 7 апреля 1919 года, подписанного В.И. Лениным, о переосвидетельствовании бывших офицеров и военных чиновников, проживавших в Москве и ее окрестностях. Проведение этой работы возлагалось непосредственно на Особый отдел ВЧК. Кедрову поручалось образовать комиссию, в состав которой сверх назначенных им лиц из Особого отдела ВЧК вводились один член комиссии по назначению начальника Всероссийского главного штаба и два члена комиссии — врачи по назначению начальника Главного военно-санитарного управления. При этом Кедрову давались широкие полномочия по установлению сроков и последовательности вызова на переосвидетельствование и утверждению заключений комиссии, которые признавались окончательными. Переосвидетельствованию подлежали бывшие офицеры всех специальностей и бывшие военные чиновники находившиеся на службе в других ведомствах либо не состоявшие на службе вообще.
