Контрреволюция стремилась сорвать организованную демобилизацию, рассчитывала на то, что большевики не справятся со стихийным уходом солдат с фронта, а это приведет к разгулу контрреволюции и анархии, к краху Советов. Однако враги просчитались. Четкая, планомерная, оперативная работа партийных организаций в армии и аппарата Демоба, направляемого Кедровым, способствовала повышению авторитета большевиков, ускорению революционных преобразований на местах, решению непростых вопросов формирования частей Краевой Армии, создававшихся по принципу добровольности.
После завершения работы Демоба М.С. Кедров получает новое задание партии, не менее сложное. В соответствии с постановлением Совета Народных Комиссаров от 18 мая 1918 года он был направлен в качестве руководителя комиссии, известной в истории под названием «Советская ревизия», по обследованию Архангельской, Вологодской, Костромской, Ярославской и Иваново-Вознесенской губерний. Цель комиссии была такая — укрепление позиций Советской власти на Севере, организация обороны в связи с усиливавшейся военной опасностью этому региону со стороны Антанты. В небольшой аппарат комиссии вошли проверенные и опытные сотрудники ряда центральных ведомств и ближайшие соратники Кедрова из упраздненного Демоба.
Опираясь на местные партийные организации и массы трудящихся, Кедров развернул энергичную работу по укреплению партийных и советских органов в Архангельске, Вологде и других городах, Распускались старорежимные городские думы и управы, налаживалась хозяйственная деятельность. Принимались решительные меры к контрреволюционерам и саботажникам. Особое внимание уделялось решению военных вопросов. Оказывалась помощь в формировании, вооружении и подготовке воинских частей и военных комиссариатов, в борьбе с иностранным шпионажем. Большую работу Кедров и его комиссия провели по разгрузке Архангельского порта и организации обороны Архангельска. В результате были сорваны планы английских интервентов по захвату этого города и развертыванию наступления в глубь советской территории.
Яркой страницей боевой работы Кедрова летом 1918 года явилась его деятельность на посту командующего Северным фронтом. Располагая крайне ограниченными силами, действуя в сложной военно-политической обстановке, в лесисто-болотистой местности, почти без артиллерии против хорошо вооруженного противника, Михаил Сергеевич обнаружил недюжинные способности военного руководителя, умело проводил в жизнь указания В.И. Ленина, благодаря чему удалось сорвать первый наступательный порыв английских интервентов. Как писал о развертывании оборонительных мероприятий в районе Архангельска в этот период один из ближайших помощников командующего А.А. Самойло, «…трудно переоценить заслуги, оказанные Кедровым республике в годы северной интервенции».
Находясь в самой гуще послереволюционных событий, являясь их активным участником, М.С. Кедров приобрел опыт государственной деятельности. Этот опыт помог ему с первых шагов его на чекистском поприще.
Комплектование Военного отдела ВЧК проходило не без трудностей. Сказывалась нехватка надежных и опытных кадров. Потребовалась помощь Центрального Комитета партии. В состав Военного отдела был направлен ряд сотрудников ВЧК — членов РКП (б), имевших опыт чекистской работы. В ноябре — декабре 1918 года получили назначение в этот отдел несколько коммунистов, прибывших из военного ведомства и из фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий. В своем большинстве это были образованные, знакомые с военным делом молодые люди как, например, А.X. Артузов, инженер-металлург по образованию, который не без основания считал себя учеником М.С. Кедрова, ибо был знаком с ним с гимназической поры, под его личным влиянием пришел в революцию и в ряды партии. Работали в отделе и сотрудники с дореволюционным партийным стажем. Так ветераном был заведующий следственной частью А. В. Эйдук, член партии с 1905 года, прибывший в ВЧК с должности начальника политотдела 6-й армии.
Для М.С. Кедрова было очевидно, что Военный отдел ВЧК не сможет выполнить возложенных на него задач, не завершив своевременно, как предусматривалось резолюцией 2-й Всероссийской конференции ЧК, создания чрезвычайных комиссий во всех объединениях Красной Армии. Кроме того, активный процесс формирования и подготовки новых ее частей и армейских учреждений, развертывание всевобуча трудящихся, осуществлявшиеся по всей стране, обуславливали необходимость иметь военные отделы в губернских чрезвычайных комиссиях. В конце декабря 1918 года по предложению Военного отдела был издан приказ ВЧК о формировании военных отделов при всех губчека. Они должны были вести борьбу с контрреволюцией, шпионажем и должностными преступлениями в частях и учреждениях Красной Армии, располагавшихся на территории губернии.
